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- PDB-7q25: Crystal structure of Angiotensin-1 converting enzyme N-domain in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q25
タイトルCrystal structure of Angiotensin-1 converting enzyme N-domain in complex with dual ACE/NEP inhibitor AD012
要素Angiotensin-converting enzymeアンジオテンシン変換酵素
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Angiotensin-1 converting enzyme / Dual inhibitor / NEP / Metalloprotease (金属プロテアーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / tripeptidyl-peptidase activity / bradykinin receptor binding / regulation of angiotensin metabolic process / exopeptidase activity / substance P catabolic process / response to laminar fluid shear stress / アンジオテンシン変換酵素 / regulation of renal output by angiotensin ...mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / tripeptidyl-peptidase activity / bradykinin receptor binding / regulation of angiotensin metabolic process / exopeptidase activity / substance P catabolic process / response to laminar fluid shear stress / アンジオテンシン変換酵素 / regulation of renal output by angiotensin / negative regulation of calcium ion import / positive regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / positive regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of gap junction assembly / metallodipeptidase activity / cellular response to aldosterone / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / response to thyroid hormone / negative regulation of glucose import / 血管収縮 / neutrophil mediated immunity / hormone metabolic process / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / regulation of smooth muscle cell migration / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / mitogen-activated protein kinase binding / embryo development ending in birth or egg hatching / chloride ion binding / positive regulation of neurogenesis / mitogen-activated protein kinase kinase binding / arachidonic acid secretion / post-transcriptional regulation of gene expression / eating behavior / lung alveolus development / peptide catabolic process / heterocyclic compound binding / heart contraction / response to dexamethasone / regulation of heart rate by cardiac conduction / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / regulation of vasoconstriction / peptidyl-dipeptidase activity / angiotensin maturation / hematopoietic stem cell differentiation / blood vessel remodeling / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / animal organ regeneration / amyloid-beta metabolic process / carboxypeptidase activity / positive regulation of vasoconstriction / sperm midpiece / blood vessel diameter maintenance / response to nutrient levels / basal plasma membrane / kidney development / female pregnancy / angiotensin-activated signaling pathway / cellular response to glucose stimulus / brush border membrane / regulation of synaptic plasticity / metalloendopeptidase activity / 血圧 / male gonad development / metallopeptidase activity / actin binding / peptidase activity / 精子形成 / endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / リソソーム / response to hypoxia / calmodulin binding / エンドソーム / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / アンジオテンシン変換酵素 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8J9 / 酢酸塩 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / アンジオテンシン変換酵素
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Cozier, G.E. / Acharya, K.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/M026647/1 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Probing the Requirements for Dual Angiotensin-Converting Enzyme C-Domain Selective/Neprilysin Inhibition.
著者: Arendse, L.B. / Cozier, G.E. / Eyermann, C.J. / Basarab, G.S. / Schwager, S.L. / Chibale, K. / Acharya, K.R. / Sturrock, E.D.
履歴
登録2021年10月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme
B: Angiotensin-converting enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,67230
ポリマ－145,2132
非ポリマー5,45928
水14,286793
1
A: Angiotensin-converting enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,59117
ポリマ－72,6071
非ポリマー2,98416
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Angiotensin-converting enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,08113
ポリマ－72,6071
非ポリマー2,47512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.935, 77.482, 82.489
Angle α, β, γ (deg.)88.390, 64.244, 74.992
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme / アンジオテンシン変換酵素 / ACE / Dipeptidyl carboxypeptidase I / Kininase II


分子量: 72606.508 Da / 分子数: 2 / 変異: N9Q, N25Q, N82Q, N117Q, N131Q, N289Q, Q545R, P576L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACE, DCP, DCP1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P12821, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素, アンジオテンシン変換酵素

-
糖 , 3種, 6分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 11種, 815分子

#4: 化合物 ChemComp-8J9 / (2~{S})-2-[[(2~{S})-1-[[(2~{S})-3-(4-hydroxyphenyl)-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-propan-2-yl]amino]-1-oxidanylidene-hexan-2-yl]amino]-4-phenyl-butanoic acid


分子量: 456.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H32N2O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#10: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#12: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#13: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#14: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#15: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 793 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.75 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris/Bicine pH 8.5, 0.06 M Divalent cations, 30% PEG550MME/PEG20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→73.94 Å / Num. obs: 199691 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 25.26 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 9804 / CC1/2: 0.461 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6F9V

6f9v


解像度: 1.6→63.17 Å / SU ML: 0.1948 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 25.6791
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2123 2000 1 %
Rwork0.188 197634 -
obs0.1882 199634 96.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→63.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9934 0 356 793 11083
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009610757
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.880114630
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05261533
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00811889
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.99373950
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.36261200.336414046X-RAY DIFFRACTION95.37
1.64-1.680.30191520.311213967X-RAY DIFFRACTION95.75
1.68-1.730.31451490.285413911X-RAY DIFFRACTION95.51
1.73-1.790.27361330.266414004X-RAY DIFFRACTION95.88
1.79-1.850.2771520.253413938X-RAY DIFFRACTION95.85
1.85-1.930.29841560.252914018X-RAY DIFFRACTION96.08
1.93-2.020.29011320.23314099X-RAY DIFFRACTION96.44
2.02-2.120.24281340.219514089X-RAY DIFFRACTION96.49
2.12-2.260.23851460.207814166X-RAY DIFFRACTION97.09
2.26-2.430.22411570.199714237X-RAY DIFFRACTION97.3
2.43-2.670.21581350.189314236X-RAY DIFFRACTION97.73
2.67-3.060.20461520.18614280X-RAY DIFFRACTION97.84
3.06-3.860.18911410.163314291X-RAY DIFFRACTION98.07
3.86-63.170.15791410.143714352X-RAY DIFFRACTION98.32
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.424457170251.05658647804-0.3508238803340.824186409217-0.2732898715360.8995789409240.07080996728450.0305963184681-1.22174004155-0.17500503599-0.267104511963-0.04884580914360.21517470672-0.1244773121890.1671627087940.2090109127890.00435213786503-0.1598345133920.386295122607-0.06456527558870.906242306393-76.550368300652.6821343297-18.5470394532
22.0789602482-0.04293225643240.5263783325040.833557480690.09862345444630.992135938950.3390110874860.114281061403-0.407307908594-0.137146857772-0.1998661303710.1917056820460.03729496106810.0840441248862-0.06453521152830.214876013170.0286894587401-0.09346718491030.2411575466120.02045452876670.328121669317-65.717850780567.0327071275-18.9340936375
30.979770509917-0.325984601296-0.09827613194581.114973532980.2213194293870.5992276247530.08554214972030.133916300781-0.0500295117294-0.0788173326852-0.057575892255-0.0596491970319-0.01272726783550.0586784099297-0.02323533120280.173298989083-0.00519328788001-0.005567004352980.228272717980.02067562787090.16590405697-44.679368696263.7651996966-14.0290755105
42.281089425371.88892293151-0.7281190049873.84989388652-1.403636396450.493785703374-0.409832248233-0.364077501204-0.5505498208111.104916098860.3095636253060.04415847846690.635489361795-0.06792648046680.1138297160121.461079665010.3374790133570.1594500004050.6482672978540.1301518407560.521292281043-51.570960401876.63291410344.7467873592
50.623443608462-0.892101792967-0.235835996311.395721533770.4053630796341.81185840303-0.455186979556-0.53111993223-0.03968429973960.7567809590170.636842334478-0.2876847942780.7810674169960.5427475205590.2476119032450.8722196843450.305228442858-0.08048071496360.5296392044560.03612572624440.326090304994-44.171912219882.990437189330.5693590575
61.34875436357-1.00328502278-1.19948788722.396238291422.467235947993.45871425563-0.0812365802095-0.07898277431870.01761798529590.137662316971-0.02639942853160.1560268186890.0165068801673-0.155754893346.80340372134E-50.221723886211-0.03282304994660.006431168650870.1265852653020.04827720221640.204381561411-55.930478542796.990163696618.5302751305
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 43 )AA1 - 431 - 43
22chain 'A' and (resid 44 through 152 )AA44 - 15244 - 151
33chain 'A' and (resid 153 through 612 )AA153 - 612152 - 611
44chain 'B' and (resid 2 through 43 )BT2 - 431 - 42
55chain 'B' and (resid 44 through 152 )BT44 - 15243 - 148
66chain 'B' and (resid 153 through 610 )BT153 - 610149 - 606

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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