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Yorodumi- PDB-3ivp: The structure of a possible transposon-related DNA-binding protei... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ivp | ||||||
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Title | The structure of a possible transposon-related DNA-binding protein from Clostridium difficile 630. | ||||||
Components | Putative transposon-related DNA-binding protein | ||||||
Keywords | DNA BINDING PROTEIN / APC62618 / transposon-related DNA-binding / Clostridium difficile 630 / structural genomics / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / DNA-binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Clostridium difficile (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.02 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Marshall, N. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: The structure of a possible transposon-related DNA-binding protein from Clostridium difficile 630. Authors: Tan, K. / Marshall, N. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3ivp.cif.gz | 101.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3ivp.ent.gz | 85.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3ivp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/3ivp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iv/3ivp | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | Authors state that biological unit is experimentally unknown. It is likely that the chains A and B, C and D form dimers respectively. |
-Components
#1: Protein | Mass: 14559.996 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Clostridium difficile (bacteria) / Strain: 630 / Gene: CD3330, Clostridium difficile / Plasmid: pMCSG28 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): pPK1037 / References: UniProt: Q180H4 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.2M Ca Acetate, 0.1M Sodium Cacodylate, 40% v/w PEG300, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97937, 0.97953 | |||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 3, 2009 / Details: Mirror | |||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 crystal / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 2.02→48 Å / Num. all: 39518 / Num. obs: 39518 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 25.8 | |||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.02→2.05 Å / Redundancy: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.753 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1894 / % possible all: 94.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.02→47.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 9.561 / SU ML: 0.119 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.154 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.808 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.02→47.4 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.018→2.07 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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