+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7rci | ||||||
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Title | Crystal Structure of a PMS2 VUS with Substrate | ||||||
Components | Mismatch repair endonuclease PMS2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Mismatch Repair / Variant of Uncertain Significance / ATPase Domain / DNA Repair Enzyme | ||||||
Function / homology | Function and homology information single base insertion or deletion binding / Defective Mismatch Repair Associated With MLH1 / Defective Mismatch Repair Associated With PMS2 / MutLalpha complex / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / ATP-dependent DNA damage sensor activity ...single base insertion or deletion binding / Defective Mismatch Repair Associated With MLH1 / Defective Mismatch Repair Associated With PMS2 / MutLalpha complex / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / ATP-dependent DNA damage sensor activity / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / mismatch repair / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / endonuclease activity / Hydrolases; Acting on ester bonds / response to xenobiotic stimulus / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.12 Å | ||||||
Authors | D'Arcy, B.M. / Prakash, A. | ||||||
Citation | Journal: Mol Genet Genomic Med / Year: 2022 Title: PMS2 variant results in loss of ATPase activity without compromising mismatch repair. Authors: D'Arcy, B.M. / Arrington, J. / Weisman, J. / McClellan, S.B. / Yang, Z. / Deivanayagam, C. / Blount, J. / Prakash, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7rci.cif.gz | 304.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7rci.ent.gz | 204.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7rci.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/7rci ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rc/7rci | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7rcbC 7rckC 1h7sS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.0113046330959, 0.99950624427, -0.0293167688467), (0.999094152158, 0.0100873741816, -0.0413415046489), (-0.041025362827, -0.0297575628566, -0.998714877759)Vector: -16. ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.0113046330959, 0.99950624427, -0.0293167688467), Vector: |
-Components
#1: Protein | Mass: 40486.207 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: N335S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PMS2, PMSL2 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): Rosetta2 (DE3 pLysS) References: UniProt: P54278, Hydrolases; Acting on ester bonds #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 289.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.8 Details: 1:1 7.5 mg/mL protein with 8% v/v Tacsimate, pH 5.8, 25% w/v PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-B / Wavelength: 1.03317 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 5, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03317 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.12→50.47 Å / Num. obs: 44441 / % possible obs: 99.79 % / Redundancy: 6.5 % / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1012 / Rpim(I) all: 0.04359 / Rrim(I) all: 0.1105 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 8.63 |
Reflection shell | Resolution: 2.12→2.196 Å / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.7502 / Mean I/σ(I) obs: 1.73 / Num. unique obs: 4365 / CC1/2: 0.776 / CC star: 0.935 / Rpim(I) all: 0.3151 / Rrim(I) all: 0.815 / Χ2: 1 / % possible all: 99.77 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1H7S Resolution: 2.12→50.47 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 19.48 / Phase error: 31.2464 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 50.44 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.12→50.47 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Type: Torsion NCS / Rms dev position: 0.751874565683 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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