PDB-7puq: CARM1 in complex with EML982

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7puq

タイトル

CARM1 in complex with EML982

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE / PRMT4 /

CARM1 /

INHIBITOR (酵素阻害剤)

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / negative regulation of dendrite development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Marechal, N. / Cura, V. / Troffer-Charlier, N. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Turning Nonselective Inhibitors of Type I Protein Arginine Methyltransferases into Potent and Selective Inhibitors of Protein Arginine Methyltransferase 4 through a Deconstruction- ...
著者: Iannelli, G. / Milite, C. / Marechal, N. / Cura, V. / Bonnefond, L. / Troffer-Charlier, N. / Feoli, A. / Rescigno, D. / Wang, Y. / Cipriano, A. / Viviano, M. / Bedford, M.T. / Cavarelli, J. / ...

履歴

登録	2021年9月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2022年9月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7puq.cif.gz	796.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7puq.ent.gz	682.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7puq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/7puq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/7puq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nudC 7nueC 7p2rC 7ppqC 7ppyC 7pu8C 7pucC 7pv6C 5ih3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

166 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.128, 98.694, 207.778
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-710- HOH

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 40793.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-867 / methyl 6-[4-[[~{N}-[3-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]propyl]carbamimidoyl]amino]butylcarbamoylamino]-4-oxidanyl-naphthalene-2-carboxylate 分子量: 650.686 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₃₈N₁₀O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 12% PEG 3350, 0.1 M NaCl, 0.1 M TrisHCl pH8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→48.01 Å / Num. obs: 92014 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 42.5 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 17.8
反射シェル	解像度: 2.09→2.12 Å / 冗長度: 12 % / R_merge(I) obs: 1.33 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4053 / CC_1/2: 0.831 / R_pim(I) all: 0.386 / R_rim(I) all: 1.387 / % possible all: 90.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2.09→48.01 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 24.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2174	4551	4.96 %
R_work	0.1811	87284	-
obs	0.1829	91835	99.34 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 136.68 Å² / B_iso mean: 53.2704 Å² / B_iso min: 25.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.09→48.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11001	0	410	442	11853
B_iso mean	-	-	68.42	48.59	-
残基数	-	-	-	-	1371

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.09-2.11	0.3091	118	0.2922	2429	2547	85
2.11-2.14	0.3226	144	0.261	2931	3075	100
2.14-2.16	0.2846	158	0.2446	2865	3023	100
2.16-2.19	0.2887	149	0.2488	2893	3042	100
2.19-2.22	0.3094	164	0.2308	2883	3047	100
2.22-2.25	0.2687	158	0.2234	2873	3031	100
2.25-2.28	0.2487	154	0.2175	2881	3035	100
2.28-2.32	0.2513	134	0.2189	2859	2993	100
2.32-2.35	0.2781	149	0.2081	2957	3106	100
2.35-2.39	0.277	136	0.2056	2884	3020	100
2.39-2.43	0.2264	176	0.2026	2883	3059	100
2.43-2.48	0.2277	141	0.1991	2908	3049	100
2.48-2.52	0.3112	143	0.2121	2891	3034	100
2.52-2.58	0.2647	158	0.2289	2905	3063	100
2.58-2.63	0.2822	146	0.215	2904	3050	100
2.63-2.69	0.2639	161	0.1976	2896	3057	100
2.69-2.76	0.2258	130	0.1973	2940	3070	100
2.76-2.83	0.2596	161	0.1952	2892	3053	100
2.83-2.92	0.2486	149	0.1893	2929	3078	100
2.92-3.01	0.2256	143	0.2012	2943	3086	100
3.01-3.12	0.2403	165	0.2148	2893	3058	100
3.12-3.24	0.2264	147	0.2141	2930	3077	100
3.24-3.39	0.2595	153	0.1973	2932	3085	100
3.39-3.57	0.2376	132	0.1768	2977	3109	100
3.57-3.79	0.2019	159	0.1625	2932	3091	100
3.79-4.09	0.1737	176	0.1515	2935	3111	100
4.09-4.5	0.1522	162	0.132	2979	3141	100
4.5-5.15	0.1598	137	0.1289	3003	3140	100
5.15-6.48	0.1814	171	0.1713	3015	3186	100
6.48-48.01	0.2075	177	0.1753	3142	3319	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2092	-0.4916	0.0511	1.0229	0.0928	2.6385	-0.0163	-0.2241	0.2815	0.1167	-0.0389	-0.0136	-0.2613	0.0947	0.0589	0.3934	-0.07	0.0355	0.3115	-0.0521	0.3392	55.156	40.2835	134.0185
2	2.0871	0.7224	0.8764	-0.0486	0.3408	0.9454	0.1175	-0.0496	-0.0616	0.0386	-0.0479	0.0669	0.0518	0.0956	-0.0735	0.2794	0.0003	0.0093	0.2092	-0.0017	0.3519	46.151	12.0493	118.2711
3	2.0501	0.3242	0.1593	4.0053	1.0722	1.6461	-0.0675	0.0537	-0.0537	-0.1115	-0.0077	-0.2688	-0.0743	0.1381	0.0607	0.2565	-0.0433	0.0198	0.247	-0.0038	0.2597	61.5207	20.796	122.715
4	1.1548	0.5057	-0.4399	2.5584	-0.5351	2.2241	-0.0181	-0.0039	-0.1125	-0.1814	-0.0016	-0.2217	0.2636	0.2447	0.0025	0.2093	-0.0098	0.0339	0.2509	-0.0006	0.3051	62.1581	18.8704	121.1666
5	3.1485	-1.3462	-0.0454	4.6962	1.1621	1.771	0.0895	0.064	-0.2313	-0.0921	-0.2203	0.2249	0.254	-0.2762	0.1171	0.3328	-0.0913	0.0493	0.2667	0.008	0.2739	53.2493	17.362	115.3913
6	1.8505	-0.0329	0.0916	1.0008	1.4163	3.6385	0.1178	0.0328	0.1396	-0.1444	0.0018	0.075	-0.3265	-0.2633	-0.0956	0.3233	0.0649	0.035	0.239	0.0637	0.3255	19.6811	19.6839	114.8781
7	3.0012	1.4541	0.8073	0.8393	0.6843	0.8532	0.2916	-0.2836	-0.0396	0.1999	-0.1057	-0.0114	-0.0621	0.0216	-0.1621	0.4247	-0.0118	0.0561	0.4057	0.0242	0.317	32.8454	27.2084	144.28
8	4.9209	0.0238	1.549	1.7017	0.8899	4.5268	0.2455	-0.2793	-0.2109	0.1887	-0.1335	0.1266	0.1844	-0.2955	-0.1503	0.3772	-0.0119	0.0734	0.2921	0.0006	0.3108	17.0904	21.6891	138.0228
9	1.6829	0.1458	0.6748	1.3545	1.3033	3.9199	0.1752	-0.294	0.0039	0.1983	-0.0347	0.0565	0.001	-0.4666	-0.1417	0.2916	0.0009	0.0423	0.3631	0.0785	0.2878	16.9061	22.4516	140.4785
10	1.6448	0.2637	0.762	1.523	-1.247	4.9105	0.2486	-0.1264	0.1198	0.0188	0.0367	-0.0597	-0.4238	-0.0249	-0.3138	0.32	-0.0483	0.0576	0.3304	-0.026	0.3239	24.4745	29.9105	142.1323
11	2.4896	0.2389	0.1726	1.121	-0.4851	2.8344	0.0034	0.1231	0.2938	-0.0047	-0.0028	0.0724	-0.3712	-0.1914	-0.0058	0.4437	0.0753	0.0595	0.4113	0.0195	0.3284	22.4095	41.4003	177.9255
12	1.6944	-0.6999	0.5989	0.719	-0.3942	1.084	0.1035	0.0407	-0.0803	0.0433	-0.055	0.1011	-0.0547	-0.1894	-0.0503	0.3142	-0.0085	0.0265	0.3203	-0.0034	0.3008	29.7068	12.5894	193.7601
13	1.7681	0.2	-0.1221	3.1215	-0.6685	1.2873	-0.0047	-0.0691	-0.0417	-0.0179	0.1113	0.2713	-0.1897	-0.2591	-0.1012	0.3337	0.0897	0.0512	0.4223	-0.0155	0.2788	14.8619	22.2287	189.0177
14	1.234	-0.6782	-0.7761	2.0536	-0.0942	1.4962	-0.0036	0.0697	-0.1416	0.097	0.0237	0.369	0.0481	-0.3373	0.0061	0.2953	0.0208	0.0467	0.4195	-0.0298	0.3603	14.0697	20.4208	190.4633
15	2.9377	1.9284	0.4315	4.9695	-1.2671	0.761	0.037	0.2714	-0.0559	-0.037	-0.05	-0.0441	0.1004	0.0533	0.0323	0.3746	0.0805	0.0484	0.3807	-0.036	0.3507	22.7883	18.3738	196.4304
16	1.6389	-0.1931	-0.3026	2.5774	-0.5688	2.7375	0.101	-0.0982	0.0559	0.1186	-0.09	-0.1265	-0.1186	0.1781	-0.015	0.2924	-0.0545	0.0204	0.336	-0.0335	0.2796	56.7238	18.0601	197.1024
17	2.1762	-0.8132	0.5432	0.573	-0.2857	0.4901	0.3243	0.2697	0.029	-0.2055	-0.1984	-0.0471	0.1129	-0.1677	-0.0906	0.4226	-0.0077	0.0575	0.5217	0.0006	0.3175	43.9529	26.9579	167.646
18	4.3235	0.5435	1.6958	2.0544	0.3354	4.9502	0.079	0.3737	-0.1582	-0.2392	-0.0102	-0.1911	0.2991	0.3693	-0.0302	0.3596	0.0463	0.0545	0.3725	0.0421	0.3184	59.1793	20.2423	173.8898
19	1.2311	-0.1987	1.0623	1.0924	-1.2301	2.6896	0.1433	0.3741	-0.0853	-0.2754	-0.1345	-0.0995	0.1039	0.4822	0.0049	0.3608	0.0201	0.0518	0.479	-0.0526	0.352	59.3465	20.9775	171.4533
20	1.6823	-0.5822	0.2434	1.6953	0.9203	3.3383	0.3385	0.393	0.0219	-0.14	-0.1625	0.0523	-0.3886	-0.2852	-0.221	0.3985	0.0249	0.0083	0.4779	0.0088	0.3397	52.4081	28.9546	169.8024

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 136:282)	A	136 - 282
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 283:336)	A	283 - 336
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 337:365)	A	337 - 365
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 366:445)	A	366 - 445
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 446:478)	A	446 - 478
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 135:282)	B	135 - 282
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 283:336)	B	283 - 336
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 337:365)	B	337 - 365
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 366:445)	B	366 - 445
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 446:477)	B	446 - 477
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 136:282)	C	136 - 282
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 283:336)	C	283 - 336
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 337:365)	C	337 - 365
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 366:445)	C	366 - 445
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 446:478)	C	446 - 478
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 136:282)	D	136 - 282
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain D and resid 283:336)	D	283 - 336
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain D and resid 337:365)	D	337 - 365
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 366:445)	D	366 - 445
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resid 446:477)	D	446 - 477

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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