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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q7c | ||||||
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タイトル | Room temperature structure of the human Serine/Threonine Kinase 17B (STK17B/DRAK2) in complex with ADP at atmospheric pressure | ||||||
要素 | Serine/threonine-protein kinase 17B | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / HPMX / high-pressure macromolecular crystallography / sapphire capillary / room temperature (室温) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of fibroblast apoptotic process / Flemming body / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / マイクロフィラメント / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein kinase activity / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation ...positive regulation of fibroblast apoptotic process / Flemming body / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / マイクロフィラメント / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / protein kinase activity / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
データ登録者 | Lieske, J. / Guenther, S. / Saouane, S. / Meents, A. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Room temperature structure of the human Serine/Threonine Kinase 17B (STK17B/DRAK2) in complex with ADP at atmospheric pressure 著者: Lieske, J. / Saouane, S. / Guenther, S. / Meyer, J. / Pakendorf, T. / Reime, B. / Burkhardt, A. / Crosas, E. / Hakanpaeae, J. / Stachnik, K. / Sieg, J. / Rarey, M. / Abdellatif, M.H. / ...著者: Lieske, J. / Saouane, S. / Guenther, S. / Meyer, J. / Pakendorf, T. / Reime, B. / Burkhardt, A. / Crosas, E. / Hakanpaeae, J. / Stachnik, K. / Sieg, J. / Rarey, M. / Abdellatif, M.H. / Gabdulkhakov, A.G. / Selikhanov, G.K. / Chapman, H.N. / Meents, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7q7c.cif.gz | 210.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7q7c.ent.gz | 141.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7q7c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/7q7c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/7q7c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37327.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STK17B, DRAK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O94768, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.82 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: batch mode 詳細: 20 mg/ml protein in 25 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl, 0.5 mM TCEP was mixed 1:1.5 with precipitant solution (0.1 M HEPES 6.5, 0.2M ammonium acetate, 20% PEG 3350, 50mM sodium/potassium ...詳細: 20 mg/ml protein in 25 mM HEPES pH 7.5, 500 mM NaCl, 0.5 mM TCEP was mixed 1:1.5 with precipitant solution (0.1 M HEPES 6.5, 0.2M ammonium acetate, 20% PEG 3350, 50mM sodium/potassium tartrate, 0.8mM quercetin). Batch grown crystals were subsequently mixed 1:1 with 100 mM ATP/50mM magnesium chloride in DRAK2 crystallization buffer and incubated for half an hour. PH範囲: 6.5-7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月15日 |
回折測定 | Specimen support: sapphire capillary |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→47.98 Å / Num. obs: 10282 / % possible obs: 98.91 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 92.37 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.201 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.215 / Net I/σ(I): 5.93 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.952 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.085 / Mean I/σ(I) obs: 0.99 / Num. unique obs: 982 / CC1/2: 0.457 / CC star: 0.792 / Rpim(I) all: 0.486 / Rrim(I) all: 1.195 / % possible all: 97.31 |
Cell measurement | 圧: 101.325 kPa |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6QF4 解像度: 2.85→47.98 Å / SU ML: 0.4636 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.9839 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 97.15 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→47.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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