PDB-7ppy: CARM1 in complex with EML709

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ppy

タイトル

CARM1 in complex with EML709

要素

Histone-arginine methyltransferase CARM1

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / protein arginine N-methyltransferase / PRMT4 /

CARM1 /

inhibitor (酵素阻害剤)

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3R26 methyltransferase activity / regulation of growth plate cartilage chondrocyte proliferation / histone H3R17 methyltransferase activity / endochondral bone morphogenesis / histone H3R2 methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / negative regulation of dendrite development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.42 Å

データ登録者

Marechal, N. / Cura, V. / Bonnefond, L. / Troffer-Charlier, N. / Cavarelli, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Turning Nonselective Inhibitors of Type I Protein Arginine Methyltransferases into Potent and Selective Inhibitors of Protein Arginine Methyltransferase 4 through a Deconstruction- ...
著者: Iannelli, G. / Milite, C. / Marechal, N. / Cura, V. / Bonnefond, L. / Troffer-Charlier, N. / Feoli, A. / Rescigno, D. / Wang, Y. / Cipriano, A. / Viviano, M. / Bedford, M.T. / Cavarelli, J. / ...

履歴

登録	2021年9月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2022年9月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ppy.cif.gz	784.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ppy.ent.gz	673.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ppy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/7ppy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/7ppy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7nudC 7nueC 7p2rC 7ppqC 7pu8C 7pucC 7puqC 7pv6C 5ih3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone-arginine methyltransferase CARM1

B: Histone-arginine methyltransferase CARM1

C: Histone-arginine methyltransferase CARM1

D: Histone-arginine methyltransferase CARM1

ヘテロ分子

167 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.677, 98.823, 206.981
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Histone-arginine methyltransferase CARM1 / Coactivator-associated arginine methyltransferase 1 / Protein arginine N-methyltransferase 4 分子量: 40850.457 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Carm1, Prmt4 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q9WVG6, type I protein arginine methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-7ZH / methyl 6-[4-[[~{N}-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl]carbamimidoyl]amino]butylcarbamoylamino]-4-oxidanyl-naphthalene-2-carboxylate 分子量: 622.632 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₃₄N₁₀O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 12% PEG 2000, 100mM NaCl, 100mM TrisHCl pH8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.42→48.06 Å / Num. obs: 58136 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.115 / R_pim(I) all: 0.062 / R_rim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 2.42→2.49 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 1.223 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 3623 / CC_1/2: 0.441 / R_pim(I) all: 0.743 / R_rim(I) all: 1.441 / % possible all: 80

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IH3

5ih3

解像度: 2.42→48.06 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 26.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2353	2875	4.96 %
R_work	0.2055	55124	-
obs	0.207	57999	98.09 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 128.07 Å² / B_iso mean: 54.5883 Å² / B_iso min: 28.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.42→48.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10971	0	436	104	11511
B_iso mean	-	-	67.01	46.85	-
残基数	-	-	-	-	1368

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.42-2.46	0.3898	96	0.3571	1779	1875	68
2.46-2.5	0.3445	123	0.3296	2599	2722	99
2.5-2.55	0.3245	136	0.3072	2632	2768	100
2.55-2.6	0.3083	137	0.2989	2660	2797	100
2.6-2.65	0.3528	141	0.2884	2630	2771	100
2.65-2.71	0.2916	136	0.263	2626	2762	100
2.71-2.77	0.3254	122	0.2597	2664	2786	100
2.77-2.84	0.331	142	0.2677	2643	2785	100
2.84-2.92	0.3205	136	0.2634	2620	2756	100
2.92-3.01	0.2659	134	0.2581	2670	2804	100
3.01-3.1	0.2555	147	0.2403	2640	2787	99
3.1-3.21	0.297	143	0.234	2630	2773	100
3.21-3.34	0.2624	134	0.2334	2661	2795	100
3.34-3.49	0.2322	119	0.2171	2680	2799	100
3.49-3.68	0.2318	132	0.1952	2666	2798	100
3.68-3.91	0.2225	163	0.1794	2668	2831	100
3.91-4.21	0.2041	145	0.1614	2657	2802	100
4.21-4.63	0.1655	142	0.1433	2691	2833	99
4.63-5.3	0.1823	132	0.1435	2724	2856	100
5.3-6.68	0.1988	152	0.187	2745	2897	100
6.68-48.06	0.1884	163	0.1804	2839	3002	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9239	-0.4863	-0.2502	2.8467	0.324	2.9545	0.1148	-0.1507	0.1494	0.1585	-0.0857	0.0902	-0.3153	-0.0034	-0.0063	0.3366	-0.0636	0.0543	0.3291	-0.0353	0.3542	55.0487	40.4899	133.2064
2	2.0563	0.931	0.3917	0.5504	0.1964	1.095	0.2057	-0.055	-0.0975	0.1609	-0.1196	-0.0926	0.0054	0.0464	-0.087	0.2822	0.0022	0.0101	0.2992	-0.0132	0.4046	45.9702	11.9832	117.7019
3	0.7711	0.414	-0.6296	1.8911	1.2434	1.0504	-0.0964	0.0925	-0.0738	0.0582	0.0423	-0.1521	0.0546	0.0678	0.0058	0.3179	-0.0654	0.0343	0.3983	0.0048	0.4528	61.3493	20.4498	122.2938
4	0.7699	0.6626	-0.1331	2.9865	-0.0028	1.9121	-0.0337	-0.0626	-0.0311	-0.1463	0.0322	-0.1392	0.1501	0.2134	0.033	0.2019	-0.0362	0.0427	0.353	-0.0051	0.3219	61.9172	18.5787	120.8368
5	1.7329	0.8729	0.19	2.1559	-0.313	1.2431	0.0918	-0.1043	0.0015	0.0097	-0.0825	0.2291	0.0087	-0.256	-0.1142	0.4214	-0.0195	0.0645	0.4477	-0.0273	0.396	53.214	17.0856	114.4022
6	2.2544	-0.2309	-0.6327	2.3528	0.903	3.5659	0.1568	0.1329	0.2159	-0.0671	-0.0158	0.1317	-0.3452	-0.1095	-0.1576	0.3179	0.0791	0.0244	0.2941	0.0473	0.3633	19.748	19.8303	114.4774
7	1.5369	0.9527	-0.5692	0.5259	-0.0849	0.0419	0.3362	-0.4984	0.1736	0.2383	-0.2869	0.1183	0.0638	0.1275	-0.0685	0.5127	0.0139	0.0652	0.4456	-0.0073	0.3898	33.081	28.0406	144.0689
8	1.9941	-0.3156	0.0743	1.0714	0.8121	1.8141	0.109	-0.2313	0.1193	0.1099	-0.0529	0.0927	0.2333	-0.3173	-0.0393	0.421	-0.0116	0.0633	0.4855	0.0474	0.4536	17.396	22.2206	137.9105
9	2.0205	0.408	0.6165	1.1908	1.0643	2.2715	0.2168	-0.344	-0.0512	0.1857	-0.0562	-0.0511	0.0361	-0.0589	-0.0961	0.3905	0.0231	0.0545	0.4636	0.0823	0.3647	17.2671	23.01	140.1898
10	0.928	0.1975	0.7962	0.9865	0.3012	1.5729	0.1542	-0.1386	-0.0336	-0.1268	-0.125	-0.3241	-0.4377	0.3695	-0.0779	0.5677	-0.0173	0.0573	0.6061	0.0207	0.5118	24.8536	30.8236	141.804
11	2.2246	0.229	-0.8759	1.8326	-0.2204	3.4915	0.1235	0.0574	0.1977	0.0202	0.0122	0.0236	-0.3049	0.0231	-0.1317	0.4051	0.0679	0.0392	0.3308	0.0095	0.3627	22.3073	41.9137	177.4523
12	1.3368	-0.3452	0.5134	0.2881	-0.2645	0.91	0.2026	-0.0165	-0.2075	-0.0338	-0.111	0.1471	0.0863	-0.118	-0.0544	0.4228	0.0286	0.0145	0.3012	-0.0154	0.4026	29.6261	12.6193	192.9805
13	1.4554	0.1841	-0.6356	0.8059	-0.5223	0.9927	0.085	0.0259	-0.1682	-0.2659	-0.1075	0.1799	-0.1712	-0.1974	-0.0637	0.472	0.1095	0.0322	0.4055	-0.0266	0.4279	14.9286	22.2363	188.2403
14	1.2699	-0.9119	-0.1891	2.4405	-0.1464	0.8174	0.0327	0.0156	0.0229	0.1612	0.0629	0.2111	-0.0053	-0.1561	-0.0623	0.3969	0.0451	0.0458	0.3422	-0.007	0.3831	14.099	20.4523	189.6095
15	0.8042	0.1516	0.4588	1.874	-0.6143	0.7136	-0.0155	-0.137	-0.1507	-0.0867	-0.0538	-0.195	0.007	0.0604	0.0485	0.5829	0.0514	0.1178	0.4113	-0.0209	0.4538	22.964	18.135	195.9122
16	2.7008	1.0118	-0.3946	1.992	-0.4489	2.8802	0.1992	-0.1269	0.1477	0.0895	-0.1036	-0.0557	-0.2151	-0.0155	-0.084	0.368	0.0036	0.0166	0.2671	-0.0229	0.3064	56.49	18.2173	196.2586
17	1.6215	-1.0032	-0.8267	0.4432	0.117	-0.1382	0.3363	0.7977	-0.1438	-0.2519	-0.3563	-0.022	0.0612	-0.1407	0.0531	0.5607	0.0454	0.02	0.5782	-0.0262	0.4367	43.6795	27.8802	166.6757
18	1.698	0.7668	0.5584	1.0482	-0.3076	1.4786	-0.171	0.2705	-0.0644	-0.1009	0.1883	0.0109	0.1838	0.3336	-0.0101	0.4137	0.0579	0.0523	0.5094	-0.0206	0.4417	58.7438	20.7982	172.8169
19	1.1273	0.3661	1.1887	0.4357	-1.1715	2.4967	0.0648	0.3496	-0.0538	-0.1826	-0.0169	-0.0303	0.2298	0.182	-0.0239	0.458	0.0629	0.0702	0.4857	-0.0599	0.4196	58.984	21.5295	170.5324
20	0.4694	0.6139	0.6881	0.4757	-0.0264	1.0797	0.0824	0.6054	0.1245	0.1053	-0.094	0.172	-0.2916	-0.7395	-0.0149	0.5813	0.0654	0.0761	0.7107	0.0204	0.4966	52.6031	30.6944	168.6849

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 136:282)	A	136 - 282
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 283:336)	A	283 - 336
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 337:365)	A	337 - 365
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 366:445)	A	366 - 445
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 446:477)	A	446 - 477
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 136:282)	B	136 - 282
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 283:336)	B	283 - 336
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 337:365)	B	337 - 365
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 366:445)	B	366 - 445
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 446:477)	B	446 - 477
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 136:282)	C	136 - 282
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 283:336)	C	283 - 336
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 337:365)	C	337 - 365
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 366:445)	C	366 - 445
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 446:478)	C	446 - 478
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 136:282)	D	136 - 282
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain D and resid 283:336)	D	283 - 336
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain D and resid 337:365)	D	337 - 365
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 366:445)	D	366 - 445
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resid 446:476)	D	446 - 476

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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