+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7pdx | ||||||
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Title | Crystal structure of parent MAGE-A10 TCR (728) | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / T-cell receptor / immunoglobulin fold | ||||||
Function / homology | PHOSPHATE ION Function and homology information | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.27 Å | ||||||
Authors | Simister, P.C. / Border, E.C. / Vieira, J.F. / Pumphrey, N.J. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: J Immunother Cancer / Year: 2022 Title: Structural insights into engineering a T-cell receptor targeting MAGE-A10 with higher affinity and specificity for cancer immunotherapy. Authors: Simister, P.C. / Border, E.C. / Vieira, J.F. / Pumphrey, N.J. #1: Journal: Oncoimmunology / Year: 2018 Title: Affinity-enhanced T-cell receptors for adoptive T-cell therapy targeting MAGE-A10: strategy for selection of an optimal candidate Authors: Border, E.C. / Sanderson, J.P. / Weissensteiner, T. / Gerry, A.B. / Pumphrey, N.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7pdx.cif.gz | 337.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7pdx.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 7pdx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pdx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/7pdx | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7pbcC 7pdwSC 7qpjC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 22818.072 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Protein | Mass: 27185.422 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PO4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.486 Å3/Da / Density % sol: 50.56 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 0.1M PCTP pH 7.0, 25% w/v PEG 1500 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.97625 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: May 16, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.27→79.011 Å / Num. obs: 38348 / % possible obs: 86.2 % / Redundancy: 1.5 % / Biso Wilson estimate: 14.61 Å2 / CC1/2: 0.957 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.117 / Rrim(I) all: 0.166 / Net I/σ(I): 4.3 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7PDW Resolution: 2.27→79.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 8.608 / SU ML: 0.206 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.432 / ESU R Free: 0.269 Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.761 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.27→79.01 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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