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- PDB-7oy6: Crystal structure of human DYRK1A in complex with ARN25068 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oy6
タイトルCrystal structure of human DYRK1A in complex with ARN25068
要素Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1ADYRK1A
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Inhibitor / complex / GSK-3B
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome ...histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / amyloid-beta formation / G0 and Early G1 / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cytoskeletal protein binding / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / tubulin binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / positive regulation of RNA splicing / peptidyl-threonine phosphorylation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / tau protein binding / 概日リズム / peptidyl-tyrosine phosphorylation / : / nervous system development / actin binding / peptidyl-serine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / transcription coactivator activity / 細胞骨格 / protein kinase activity / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / 神経繊維 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 樹状突起 / positive regulation of DNA-templated transcription / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A/1B, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-39I / Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Tripathi, S.K. / Balboni, B. / Demuro, S. / DiMartino, R. / Ortega, J. / Girotto, S. / Cavalli, A.
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: ARN25068, a versatile starting point towards triple GSK-3 beta /FYN/DYRK1A inhibitors to tackle tau-related neurological disorders.
著者: Demuro, S. / Sauvey, C. / Tripathi, S.K. / Di Martino, R.M.C. / Shi, D. / Ortega, J.A. / Russo, D. / Balboni, B. / Giabbai, B. / Storici, P. / Girotto, S. / Abagyan, R. / Cavalli, A.
履歴
登録2021年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2262
ポリマ－41,8631
非ポリマー3621
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.650, 93.650, 48.960
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number77
Space group name H-MP42

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要素

#1: タンパク質 Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A / DYRK1A / Dual specificity YAK1-related kinase / HP86 / Protein kinase minibrain homolog / MNBH / hMNB


分子量: 41863.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DYRK1A, DYRK, MNB, MNBH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13627, dual-specificity kinase
#2: 化合物 ChemComp-39I / ~{N}4-(3-cyclopropyl-1~{H}-pyrazol-5-yl)-~{N}2-(phenylmethyl)thieno[3,2-d]pyrimidine-2,4-diamine


分子量: 362.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18N6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: 15-20% PEG1000, 50 mM Mes 6.4, 100 mM KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→48.96 Å / Num. obs: 17364 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.38→2.47 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 1835 / CC1/2: 0.623

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ANQ

3anq


解像度: 2.38→46.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 14.495 / SU ML: 0.299 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.351 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2704 869 5 %RANDOM
Rwork0.1981 ---
obs0.2019 16470 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 175.5 Å2 / Biso mean: 63.943 Å2 / Biso min: 41.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.86 Å20 Å20 Å2
2---3.86 Å20 Å2
3---7.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.38→46.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2743 0 26 29 2798
Biso mean--80.8 59.65 -
残基数----343
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0132847
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0172619
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7131.6563854
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3381.5876059
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1085342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.68922.276145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.74815484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.6291516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02621
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 60 -
Rwork0.396 1236 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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