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- PDB-7p50: GlnK2 from Methanothermococcus thermolithotrophicus in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p50
タイトルGlnK2 from Methanothermococcus thermolithotrophicus in complex with Mg-ATP and 2-oxoglutarate at a resolution of 1.16 A
要素GlnK2 from Methanothermococcus thermolithotrophicus
キーワードSIGNALING PROTEIN / PII-family / Methanococcales / methanogenic archaea (メタン菌) / thermophile (好熱菌) / hydrogenotrophic / protein regulation / inhibitor (酵素阻害剤) / conformational change (コンフォメーション変化) / ATP (アデノシン三リン酸) / 2-oxoglutarate (Α-ケトグルタル酸) / T-loop
機能・相同性2-OXOGLUTARIC ACID / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者Mueller, M.-C. / Wagner, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: The Oxoglutarate Binding Site and Regulatory Mechanism Are Conserved in Ammonium Transporter Inhibitors GlnKs from Methanococcales .
著者: Muller, M.C. / Wagner, T.
履歴
登録2021年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GlnK2 from Methanothermococcus thermolithotrophicus
B: GlnK2 from Methanothermococcus thermolithotrophicus
C: GlnK2 from Methanothermococcus thermolithotrophicus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,54315
ポリマ－44,1873
非ポリマー2,35612
水9,260514
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12080 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area15720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.238, 58.238, 229.304
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 GlnK2 from Methanothermococcus thermolithotrophicus


分子量: 14729.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GlnK2 was expressed with a His-tag in the N-terminus.
由来: (組換発現) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (古細菌)
組織: / / Cell: / / 細胞株: / / 遺伝子: glnk2 / 器官: / / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 7種, 526分子

#2: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸 / Α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.24 % / 解説: Transparent spike
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: MtGlnK2 was crystallized at a concentration of 30 mg/ml in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% v/v glycerol, 2 mM dithiothreitol and 500 mM NaCl. The protein was co-crystallized with 2 mM ATP, 2 mM 2- ...詳細: MtGlnK2 was crystallized at a concentration of 30 mg/ml in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% v/v glycerol, 2 mM dithiothreitol and 500 mM NaCl. The protein was co-crystallized with 2 mM ATP, 2 mM 2-oxoglutarate and 2 mM MgCl2 on a 96-Well MRC 2-Drop Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI). Drop of 0.6 ul of protein sample was mixed with 0.6 ul of the crystallization solution. The reservoir contained 90 ul of the following crystallization solution: 25 w/v Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH), 100 mM MES pH 6.5.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99985 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99985 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.157→57.33 Å / Num. obs: 108153 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 21.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.01 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 29.1
反射 シェル解像度: 1.157→1.259 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 5406 / CC1/2: 0.774 / Rpim(I) all: 0.286 / Rrim(I) all: 0.709 / % possible all: 51.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2J9D

2j9d


解像度: 1.16→57.33 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.38 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The last steps of the refinement were performed with hydrogens in a riding mode and all atoms were considered anisotropic
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1366 5309 4.91 %
Rwork0.1168 102844 -
obs0.1178 108153 77.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 81.74 Å2 / Biso mean: 20.8654 Å2 / Biso min: 8.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.16→57.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2748 0 145 516 3409
Biso mean--15.16 34.02 -
残基数----351
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.16-1.170.367550.24231441493
1.17-1.180.2055230.21343623858
1.18-1.20.2891190.208957959813
1.2-1.210.2105360.201374077617
1.21-1.230.1741430.17394799022
1.23-1.250.1571510.17081157120826
1.25-1.260.2279930.17421634172738
1.26-1.280.21150.162338245354
1.28-1.30.1741440.15142943308767
1.3-1.320.18421700.14653596376682
1.32-1.350.19692570.13614105436296
1.35-1.370.16892300.12424278450898
1.37-1.40.14892120.10944337454999
1.4-1.430.14912120.098343844596100
1.43-1.460.1382360.095143804616100
1.46-1.490.12512350.090943364571100
1.49-1.530.12662260.09243854611100
1.53-1.570.11112400.090643724612100
1.57-1.610.11912340.089943724606100
1.61-1.670.11962260.094644064632100
1.67-1.730.12212480.099143774625100
1.73-1.80.14322290.107944024631100
1.8-1.880.13132120.106244634675100
1.88-1.980.11412330.096243874620100
1.98-2.10.12052280.09544664694100
2.1-2.260.12352130.097744614674100
2.26-2.490.13842180.111645154733100
2.49-2.850.12882270.116845264753100
2.85-3.590.14322460.128845924838100
3.59-57.330.14262480.143348605108100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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