PDB-7pv6: CARM1 in complex with EML734

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pv6

タイトル

CARM1 in complex with EML734

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / PROTEIN ARGININE N-METHYLTRANSFERASE / PRMT4 /

CARM1 /

INHIBITOR (酵素阻害剤)

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / negative regulation of dendrite development / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Marechal, N. / Cura, V. / Troffer-Charlier, N. / Bonnefond, L. / Cavarelli, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Turning Nonselective Inhibitors of Type I Protein Arginine Methyltransferases into Potent and Selective Inhibitors of Protein Arginine Methyltransferase 4 through a Deconstruction- ...
著者: Iannelli, G. / Milite, C. / Marechal, N. / Cura, V. / Bonnefond, L. / Troffer-Charlier, N. / Feoli, A. / Rescigno, D. / Wang, Y. / Cipriano, A. / Viviano, M. / Bedford, M.T. / Cavarelli, J. / ...

履歴

登録	2021年10月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2022年9月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pv6.cif.gz	811.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pv6.ent.gz	695.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pv6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/7pv6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/7pv6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7nudC 7nueC 7p2rC 7ppqC 7ppyC 7pu8C 7pucC 7puqC 5ih3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

170 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

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ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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2

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

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ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.000, 99.519, 208.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 41659.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-LRZ / methyl 6-[3-[[~{N}-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl]carbamimidoyl]amino]propylcarbamoylamino]-4-oxidanyl-naphthalene-2-carboxylate 分子量: 608.606 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₂N₁₀O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris pH 7.5, 50 mM NaCl, 1 mM TCEP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.967 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.967 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→48.4 Å / Num. obs: 61974 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 50.5 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.129 / R_pim(I) all: 0.053 / R_rim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 11.3
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 2.017 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4383 / CC_1/2: 0.547 / R_pim(I) all: 0.813 / R_rim(I) all: 2.177 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2.4→46.17 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2371	3083	4.99 %
R_work	0.191	58737	-
obs	0.1934	61820	99.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 155.5 Å² / B_iso mean: 61.633 Å² / B_iso min: 26.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.4→46.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11282	0	455	165	11902
B_iso mean	-	-	76.86	49.58	-
残基数	-	-	-	-	1410

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4-2.43	0.3585	141	0.3354	2495	2636	95
2.43-2.47	0.3044	146	0.3089	2613	2759	100
2.47-2.52	0.3423	121	0.2987	2667	2788	100
2.52-2.56	0.3581	138	0.2884	2649	2787	100
2.56-2.61	0.2982	146	0.2758	2644	2790	100
2.61-2.66	0.35	139	0.2728	2629	2768	100
2.66-2.72	0.276	138	0.2498	2644	2782	100
2.72-2.79	0.2943	128	0.2304	2691	2819	100
2.79-2.86	0.2739	144	0.2277	2653	2797	100
2.86-2.93	0.2869	129	0.2216	2641	2770	100
2.93-3.02	0.3156	134	0.2334	2678	2812	100
3.02-3.12	0.3091	146	0.245	2653	2799	100
3.12-3.23	0.2905	138	0.2306	2648	2786	100
3.23-3.36	0.2704	134	0.2055	2673	2807	100
3.36-3.51	0.2336	125	0.1873	2679	2804	100
3.51-3.69	0.2452	135	0.1793	2685	2820	99
3.69-3.93	0.2121	159	0.1737	2638	2797	99
3.93-4.23	0.1875	145	0.1415	2678	2823	100
4.23-4.65	0.1665	147	0.1331	2719	2866	100
4.65-5.33	0.2187	133	0.1333	2748	2881	100
5.33-6.71	0.2203	150	0.1834	2754	2904	100
6.71-46.17	0.1865	167	0.1695	2858	3025	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6435	-0.7156	-1.1882	1.2788	0.379	2.3544	0.1091	-0.0768	0.1813	0.0589	-0.0566	0.0486	-0.2391	0.0343	-0.0482	0.4212	-0.1416	0.0251	0.3971	-0.0144	0.3818	55.1686	39.7419	134.7418
2	1.138	-0.0484	0.5712	-0.4085	0.2563	0.988	0.1662	-0.0012	-0.1445	0.0428	-0.0536	-0.0539	-0.045	0.1732	-0.0544	0.2176	-0.0178	0.0253	0.2952	0.0009	0.3527	46.2747	11.8765	118.2101
3	0.2827	0.2406	-0.0611	1.7011	0.7964	0.976	-0.0742	0.0584	0.0206	-0.0302	0.071	-0.1104	-0.1274	0.2605	0.0136	0.2818	-0.068	0.0327	0.5314	0.0258	0.4144	61.7542	20.2844	123.0039
4	0.229	0.2412	-0.4837	1.8499	-0.2572	1.5307	-0.003	-0.0869	-0.0767	-0.027	-0.0204	-0.1677	-0.0199	0.3047	0.0149	0.2084	-0.0502	0.0008	0.4373	0.0118	0.3771	62.1424	18.4323	121.3949
5	-0.0999	0.0171	0.2091	2.4681	-0.3439	0.2873	0.0407	-0.0548	0.0078	0.2548	0.017	0.1838	0.0328	-0.0114	-0.0542	0.3221	-0.0458	0.0426	0.4846	0.024	0.3797	56.1571	9.8133	121.9842
6	1.7059	-0.1816	-0.3174	1.6748	0.1014	2.2118	0.1501	0.165	0.164	-0.0269	-0.0016	0.0527	-0.2791	-0.0591	-0.127	0.2843	0.0773	0.0488	0.3076	0.0344	0.3374	19.8241	19.7302	114.9501
7	0.9322	0.5852	-0.2395	0.5473	0.0783	-0.0202	0.2238	-0.156	-0.0145	0.2569	-0.1346	0.0691	-0.192	0.0585	-0.0488	0.4243	-0.0312	0.0794	0.4881	-0.0169	0.3554	32.9657	26.6415	144.775
8	1.9409	-0.3878	1.0509	1.3543	0.3647	1.9954	0.1476	-0.2848	0.116	0.112	0.0034	0.0442	0.0208	-0.0669	-0.1802	0.3464	-0.0138	0.0845	0.4787	0.0074	0.428	17.2116	21.2785	138.3237
9	0.4497	0.038	0.5504	0.8299	0.4647	1.899	0.0796	-0.1742	0.0056	0.1019	-0.0777	-0.0373	-0.187	-0.1419	0.0013	0.3215	-0.0327	0.059	0.4947	-0.0085	0.3506	17.1657	21.9864	140.7504
10	0.3398	-0.3553	0.6199	0.8689	0.2931	1.5941	0.065	-0.0017	-0.0358	-0.0619	-0.0458	-0.3124	-0.2875	0.2842	-0.0207	0.4615	-0.1343	0.0888	0.588	-0.0349	0.5638	24.7326	29.6149	142.6673
11	1.9537	-0.0387	-0.7194	1.0697	-0.251	2.3305	0.0728	-0.035	0.1998	0.1515	0.0523	0.0207	-0.3213	0.0761	-0.1062	0.6391	0.0187	0.073	0.3881	-0.0349	0.4112	22.4369	40.9748	178.0657
12	1.689	-0.3409	0.6813	-0.1739	-0.1891	0.9901	0.1868	-0.1548	-0.0339	-0.0279	-0.069	0.0447	0.0374	-0.1898	-0.0864	0.4343	0.0045	0.0371	0.2654	0.0005	0.371	29.6576	12.4828	194.7957
13	0.5962	-0.24	-0.4768	1.2921	-0.5114	0.9064	-0.0001	0.0397	-0.0487	0.0327	0.0609	0.1718	-0.1946	-0.1115	-0.0615	0.5309	0.0293	0.0602	0.4411	0.0046	0.4601	14.8043	22.0576	189.8593
14	1.0197	-0.6681	-0.3498	1.724	0.1528	1.1135	0.0118	-0.0148	-0.0336	0.2272	0.0326	0.2227	0.0012	-0.1045	-0.0333	0.4753	-0.0219	0.0572	0.3748	-0.0296	0.4072	14.1437	20.2101	191.3695
15	0.6161	0.5594	0.293	1.8289	-0.2299	0.3338	0.0465	0.0481	-0.0686	-0.077	0.0735	0.0395	0.0566	-0.0377	-0.108	0.635	0.0505	0.0549	0.5401	-0.0135	0.4683	19.7559	11.3057	190.9109
16	1.3613	0.5594	-0.6762	1.5431	-0.649	1.4729	0.0404	-0.0638	0.0314	0.1524	-0.0494	-0.0855	-0.2002	0.0618	0.0013	0.5315	-0.0673	-0.0215	0.312	-0.0185	0.3896	56.6974	18.2374	198.0056
17	0.9787	-0.746	0.0664	0.5338	-0.2998	0.1541	0.1135	0.4657	-0.1302	-0.0329	-0.1601	0.0472	-0.0089	0.1118	0.0304	0.5747	-0.0275	0.0474	0.5495	-0.0317	0.4536	43.8538	26.3552	168.0869
18	1.805	0.1986	0.0503	0.8443	0.0687	1.7203	0.0503	0.4196	0.0822	-0.0272	-0.1211	0.0342	0.2488	-0.0531	0.0782	0.542	-0.0018	0.0978	0.5009	-0.0044	0.5163	59.0222	19.7304	174.5203
19	1.2918	0.0435	0.5263	0.7302	-0.8475	1.4273	-0.0451	0.3014	-0.1348	-0.0607	-0.0686	-0.0731	0.058	0.0995	0.0848	0.4552	0.011	0.0415	0.5004	-0.0516	0.4288	59.1727	20.3513	172.085
20	0.9419	0.0687	0.7639	1.1137	0.1465	0.8756	0.1474	0.1039	0.0872	0.3331	-0.094	0.2156	-0.1684	-0.2595	-0.0302	0.6302	0.0123	0.0678	0.56	-0.0014	0.5257	52.2177	28.5208	170.3726

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 136:282)	A	136 - 282
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 283:336)	A	283 - 336
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 337:365)	A	337 - 365
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 366:445)	A	366 - 445
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 446:497)	A	446 - 497
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 135:282)	B	135 - 282
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 283:336)	B	283 - 336
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 337:365)	B	337 - 365
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 366:445)	B	366 - 445
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 446:477)	B	446 - 477
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 136:282)	C	136 - 282
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 283:336)	C	283 - 336
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 337:365)	C	337 - 365
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 366:445)	C	366 - 445
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 446:497)	C	446 - 497
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 135:282)	D	135 - 282
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain D and resid 283:336)	D	283 - 336
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain D and resid 337:365)	D	337 - 365
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 366:445)	D	366 - 445
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resid 446:477)	D	446 - 477

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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