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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oyu | ||||||
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タイトル | E.coli's putrescine receptor variant PotF/D (4JDF) with mutations E39D Y87S F88Y in complex with spermidine | ||||||
![]() | Putrescine-binding periplasmic protein PotF | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() putrescine transport / ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shanmugaratnam, S. / Kroeger, P. / Hocker, B. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Fine-tuning spermidine binding modes in the putrescine binding protein PotF. 著者: Kroger, P. / Shanmugaratnam, S. / Scheib, U. / Hocker, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 184.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 120.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 39470.566 Da / 分子数: 1 / 変異: S38T, F88Y, A182D, D247S, F276W, L348Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: K12 / 遺伝子: potF, b0854, JW0838 / プラスミド: pET21b(+) / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 190分子 ![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/SPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/SPD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-PGE / ![]() | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-EDO / ![]() #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | ![]() #5: 化合物 | ChemComp-SPD / | ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.07 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 0.2 M Ammonium acetate, 30% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月11日 |
放射 | モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.95→46.36 Å / Num. obs: 25021 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 30.12 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.206 / Rpim(I) all: 0.093 / Rrim(I) all: 0.227 / Net I/σ(I): 6.44 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 2.231 / Mean I/σ(I) obs: 0.79 / Num. unique obs: 14023 / CC1/2: 0.262 / CC star: 0.644 / Rpim(I) all: 0.996 / Rrim(I) all: 2.451 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1A99 解像度: 1.95→46.36 Å / SU ML: 0.2521 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 25.0649 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.92 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -0.328129966486 Å / Origin y: -0.0287458903317 Å / Origin z: -11.9408554634 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: (chain 'A' and resid 29 through 369) |