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- PDB-7p12: DeNovoTIM13-SB, a de novo designed TIM barrel with a salt-bridge ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p12
タイトルDeNovoTIM13-SB, a de novo designed TIM barrel with a salt-bridge cluster
要素DeNovoTIM13-SB
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / TIM barrel (TIMバレル) / salt bridge cluster
機能・相同性リン酸塩
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Kordes, S. / Romero-Romero, S. / Hocker, B.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)HO4022/2-3 ドイツ
European Research Council (ERC)ERC Consolidator grant 647548 Protein Lego ドイツ
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: A newly introduced salt bridge cluster improves structural and biophysical properties of de novo TIM barrels.
著者: Kordes, S. / Romero-Romero, S. / Lutz, L. / Hocker, B.
履歴
登録2021年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DeNovoTIM13-SB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2513
ポリマ－22,1211
非ポリマー1302
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area8290 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)39.400, 39.470, 39.400
Angle α, β, γ (deg.)113.320, 102.020, 113.297
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 DeNovoTIM13-SB


分子量: 22120.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: M (N-terminal) and LEHHHHHH (C-terminal) come from the expresion vector.
由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.9
詳細: 0.17 M sodium acetate trihydrate, 0.085 M Tris pH8.9, 23% PEG 4000, 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→32.65 Å / Num. obs: 20148 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 38.3 Å2 / CC1/2: 0.987 / CC star: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1995 / Rpim(I) all: 0.08262 / Rrim(I) all: 0.2165 / Net I/σ(I): 9.66
反射 シェル解像度: 1.69→1.75 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 2.794 / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Num. unique obs: 1981 / CC1/2: 0.596 / CC star: 0.864 / Rpim(I) all: 1.125 / Rrim(I) all: 3.016 / % possible all: 99.85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6YQX

6yqx


解像度: 1.69→32.65 Å / SU ML: 0.2881 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 43.0148
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3147 1008 5 %
Rwork0.2655 19137 -
obs0.268 20145 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→32.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1252 0 6 21 1279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00421263
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68611723
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0487224
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041219
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.7432189
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.69-1.780.45591460.40592768X-RAY DIFFRACTION99.86
1.78-1.890.39991420.36552702X-RAY DIFFRACTION99.89
1.89-2.040.3481420.2972708X-RAY DIFFRACTION99.48
2.04-2.240.34361440.28082722X-RAY DIFFRACTION99.93
2.24-2.570.30071460.27292774X-RAY DIFFRACTION99.69
2.57-3.230.3551440.29862735X-RAY DIFFRACTION99.58
3.23-32.650.28891440.23892728X-RAY DIFFRACTION99.31
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.9277169393 Å / Origin y: -2.74256954458 Å / Origin z: -14.2031739562 Å
111213212223313233
T0.209737253424 Å20.0702476283386 Å20.0130708871884 Å2-0.358057308674 Å20.0546938378124 Å2--0.258381702477 Å2
L4.95490936936 °21.16854365993 °2-2.43467870935 °2-4.66672800669 °21.35703968695 °2--4.58445900668 °2
S-0.055687780542 Å °-0.220765224752 Å °-0.0712476118753 Å °0.13907102439 Å °-0.00294950724347 Å °-0.307649302432 Å °0.150936316199 Å °0.167628548499 Å °0.0783253259606 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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