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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q59 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase holoenzyme dimer comprising sigma factor SigB | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / DNA-dependent RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / alternative sigma | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase core enzyme binding / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / response to heat ...RNA polymerase core enzyme binding / Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / peptidoglycan-based cell wall / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / response to heat / protein dimerization activity / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.36 Å | ||||||
データ登録者 | Brodolin, K. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural basis of the mycobacterial stress-response RNA polymerase auto-inhibition via oligomerization 著者: Morichaud, Z. / Trapani, S. / Vishwakarma, R.K. / Chaloin, L. / Lionne, C. / Lai-Kee-Him, J. / Bron, P. / Brodolin, K. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022 タイトル: Structural basis of the mycobacterial stress-response RNA polymerase auto-inhibition via oligomerization 著者: Morichaud, Z. / Trapani, S. / Vishwakarma, R. / Chaloin, L. / Lionne, C. / Lai-Kee-Him, J. / Bron, P. / Brodolin, K. #2: ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2014 タイトル: Mycobacterium RbpA cooperates with the stress-response σB subunit of RNA polymerase in promoter DNA unwinding. 著者: Yangbo Hu / Zakia Morichaud / Ayyappasamy Sudalaiyadum Perumal / Françoise Roquet-Baneres / Konstantin Brodolin / 要旨: RbpA, a transcriptional activator that is essential for Mycobacterium tuberculosis replication and survival during antibiotic treatment, binds to RNA polymerase (RNAP) in the absence of promoter DNA. ...RbpA, a transcriptional activator that is essential for Mycobacterium tuberculosis replication and survival during antibiotic treatment, binds to RNA polymerase (RNAP) in the absence of promoter DNA. It has been hypothesized that RbpA stimulates housekeeping gene expression by promoting assembly of the σ(A) subunit with core RNAP. Here, using a purified in vitro transcription system of M. tuberculosis, we show that RbpA functions in a promoter-dependent manner as a companion of RNAP essential for promoter DNA unwinding and formation of the catalytically active open promoter complex (RPo). Screening for RbpA activity using a full panel of the M. tuberculosis σ subunits demonstrated that RbpA targets σ(A) and stress-response σ(B), but not the alternative σ subunits from the groups 3 and 4. In contrast to σ(A), the σ(B) subunit activity displayed stringent dependency upon RbpA. These results suggest that RbpA-dependent control of RPo formation provides a mechanism for tuning gene expression during the switch between different physiological states, and in the stress response. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7q59.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7q59.ent.gz | 854.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7q59.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/7q59 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q5/7q59 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 13829MC 7q4uC 7z8qC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 10分子 ABabCcDdEe
#1: タンパク質 | 分子量: 37745.328 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: rpoA, Rv3457c, MTCY13E12.10c / プラスミド: pMR4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WGZ1, ポリメラーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 129602.344 Da / 分子数: 2 / Mutation: L2E3G4C5 -> V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: rpoB, Rv0667, MTCI376.08c / プラスミド: pMR4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WGY9, ポリメラーゼ #3: タンパク質 | 分子量: 147438.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: rpoC, Rv0668, MTCI376.07c / プラスミド: pMR4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WGY7, ポリメラーゼ #4: タンパク質 | 分子量: 11851.140 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: rpoZ, Rv1390, MTCY21B4.07 / プラスミド: pMR4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WGY5, ポリメラーゼ |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 Ff
#5: タンパク質 | 分子量: 38572.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: sigB, mysB, Rv2710 / プラスミド: pET28a / 詳細 (発現宿主): derivative containing rv2710 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WGI5 |
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-非ポリマー , 2種, 6分子
#6: 化合物 | ChemComp-ZN / #7: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RNA polymerase holoenzyme with sigma factor sigBRNAポリメラーゼ タイプ: COMPLEX 詳細: RNA polymerase holoenzyme assembled from individually expressed RNA polymerase core and sigma factor sigB Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.8 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: pMR4, pET28a |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 濃度: 1.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 7000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 49.6 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 3064 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19_4092: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 254380 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 115112 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7PP4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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