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- PDB-7qip: SARS-CoV-2 Nucleocapsid phosphopeptide 201-210 bound to human 14-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7qip
タイトルSARS-CoV-2 Nucleocapsid phosphopeptide 201-210 bound to human 14-3-3 sigma
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • ARG-GLY-TPO-SER-PRO-ALA-ARG-MET
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / phosphopeptide-binding / universal regulatory hub / protein-peptide complex / coronavirus protein fragment (オルトコロナウイルス亜科)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ケラチン / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation ...regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ケラチン / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / protein kinase A signaling / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / protein export from nucleus / negative regulation of innate immune response / protein sequestering activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / cadherin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3タンパク質 / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3タンパク質
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Sluchanko, N.N. / Tugaeva, K.V. / Smith, J.L.R. / Antson, A.A.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation19-74-10031 ロシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: SARS-CoV-2 Nucleocapsid phosphopeptide 193-200 bound to human 14-3-3 sigma
著者: Sluchanko, N.N. / Tugaeva, K.V. / Smith, J.L.R. / Antson, A.A.
履歴
登録2021年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: 14-3-3 protein sigma
C: ARG-GLY-TPO-SER-PRO-ALA-ARG-MET
D: ARG-GLY-TPO-SER-PRO-ALA-ARG-MET
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,8847
ポリマ－54,7774
非ポリマー1063
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area21290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.688, 99.688, 58.575
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin / CLU1


分子量: 26257.537 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド ARG-GLY-TPO-SER-PRO-ALA-ARG-MET


分子量: 1131.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M AmSO4, 100 mM BisTris pH 5.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→70.45 Å / Num. obs: 16912 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.9 % / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 13.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 818 / CC1/2: 0.353 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LU2

5lu2


解像度: 2.65→70.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.927 / SU Rfree Blow DPI: 0.329
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2655 799 -RANDOM
Rwork0.2299 ---
obs0.2317 16670 98.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 75.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.6399 Å20 Å20 Å2
2---3.6399 Å20 Å2
3---7.2797 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→70.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3637 0 3 115 3755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0087142HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9112828HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2180SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1157HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3689HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion486SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5823SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.94
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.15
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.67 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.6043 15 -
Rwork0.482 --
obs0.4866 428 95.72 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.43190.5677-0.52972.50620.35372.21590.0207-0.05240.0452-0.0524-0.1582-0.17340.0452-0.17340.1375-0.1410.01310.0468-0.18050.05280.0612-53.4713-4.73053.8205
23.85191.387-1.45513.8854-1.25832.72670.06670.1324-0.24460.13240.1112-0.0557-0.2446-0.0557-0.1779-0.1768-0.03080.0124-0.21750.01770.2177-30.266923.8966-4.2171
34.09864.29635.820816.6309-4.9248.0005-0.1098-0.0962-0.6928-0.09620.28360.2184-0.69280.2184-0.1738-0.2324-0.031-0.1780.07660.03370.2454-55.6158-2.3427-2.3937
40-0.8339-3.999815.66742.65956.38170.3547-0.0029-0.2258-0.00290.0237-0.7243-0.2258-0.7243-0.3784-0.2141-0.06080.11380.136-0.11010.3683-31.795320.934-10.5119
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 231
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B-1 - 231
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C203 - 210
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D201 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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