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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oyw | ||||||
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タイトル | E.coli's putrescine receptor variant PotF/D (4JDF) with mutations E39D F88L S247D in complex with spermidine | ||||||
![]() | Putrescine-binding periplasmic protein | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shanmugaratnam, S. / Kroeger, P. / Hocker, B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Fine-tuning spermidine binding modes in the putrescine binding protein PotF. 著者: Kroger, P. / Shanmugaratnam, S. / Scheib, U. / Hocker, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 578.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 404.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 39524.656 Da / 分子数: 2 / 変異: S38T, S87Y, F88L, A182D, F276W, L348Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 873分子 ![](data/chem/img/SPD.gif)
![](data/chem/img/ONT.gif)
![](data/chem/img/ONW.gif)
![](data/chem/img/3IE.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/JFN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ONT.gif)
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![](data/chem/img/3IE.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/JFN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | ChemComp-ONT / ( | #4: 化合物 | ChemComp-ONW / ( | #5: 化合物 | ChemComp-3IE / ( #6: 化合物 | ChemComp-CL / ![]() #7: 化合物 | ChemComp-JFN / ( | #8: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.49 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 2.4 M AmSO4 + 0.1 M Bicine pH 9.0 + 5% Jeffamine M600 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月11日 |
放射 | モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.28→49.39 Å / Num. obs: 198363 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 16.31 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 8.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.28→1.33 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 2.316 / Mean I/σ(I) obs: 0.59 / Num. unique obs: 19073 / CC1/2: 0.233 / CC star: 0.615 / Rpim(I) all: 1.015 / Rrim(I) all: 2.536 / % possible all: 96.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1A99 解像度: 1.28→49.39 Å / SU ML: 0.1843 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 19.0846 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.28→49.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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