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- PDB-7rcr: Crystal Structure of the refolded Hemagglutinin head domain of In... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7rcr
タイトルCrystal Structure of the refolded Hemagglutinin head domain of Influenza A virus A/Ohio/09/2015
要素Hemagglutininヘマグルチニン
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SSGCID / Hemagglutinin (ヘマグルチニン) / Influenza A (A型インフルエンザウイルス) / Ohio/09/2015 / head domain (頭) / refolded / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / ヘマグルチニン / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
ヘマグルチニン
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of the refolded Hemagglutinin head domain of Influenzavirus A Influenza A virus A/Ohio/09/2015
著者: Abendroth, J. / Habrukowich, C.L. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2021年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1642
ポリマ－24,1021
非ポリマー621
水4,846269
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area190 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area9850 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)36.670, 61.120, 89.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin / ヘマグルチニン


分子量: 24101.965 Da / 分子数: 1 / 断片: InvbR.18715.a.TK11 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Ohio/09/2015 / 遺伝子: HA / プラスミド: InvbR.18715.a.TK11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6C0TB04
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.3 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: RigakuReagents JCSG+ screen, condition a10: 200mM potassium formate, 20% (w/V) PEG 3350: InvbR.18715.a.TK11.PD38402 at 4.1mg/ml: tray: 314055a1: cryo: 20% EG: puck vjj0-9.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月4日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 27045 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.99 % / Biso Wilson estimate: 21.663 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 16.87
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.6-1.646.0050.5973.419680.8590.65699.9
1.64-1.696.040.4674.3919450.9020.51299.9
1.69-1.746.0160.4045.1718850.930.444100
1.74-1.796.0520.3236.3518310.9540.35599.9
1.79-1.856.0590.2627.8617550.9690.28899.8
1.85-1.916.0180.2129.317070.9790.23399.6
1.91-1.985.9770.15212.2616510.9890.16799.7
1.98-2.076.0290.12714.3116000.9910.13999.8
2.07-2.166.0050.10517.0415410.9920.11599.5
2.16-2.265.9830.08819.1214580.9950.09799.6
2.26-2.396.0010.0820.7713980.9950.08899.6
2.39-2.536.0170.07322.9913370.9960.0899.4
2.53-2.76.040.06325.4312310.9960.06998.4
2.7-2.926.0090.05428.0311730.9970.0698.9
2.92-3.25.9670.04631.7510690.9980.05198.6
3.2-3.585.950.0435.759840.9990.04398.2
3.58-4.135.9170.03738.838540.9980.04197.3
4.13-5.065.8190.03240.67420.9990.03597.2
5.06-7.165.7460.03240.055790.9990.03596.5
7.16-505.2640.0339.163370.9990.03492.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.19 dev_4274精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MoRDa位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 6uynA as per Morda

解像度: 1.6→36.06 Å / SU ML: 0.1719 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.6678
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1997 1937 7.16 %0
Rwork0.1597 25106 --
obs0.1626 27043 99.23 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→36.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1649 0 4 269 1922
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00741777
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91722439
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0602258
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0069319
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5389658
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.24991360.23491768X-RAY DIFFRACTION99.79
1.64-1.680.24361320.20361785X-RAY DIFFRACTION99.95
1.68-1.730.2551460.19491772X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.790.23351310.17671784X-RAY DIFFRACTION99.9
1.79-1.850.23341370.16991771X-RAY DIFFRACTION99.84
1.85-1.930.20931530.16991776X-RAY DIFFRACTION99.54
1.93-2.020.19121470.1591748X-RAY DIFFRACTION99.84
2.02-2.120.15431410.15121796X-RAY DIFFRACTION99.59
2.12-2.250.20281410.14451789X-RAY DIFFRACTION99.54
2.26-2.430.17851250.15331804X-RAY DIFFRACTION99.59
2.43-2.670.19431180.16681811X-RAY DIFFRACTION98.92
2.67-3.060.21181440.16311815X-RAY DIFFRACTION98.84
3.06-3.850.18931220.13771821X-RAY DIFFRACTION97.88
3.86-36.060.18971640.15431866X-RAY DIFFRACTION96.35
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.94183036536-0.8009924119280.2587109220782.79939621271-0.007294496588663.342754993080.0264432681872-0.201453502522-0.2269365739150.226607223944-0.02277180791080.1236910401050.511465933285-0.161958175227-0.008783513711750.147933388087-0.02268611939370.007045696974930.1142916456490.02500382498540.1391266915540.540899855338-11.143923550314.907752572
21.01418733693-0.4489656145331.175062849890.7306714750420.2357128783773.08299068630.133857489699-0.0540555757024-0.2286751255170.0858894507899-0.0576376647483-0.04220146704280.3808903744550.0310111040492-0.06464245541790.141389952171-0.00758132586165-0.001868430609310.1324565106280.01477789076560.1825444413535.32346243743-10.79601819047.73536826171
32.3129061315-0.8662704039940.2110318629241.44445849215-0.08950480614222.5483962234-0.0789064084065-0.3147942492830.06166897350450.1242218990030.0540059048095-0.185579937962-0.01917843727830.2842524960010.02869220202940.121049678584-0.0211789259107-0.01504149660390.07347471331820.003345422240130.128156871814.0159471859-1.3610263996215.8998612245
40.150964283154-0.597831458674-0.07388855190492.607280259960.2790246676320.7443281570950.04469537884750.0311798780024-0.0706226183634-0.129032854806-0.05791028233140.2425526896970.0147696270078-0.1480095776230.01410643637890.0575135091553-0.01531368564090.01096747195730.0935038943598-0.009263124806030.129900434599-14.4436141666-3.978601152482.13350608144
51.30273547886-0.5896883357720.8329902206972.5803533374-0.8984542168342.056267151490.04813980407420.0444158479414-0.0324594542142-0.179390936171-0.07138048878430.2350949312380.0880242027911-0.201407140789-0.01923347870230.05605293480420.00265007716131-0.01282250369660.0928406650066-0.02825389080540.113539100562-13.57925844090.517886609537-2.7542281949
60.91466497804-0.0212054047490.2524499712391.780651841881.558209371753.094016280090.03367316343250.0634544297143-0.0178578308062-0.138364349177-0.02311039733340.0733941642647-0.0941581893584-0.0250638539621-0.004561963715290.0573417960715-0.0001210873915520.003872421361670.03811212913720.01615191831220.0676950180639-6.31024002744.92314548683-0.8749137245
74.402924354612.16176153092.786266420345.692816038353.662755257812.954628549750.006937151961610.106190845415-0.123206697953-0.0007392635718520.109305791064-0.382706408371-0.1019331762680.340523186977-0.09708994483330.0992904288419-0.02250575559060.005152537806180.08889714299280.003270437977860.1025508391091.7774309447811.65165323382.08469742718
80.718752461325-0.4907840646380.050897388243.027137125981.6307469971.812222621610.06338037128170.0559803685945-0.0413061405814-0.156615175953-0.0655718405823-0.0343418471056-0.07889726827680.0245682243771-0.02181643074640.0439610504515-0.008188870179980.01680238335280.05941425730010.01259327392250.0674084828572-0.3966334199751.93635805021-0.687255742517
90.782845294160.0784711337424-0.05863676238841.87914784073-0.1075397690573.075814042390.0601316938266-0.0426589580054-0.02982696357560.10300864964-0.0136928003926-0.03886876147580.1184298220440.0608657378334-0.07545193156050.0422237118321-0.00194068873459-0.0007829410108780.0429753200949-0.01214664585370.085022578019-4.87180514742.365834326728.68989348734
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 64 through 93 )64 - 931 - 26
22chain 'A' and (resid 94 through 114 )94 - 11427 - 47
33chain 'A' and (resid 115 through 132 )115 - 13248 - 65
44chain 'A' and (resid 133 through 160 )133 - 16066 - 93
55chain 'A' and (resid 161 through 177 )161 - 17794 - 110
66chain 'A' and (resid 178 through 215 )178 - 215111 - 148
77chain 'A' and (resid 216 through 227 )216 - 227149 - 160
88chain 'A' and (resid 228 through 261 )228 - 261161 - 194
99chain 'A' and (resid 262 through 276 )262 - 276195 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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