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- PDB-7qjg: EED in complex with PRC2 allosteric inhibitor compound 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qjg
タイトルEED in complex with PRC2 allosteric inhibitor compound 6
要素
  • Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
  • Polycomb protein EED
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of kidney development / hepatocyte homeostasis / cellular response to trichostatin A / regulation of gliogenesis / [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / negative regulation of striated muscle cell differentiation / negative regulation of keratinocyte differentiation / histone H3K27 trimethyltransferase activity / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / primary miRNA binding ...regulation of kidney development / hepatocyte homeostasis / cellular response to trichostatin A / regulation of gliogenesis / [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / negative regulation of striated muscle cell differentiation / negative regulation of keratinocyte differentiation / histone H3K27 trimethyltransferase activity / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / primary miRNA binding / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / response to tetrachloromethane / cerebellar cortex development / facultative heterochromatin formation / histone H3K27 methyltransferase activity / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / : / chromatin silencing complex / ESC/E(Z) complex / protein-lysine N-methyltransferase activity / negative regulation of stem cell differentiation / pronucleus / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / synaptic transmission, GABAergic / lncRNA binding / positive regulation of dendrite development / histone H3 methyltransferase activity / G1 to G0 transition / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of gene expression, epigenetic / spinal cord development / histone methyltransferase activity / Transcriptional Regulation by E2F6 / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / subtelomeric heterochromatin formation / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / pericentric heterochromatin / nucleosome binding / enzyme activator activity / heterochromatin formation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / ribonucleoprotein complex binding / keratinocyte differentiation / protein localization to chromatin / B cell differentiation / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis / liver regeneration / 細胞分化 / promoter-specific chromatin binding / hippocampus development / positive regulation of MAP kinase activity / protein modification process / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / regulation of circadian rhythm / G1/S transition of mitotic cell cycle / chromatin DNA binding / PKMTs methylate histone lysines / positive regulation of GTPase activity / cellular response to hydrogen peroxide / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / transcription corepressor activity / rhythmic process / response to estradiol / 染色体 / chromatin organization / Oxidative Stress Induced Senescence / chromosome, telomeric region / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / シナプス / chromatin binding / クロマチン / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
EZH2, SET domain / : / Ezh2, MCSS domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain / CXC domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain ...EZH2, SET domain / : / Ezh2, MCSS domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain / CXC domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/2-like / CXC domain / CXC domain profile. / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SET domain / SET domain profile. / SET domain / SANT/Myb domain / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EKR / Polycomb protein EED / Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zhao, K. / Zhao, M. / Luo, X. / Zhang, H. / Scheufler, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of the Clinical Candidate MAK683: An EED-Directed, Allosteric, and Selective PRC2 Inhibitor for the Treatment of Advanced Malignancies.
著者: Huang, Y. / Sendzik, M. / Zhang, J. / Gao, Z. / Sun, Y. / Wang, L. / Gu, J. / Zhao, K. / Yu, Z. / Zhang, L. / Zhang, Q. / Blanz, J. / Chen, Z. / Dubost, V. / Fang, D. / Feng, L. / Fu, X. / ...著者: Huang, Y. / Sendzik, M. / Zhang, J. / Gao, Z. / Sun, Y. / Wang, L. / Gu, J. / Zhao, K. / Yu, Z. / Zhang, L. / Zhang, Q. / Blanz, J. / Chen, Z. / Dubost, V. / Fang, D. / Feng, L. / Fu, X. / Kiffe, M. / Li, L. / Luo, F. / Luo, X. / Mi, Y. / Mistry, P. / Pearson, D. / Piaia, A. / Scheufler, C. / Terranova, R. / Weiss, A. / Zeng, J. / Zhang, H. / Zhang, J. / Zhao, M. / Dillon, M.P. / Jeay, S. / Qi, W. / Moggs, J. / Pissot-Soldermann, C. / Li, E. / Atadja, P. / Lingel, A. / Oyang, C.
履歴
登録2021年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycomb protein EED
B: Polycomb protein EED
C: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
D: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,64110
ポリマ－91,6984
非ポリマー9436
水7,170398
1
A: Polycomb protein EED
D: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3215
ポリマ－45,8492
非ポリマー4713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3140 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area16140 Å2
手法PISA
2
B: Polycomb protein EED
C: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3215
ポリマ－45,8492
非ポリマー4713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area15530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.46, 178.446, 50.497
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Polycomb protein EED / / hEED / Embryonic ectoderm development protein / WD protein associating with integrin cytoplasmic ...hEED / Embryonic ectoderm development protein / WD protein associating with integrin cytoplasmic tails 1 / WAIT-1


分子量: 42227.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal glycine left after TEV cleavage / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75530
#2: タンパク質・ペプチド Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 / ENX-1 / Enhancer of zeste homolog 2 / Lysine N-methyltransferase 6


分子量: 3622.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q15910, [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-EKR / N-(2,3-dihydro-1-benzofuran-7-ylmethyl)-8-[4-[(dimethylamino)methyl]phenyl]-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidin-5-amine


分子量: 400.476 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 16% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→46.73 Å / Num. obs: 61524 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 7.79 %
詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last ...詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last updated 2020-04-13: http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Index/) and the actual quantities provided by MRFANA (https://github.com/githubgphl/MRFANA) from the autoPROC package (https://www.globalphasing.com/autoproc/). In general, the mmCIF categories here should provide items that are currently used in the PDB archive. If there are alternatives, the one recommended by the PDB developers has been selected. The distinction between *_all and *_obs quantities is not always clear: often only one version is actively used within the PDB archive (or is the one recommended by PDB developers). The intention of distinguishing between classes of reflections before and after some kind of observation criterion was applied, can in principle be useful - but such criteria change in various ways through the data processing procedure (rejection of overloaded or too partial reflections, outlier/misfit rejection during scaling etc) and there is no retrospect computation of data scaling/merging statistics for the reflections used in the final refinement (where another observation criterion might have been applied). Typical data processing will usually only provide one version of statistics at various stages and these are given in the recommended item here, irrespective of the "_all" and "_obs" connotation, see e.g. the use of _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs, _reflns.pdbx_Rrim_I_all and _reflns.pdbx_Rpim_I_all. Please note that all statistics related to "merged intensities" (or "merging") are based on inverse-variance weighting of the individual measurements making up a symmetry-unique reflection. This is standard for several decades now, even if some of the dictionary definitions seem to suggest that a simple "mean" or "average" intensity is being used instead. R-values are always given for all symmetry-equivalent reflections following Friedel's law, i.e. Bijvoet pairs are not treated separately (since we want to describe the overall mean intensity and not the mean I(+) and I(-) here). The Rrim metric is identical to the Rmeas R-value and only differs in name. _reflns.pdbx_number_measured_all is the number of measured intensities just before the final merging step (at which point no additional rejection takes place). _reflns.number_obs is the number of symmetry-unique observations, i.e. the result of merging those measurements via inverse-variance weighting. _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI is based on the merged intensities (_reflns.number_obs) as expected. _reflns.pdbx_redundancy is synonymous with "multiplicity". The per-shell item _reflns_shell.number_measured_all corresponds to the overall value _reflns.pdbx_number_measured_all. The per-shell item _reflns_shell.number_unique_all corresponds to the overall value _reflns.number_obs. The per-shell item _reflns_shell.percent_possible_all corresponds to the overall value _reflns.percent_possible_obs. The per-shell item _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs corresponds to the overall value given as _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI. But be aware of the incorrect definition of the former in the current dictionary!
CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1267 / Rpim(I) all: 0.0476 / Rrim(I) all: 0.1356 / Net I/σ(I): 11.16 / Num. measured all: 479342
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
4.75-46.737.250.045631.893350733507462246220.9990.01780.0491100
3.793-4.757.140.048629.873041630416426142610.9990.01910.0523100
3.338-3.7937.760.06824.153118231182402040200.9980.02550.0728100
3.043-3.3387.940.091818.293182831828400840080.9970.03410.0981100
2.832-3.0438.010.133713.033175731757396539650.9950.04960.1428100
2.674-2.8327.670.18059.662925729257381238120.990.06880.1934100
2.551-2.6747.310.22977.452690026900367836780.9830.090.2472100
2.448-2.5517.060.27616.152568325683363636360.9740.11030.29899.8
2.362-2.4487.610.34535.232617726177343934390.9690.13190.370196.1
2.286-2.3627.840.39924.792522225222321632160.9550.14930.426793.3
2.221-2.28680.44354.552435124351304330430.950.16420.473595.6
2.162-2.2218.10.46744.332297322973283728370.950.17130.498495.7
2.11-2.1628.30.52753.892115521155254825480.9420.19050.561594.3
2.063-2.118.280.62293.351920019200231823180.9070.22430.662993.1
2.018-2.0638.310.65563.191840818408221422140.9180.23640.697793
1.978-2.0188.320.81942.681700417004204420440.8380.2940.871795.3
1.937-1.9788.421.00982.131653216532196419640.8050.36011.073393
1.897-1.9378.41.04512.021620616206192919290.7670.36971.1191.5
1.852-1.8977.991.27421.581595615956199619960.7010.46421.358590.7
1.8-1.8527.921.51591.311562815628197419740.5840.55711.617786.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.1.7 20200918data processing
autoPROCJan 31, 2020data processing
STARANISO0.7.7データスケーリング
autoPROC2.3.46data processing
BUSTER2.11.7精密化
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5H19

5h19


解像度: 1.8→46.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU R Cruickshank DPI: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.167 / SU Rfree Blow DPI: 0.143 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.142
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2185 3097 -RANDOM
Rwork0.1871 ---
obs0.1887 61524 77.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.8569 Å20 Å20 Å2
2---1.9591 Å20 Å2
3----1.8977 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6326 0 64 398 6788
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0086561HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.958884HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2296SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1113HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6561HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion832SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5240SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.62
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.66
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.83 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2878 64 -
Rwork0.2327 --
obs0.2353 1231 29.23 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2699-0.1490.02731.89770.82191.3479-0.04090.0532-0.00330.05320.112-0.0189-0.0033-0.0189-0.0711-0.00090.0341-0.0255-0.0541-0.0108-0.066327.6121-19.6207-24.4323
20.24170.1431-0.02222.21661.01611.6062-0.0030.15030.11910.15030.06230.01390.11910.0139-0.0593-0.0003-0.0360.0186-0.0666-0.0165-0.076925.1482-66.0423-0.5142
37.91011.4681-5.01122.13980.30635.03030.0294-0.5987-0.4802-0.5987-0.0468-0.3645-0.4802-0.36450.01750.05540.0213-0.0539-0.065-0.029-0.110615.8732-56.7945-12.3068
47.5958-1.97043.13392.8839-0.03041.9177-0.07430.93160.42710.93160.0537-0.37580.4271-0.37580.02050.15-0.00810.0809-0.06570.0062-0.187717.5251-27.4922-12.2529
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A77 - 503
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B77 - 503
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C40 - 68
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D40 - 68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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