PDB-7pq3: Crystal Structure of the Ring Nuclease 0811 from Sulfolobus islan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pq3

タイトル

Crystal Structure of the Ring Nuclease 0811 from Sulfolobus islandicus (Sis0811) in complex with its post-catalytic reaction product

要素

CRISPR-associated protein, APE2256 family

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN / RING NUCLEASE / CRISPR-ASSOCIATED PROTEIN /

HELIX-TURN-HELIX (ヘリックスターンヘリックス) / VIRAL RESISTANCE / CARF NUCLEOTIDE-BINDING DOMAIN / CRISPR Ring Nuclease

機能・相同性

CRISPR system ring nuclease SSO1393 / CRISPR system ring nuclease SSO1393-like / CRISPR-associated protein (Cas_APE2256) / Chem-LQJ / CRISPR-associated protein, APE2256 family

機能・相同性情報

生物種

Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Molina, R. / Jensen, A.L.G. / Marchena-Hurtado, J. / Lopez-Mendez, B. / Stella, S. / Montoya, G.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structural basis of cyclic oligoadenylate degradation by ancillary Type III CRISPR-Cas ring nucleases.
著者: Molina, R. / Jensen, A.L.G. / Marchena-Hurtado, J. / Lopez-Mendez, B. / Stella, S. / Montoya, G.

履歴

登録	2021年9月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_keywords / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_keywords.text / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._struct_keywords.text / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pq3.cif.gz	222.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pq3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pq3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/7pq3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/7pq3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pq2SC 7pq6C 7pqaC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6imk-d 2qs4-2 5ejd-5 2x7n-d 6o6e-d 2ojt-1 1v8p-2 5ejd-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: CRISPR-associated protein, APE2256 family

BBB: CRISPR-associated protein, APE2256 family

ヘテロ分子

64.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.731, 56.731, 361.469
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 267 / Label seq-ID: 1 - 267

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	AAA	A
2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	CRISPR-associated protein, APE2256 family 分子量: 31654.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性) 遺伝子: SiRe_0811 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: F0NH89
#2: 化合物	ChemComp-LQJ / 3'-O-[(R)-{[(2S,3aS,4S,6S,6aS)-6-(6-amino-9H-purin-9-yl)-2-hydroxy-2-oxotetrahydro-2H-2lambda~5~-furo[3,4-d][1,3,2]dioxaphosphol-4-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]adenosine 分子量: 658.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.5, 0.2M KSCN

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→61.52 Å / Num. obs: 14426 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 7.8 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 2.85→2.92 Å / Num. unique obs: 823 / CC_1/2: 0.37

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7PQ2

7pq2

解像度: 2.85→48.05 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 61.199 / SU ML: 0.571 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.475 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2906	740	5.01 %
R_work	0.2515	14031	-
all	0.254	-	-
obs	-	14031	99.187 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 117.141 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.595 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.595 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→48.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4358	0	88	0	4446

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4538
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	4384
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.638	1.644	6140
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.284	1.587	10144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.863	5	535
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.572	23.909	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.725	15	859
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.63	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	583
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4929
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	967
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.214	0.2	4374
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	2434
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.225	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.233	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.073	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.763	4.76	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.763	4.752	2144
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.716	7.131	2679
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.716	7.131	2679
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.098	5.213	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.098	5.215	2392
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.195	7.711	3461
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.194	7.714	3462
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.251	90.028	17941
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.25	90.027	17942
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.159	0.05	7708

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15934	0.05008
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15934	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.848-2.922	0.342	52	0.369	984	0.367	1044	0.65	0.687	99.2337	0.377
2.922-3.002	0.369	52	0.33	987	0.332	1039	0.773	0.778	100	0.335
3.002-3.088	0.416	51	0.34	968	0.343	1020	0.719	0.783	99.902	0.321
3.088-3.183	0.323	49	0.317	921	0.317	971	0.822	0.799	99.897	0.297
3.183-3.287	0.374	46	0.296	892	0.299	939	0.765	0.846	99.8935	0.275
3.287-3.402	0.341	46	0.278	884	0.281	930	0.843	0.866	100	0.256
3.402-3.529	0.336	46	0.275	866	0.279	921	0.872	0.861	99.0228	0.254
3.529-3.673	0.345	43	0.283	805	0.286	853	0.873	0.876	99.4138	0.259
3.673-3.835	0.24	42	0.249	793	0.249	838	0.903	0.913	99.642	0.234
3.835-4.021	0.274	40	0.25	763	0.251	809	0.908	0.912	99.2583	0.234
4.021-4.237	0.306	38	0.246	717	0.249	755	0.882	0.906	100	0.245
4.237-4.492	0.271	36	0.236	689	0.238	732	0.901	0.927	99.0437	0.239
4.492-4.799	0.255	35	0.236	650	0.238	687	0.925	0.928	99.7089	0.248
4.799-5.179	0.25	31	0.239	617	0.239	659	0.927	0.929	98.3308	0.259
5.179-5.667	0.247	31	0.247	574	0.247	606	0.936	0.923	99.835	0.272
5.667-6.324	0.433	26	0.289	524	0.295	552	0.763	0.898	99.6377	0.302
6.324-7.282	0.32	25	0.254	465	0.258	501	0.914	0.919	97.8044	0.284
7.282-8.868	0.273	21	0.204	393	0.208	429	0.943	0.955	96.5035	0.244
8.868-12.332	0.174	17	0.18	321	0.179	357	0.974	0.972	94.6779	0.236
12.332-48.048	0.332	13	0.26	218	0.264	246	0.862	0.946	93.9024	0.315

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3983	-0.5446	1.0562	1.308	1.133	5.1215	-0.7458	-0.1786	-0.4295	0.3673	0.4841	0.1907	0.0076	0.3446	0.2617	0.9397	0.1219	0.1485	0.1773	0.0395	0.799	53.4713	17.5391	163.8041
2	2.3281	-1.0586	0.8717	1.9677	1.6767	3.527	-0.7058	0.0319	0.2479	-0.2086	0.4066	-0.1039	-1.2999	0.3562	0.2992	1.5238	-0.1355	-0.1256	0.2359	-0.0099	0.8547	49.9988	37.3263	151.5282

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	1 - 268
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	1 - 269

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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