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- PDB-7qiz: Specific features and methylation sites of a plant 80S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qiz
タイトルSpecific features and methylation sites of a plant 80S ribosome
要素
  • (40S body ribosomal protein ...) x 2
  • (40S ribosomal protein ...) x 20
  • (60S ribosomal protein ...) x 22
  • (Ribosomal protein ...) x 5
  • (Ribosomal_L18e/L15P domain-containing ...) x 2
  • 18S
  • 25S rRNA
  • 30S ribosomal protein S15, chloroplasticリボソーム
  • 5.8S rRNA5.8SリボソームRNA
  • 50S ribosomal protein L22, chloroplasticリボソーム
  • 5S rRNA5SリボソームRNA
  • KH type-2 domain-containing protein
  • KOW domain-containing protein
  • Mitogen-activated protein kinase分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ
  • Pectinesterase
  • Ribos_L4_asso_C domain-containing protein
  • Ribosomal_L14e domain-containing protein
  • Ribosomal_L18_c domain-containing protein
  • Ribosomal_L23eN domain-containing protein
  • Ribosomal_L28e domain-containing protein
  • Ribosomal_L6e_N domain-containing protein
  • Ribosomal_L7Ae domain-containing protein
  • Ribosomal_S10 domain-containing protein
  • Ribosomal_S17_N domain-containing protein
  • Ribosomal_S7 domain-containing protein
  • S10_plectin domain-containing protein
  • S5 DRBM domain-containing protein
  • Similar to 60S ribosomal protein L35
  • TRASH domain-containing protein
  • Thaliana 60S ribosomal protein L7
  • Ubiquitinユビキチン
  • mRNA伝令RNA
  • tRNA転移RNA
  • tRNA_1
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Solanum lycopersicum (トマト) / cytosolic ribosome / 80S / plant (植物) / rRNA (リボソームRNA)
機能・相同性
機能・相同性情報


pectinesterase / pectinesterase activity / : / cell wall modification / pectin catabolic process / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / MAP kinase activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity ...pectinesterase / pectinesterase activity / : / cell wall modification / pectin catabolic process / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / MAP kinase activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / リボソーム生合成 / ribosome binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / protein ubiquitination / intracellular signal transduction / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / 核小体 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
SPARK domain / スパーク / Pectinesterase, Asp active site / Pectinesterase signature 2. / Pectinesterase, catalytic / Pectinesterase / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Pectin lyase fold / Ribosomal protein L23 ...SPARK domain / スパーク / Pectinesterase, Asp active site / Pectinesterase signature 2. / Pectinesterase, catalytic / Pectinesterase / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Pectin lyase fold / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / : / Pectin lyase fold/virulence factor / metallochaperone-like domain / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / TRASH domain / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal L22e protein family / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S8e / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / RS4NT (NUC023) domain / : / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein L14e domain / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein L34Ae / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L6e
類似検索 - ドメイン・相同性
グルコース / : / プトレシン / スペルミジン / スペルミン / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) ...グルコース / : / プトレシン / スペルミジン / スペルミン / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S15a-1 / 40S ribosomal protein S27 / Small ribosomal subunit protein uS10 domain-containing protein / 60S ribosomal protein L32 / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S15 / KOW domain-containing protein / 40S ribosomal protein S18 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / 60S ribosomal protein L35a / 40S ribosomal protein S19 / Ribosomal protein L37 / Ribosomal eL28/Mak16 domain-containing protein / S5 DRBM domain-containing protein / 40S ribosomal protein S21 / 40S ribosomal protein S16 / 60S ribosomal protein L34 / 60S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein uL6 N-terminal domain-containing protein / Ribosomal protein L19 / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S26 / 60S ribosomal protein L36 / Ribosomal protein eL8/eL30/eS12/Gadd45 domain-containing protein / Protein kinase domain-containing protein / Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein / 60S ribosomal protein L27 / 40S ribosomal protein S7 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Large ribosomal subunit protein uL18 C-terminal eukaryotes domain-containing protein / KH type-2 domain-containing protein / Pectinesterase / 40S ribosomal protein S8 / Ribosomal protein L15 / 40S ribosomal protein S6 / Large ribosomal subunit protein uL4 C-terminal domain-containing protein / 40S ribosomal protein S24 / Large ribosomal subunit protein uL15/eL18 domain-containing protein / 60S ribosomal protein L22 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L21 / TRASH domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein uL23 N-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein / Small ribosomal subunit protein uS7 domain-containing protein / Large ribosomal subunit protein eL14 domain-containing protein / 60S ribosomal protein L39 / 60S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein uL6 alpha-beta domain-containing protein / 60S ribosomal protein L31 / Plectin/eS10 N-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein / Ubiquitin-like domain-containing protein / 40S ribosomal protein S28 / 60S ribosomal protein L41 / Small ribosomal subunit protein uS17 N-terminal domain-containing protein / 60S ribosomal protein L11 / 60S ribosomal protein L37a / 60S ribosomal protein L23 / Small ribosomal subunit protein uS15 N-terminal domain-containing protein / 30S ribosomal protein S12, chloroplastic / Thaliana 60S ribosomal protein L7 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Ribosomal protein S14 / 60S ribosomal protein L10 / Similar to 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L3
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Cottilli, P. / Itoh, Y. / Amunts, A.
資金援助European Union, 4件
組織認可番号国
Swedish Research CouncilNT_2015-04107European Union
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230European Union
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080European Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)H2020-MSCA-IF-2017European Union
引用ジャーナル: Plant Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure and rRNA modification sites of a plant ribosome.
著者: Patrick Cottilli / Yuzuru Itoh / Yuko Nobe / Anton S Petrov / Purificación Lisón / Masato Taoka / Alexey Amunts /
要旨: Protein synthesis in crop plants contributes to the balance of food and fuel on our planet, which influences human metabolic activity and lifespan. Protein synthesis can be regulated with respect to ...Protein synthesis in crop plants contributes to the balance of food and fuel on our planet, which influences human metabolic activity and lifespan. Protein synthesis can be regulated with respect to changing environmental cues via the deposition of chemical modifications into rRNA. Here, we present the structure of a plant ribosome from tomato and a quantitative mass spectrometry analysis of its rRNAs. The study reveals fine features of the ribosomal proteins and 71 plant-specific rRNA modifications, and it re-annotates 30 rRNA residues in the available sequence. At the protein level, isoAsp is found in position 137 of uS11, and a zinc finger previously believed to be universal is missing from eL34, suggesting a lower effect of zinc deficiency on protein synthesis in plants. At the rRNA level, the plant ribosome differs markedly from its human counterpart with respect to the spatial distribution of modifications. Thus, it represents an additional layer of gene expression regulation, highlighting the molecular signature of a plant ribosome. The results provide a reference model of a plant ribosome for structural studies and an accurate marker for molecular ecology.
履歴
登録2021年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.12024年4月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: 60S ribosomal protein L8
F: Ribos_L4_asso_C domain-containing protein
E: Ribosomal protein L3
G: Ribosomal_L18_c domain-containing protein
H: Ribosomal_L6e_N domain-containing protein
I: Thaliana 60S ribosomal protein L7
J: Ribosomal_L7Ae domain-containing protein
K: 60S ribosomal protein uL6
L: 60S ribosomal protein L10
M: 60S ribosomal protein uL5
N: 60S ribosomal protein L13
O: Ribosomal_L14e domain-containing protein
P: Ribosomal protein L15
Q: Pectinesterase
R: 50S ribosomal protein L22, chloroplastic
S: Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein
T: Ribosomal protein L19
U: 60S ribosomal protein L18a
V: 60S ribosomal protein eL21
W: 60S ribosomal protein eL22
X: 60S ribosomal protein uL14
Y: TRASH domain-containing protein
Z: Ribosomal_L23eN domain-containing protein
a: KOW domain-containing protein
b: 60S ribosomal protein L27
c: Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein
d: 60S ribosomal protein L29
e: 60S ribosomal protein eL30
f: 60S ribosomal protein eL31
g: 60S ribosomal protein eL32
h: 60S ribosomal protein eL33
i: 60S ribosomal protein eL34
j: Similar to 60S ribosomal protein L35
k: 60S ribosomal protein L36
l: Ribosomal protein L37
m: 60S ribosomal protein L38
n: 60S ribosomal protein eL39
o: Ubiquitin
p: 60S ribosomal protein eL42
q: 60S ribosomal protein eL43
r: Ribosomal_L28e domain-containing protein
s: tRNA
2: 25S rRNA
5: 5S rRNA
8: 5.8S rRNA
S2: 18S
NA: KH type-2 domain-containing protein
OA: Ribosomal_S7 domain-containing protein
PA: S10_plectin domain-containing protein
QA: 40S ribosomal protein uS19
RA: 40S ribosomal protein uS9
TA: 40S ribosomal protein uS13
UA: 40S ribosomal protein eS19
VA: Ribosomal_S10 domain-containing protein
WA: 40S ribosomal protein eS28
XA: 40S ribosomal protein uS14
YA: Mitogen-activated protein kinase
ZA: 40S ribosomal protein S25
aA: tRNA_1
bA: mRNA
t: 60S ribosomal protein L41
u: 40S ribosomal protein SA
v: 40S ribosomal protein S3a
w: 40S ribosomal protein S4
x: 40S ribosomal protein S7
y: 40S ribosomal protein S8
z: Ribosomal_S17_N domain-containing protein
AA: 40S ribosomal protein S17
BA: 40S ribosomal protein S21
CA: 40S body ribosomal protein uS12
DA: 40S ribosomal protein S26
EA: S5 DRBM domain-containing protein
FA: 40S ribosomal protein S6
GA: 40S body ribosomal protein uS4
HA: 30S ribosomal protein S15, chloroplastic
IA: Ribosomal protein S14
KA: 40S ribosomal protein S24
LA: 40S ribosomal protein S27
MA: 40S ribosomal protein S30
JA: 40S ribosomal protein S15a-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,177,262575
ポリマ－3,162,34980
非ポリマー14,913495
水85,1754728
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
60S ribosomal protein ... , 22種, 22分子 DKLMNUVWXbdefghikmnpqt

#1: タンパク質 60S ribosomal protein L8 / / L2 / Ribosomal protein TL2


分子量: 28331.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: P29766
#8: タンパク質 60S ribosomal protein uL6 /


分子量: 22004.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7JDZ0
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L10 /


分子量: 24913.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: Q3SC85
#10: タンパク質 60S ribosomal protein uL5 /


分子量: 20826.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: K4CG62
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L13 /


分子量: 23620.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7JCM5
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L18a /


分子量: 21476.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7IGB1
#19: タンパク質 60S ribosomal protein eL21 /


分子量: 18715.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7IJQ0
#20: タンパク質 60S ribosomal protein eL22 /


分子量: 13996.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7I7E8
#21: タンパク質 60S ribosomal protein uL14 /


分子量: 15040.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: K4CUW3
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L27 /


分子量: 15698.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7GZ83
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L29 /


分子量: 6989.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7GK12
#28: タンパク質 60S ribosomal protein eL30 /


分子量: 12367.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト)
#29: タンパク質 60S ribosomal protein eL31 /


分子量: 13890.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7JRW8
#30: タンパク質 60S ribosomal protein eL32 /


分子量: 15673.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7F2B5
#31: タンパク質 60S ribosomal protein eL33 /


分子量: 12952.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7FPS6
#32: タンパク質 60S ribosomal protein eL34 /


分子量: 13815.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7GDM4
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L36 /


分子量: 12406.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7GUG2
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L38 /


分子量: 8101.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: P46291
#37: タンパク質 60S ribosomal protein eL39 /


分子量: 6489.813 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7J415
#39: タンパク質 60S ribosomal protein eL42 /


分子量: 12037.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7FPL2
#40: タンパク質 60S ribosomal protein eL43 /


分子量: 10280.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: K4CND1
#61: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41 /


分子量: 3445.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: K4C3A4

+
タンパク質 , 22種, 22分子 FGHIJOQRYZajorNAOAPAVAYAzEAHA

#2: タンパク質 Ribos_L4_asso_C domain-containing protein


分子量: 44852.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7HW81
#4: タンパク質 Ribosomal_L18_c domain-containing protein


分子量: 34667.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7H274
#5: タンパク質 Ribosomal_L6e_N domain-containing protein


分子量: 25621.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7GMA5
#6: タンパク質 Thaliana 60S ribosomal protein L7


分子量: 28057.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: M1BRF8
#7: タンパク質 Ribosomal_L7Ae domain-containing protein


分子量: 29362.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7GV73
#12: タンパク質 Ribosomal_L14e domain-containing protein


分子量: 15400.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7J0J5
#14: タンパク質 Pectinesterase /


分子量: 23613.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7HGG4, pectinesterase
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L22, chloroplastic / リボソーム


分子量: 19785.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7FNQ5
#22: タンパク質 TRASH domain-containing protein


分子量: 18712.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7IN69
#23: タンパク質 Ribosomal_L23eN domain-containing protein


分子量: 17427.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7INK3
#24: タンパク質 KOW domain-containing protein


分子量: 16750.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7FBC6
#33: タンパク質 Similar to 60S ribosomal protein L35


分子量: 14324.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: Q53U38
#38: タンパク質 Ubiquitin / ユビキチン


分子量: 14745.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: K4B017
#41: タンパク質 Ribosomal_L28e domain-containing protein


分子量: 16018.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7FVJ9
#47: タンパク質 KH type-2 domain-containing protein


分子量: 26828.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7HBR5
#48: タンパク質 Ribosomal_S7 domain-containing protein


分子量: 23686.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7IVL4
#49: タンパク質 S10_plectin domain-containing protein


分子量: 19882.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7JYM3
#54: タンパク質 Ribosomal_S10 domain-containing protein


分子量: 13735.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7EMX2
#57: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ


分子量: 35993.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト)
参照: UniProt: A0A3Q7GX91, 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ
#67: タンパク質 Ribosomal_S17_N domain-containing protein


分子量: 17740.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: K4C998
#72: タンパク質 S5 DRBM domain-containing protein


分子量: 30630.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7G7F0
#75: タンパク質 30S ribosomal protein S15, chloroplastic / リボソーム


分子量: 17099.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: K4CYU9

-
Ribosomal protein ... , 5種, 5分子 EPTlIA

#3: タンパク質 Ribosomal protein L3 /


分子量: 44518.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: Q6SKP4
#13: タンパク質 Ribosomal protein L15 /


分子量: 24233.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7HQH0
#17: タンパク質 Ribosomal protein L19 /


分子量: 24786.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7GQ29
#35: タンパク質 Ribosomal protein L37 /


分子量: 10809.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7FV98
#76: タンパク質 Ribosomal protein S14 / / Ribosomal protein S14-like


分子量: 16389.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: Q38JI8

-
Ribosomal L18e/L15P domain-containing ... , 2種, 2分子 Sc

#16: タンパク質 Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein


分子量: 20764.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7I5W4
#26: タンパク質 Ribosomal_L18e/L15P domain-containing protein


分子量: 16479.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7GZ10

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 s258S2aAbA

#42: RNA鎖 tRNA / 転移RNA


分子量: 589.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト)
#43: RNA鎖 25S rRNA


分子量: 1098453.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: GenBank: 2090998066
#44: RNA鎖 5S rRNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38634.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: GenBank: 19159
#45: RNA鎖 5.8S rRNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 53173.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: GenBank: 1418500722
#46: RNA鎖 18S


分子量: 583609.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト)
#59: RNA鎖 tRNA_1


分子量: 4470.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト)
#60: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 895.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト)

-
40S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 QARATAUAWAXAZAuvwxyAABADAFAKALAMAJA

#50: タンパク質 40S ribosomal protein uS19 /


分子量: 17352.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7F5X2
#51: タンパク質 40S ribosomal protein uS9 /


分子量: 16805.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7GDB0
#52: タンパク質 40S ribosomal protein uS13 /


分子量: 17574.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7FJL7
#53: タンパク質 40S ribosomal protein eS19 /


分子量: 16056.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7FTS1
#55: タンパク質 40S ribosomal protein eS28 /


分子量: 7551.849 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: K4B4Z0
#56: タンパク質 40S ribosomal protein uS14 /


分子量: 6455.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7ITW7
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S25 /


分子量: 11995.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7F3F2
#62: タンパク質 40S ribosomal protein SA / リボソームタンパク質SA


分子量: 32216.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7H1U4
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S3a /


分子量: 29741.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7I881
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S4 /


分子量: 29959.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7GQU3
#65: タンパク質 40S ribosomal protein S7 /


分子量: 22088.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7H0E8
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S8 /


分子量: 24918.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7HJ03
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S17 /


分子量: 16265.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: P49215
#69: タンパク質 40S ribosomal protein S21 /


分子量: 9163.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7G7P4
#71: タンパク質 40S ribosomal protein S26 /


分子量: 14608.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7GRY8
#73: タンパク質 40S ribosomal protein S6 /


分子量: 28384.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7HSH1
#77: タンパク質 40S ribosomal protein S24 /


分子量: 15445.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A3Q7I5D6
#78: タンパク質 40S ribosomal protein S27 /


分子量: 9620.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A1U8DQX3
#79: タンパク質 40S ribosomal protein S30 /


分子量: 6953.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A0V0GRY5
#80: タンパク質 40S ribosomal protein S15a-1 / リボソーム / 40S ribosomal protein S15a-1 isoform X1


分子量: 14551.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: A0A1U7YEG5

-
40S body ribosomal protein ... , 2種, 2分子 CAGA

#70: タンパク質 40S body ribosomal protein uS12


分子量: 15771.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: K4D3L7
#74: タンパク質 40S body ribosomal protein uS4


分子量: 23051.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Solanum lycopersicum (トマト) / 参照: UniProt: K4ATQ2

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糖 , 1種, 1分子

#87: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス / グルコース


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 7種, 5222分子

#81: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#82: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#83: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#84: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#85: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#86: 化合物 ChemComp-PUT / 1,4-DIAMINOBUTANE / PUTRESCINE / プトレシン / プトレシン


分子量: 88.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12N2
#88: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4728 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 80S ribosomeEukaryotic ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#80 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Solanum lycopersicum (トマト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 30.2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4GctfCTF補正
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 335806 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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