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- PDB-7oxg: ttSlyD FKBP domain with M8A pseudo-wild-type S2 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oxg
タイトルttSlyD FKBP domain with M8A pseudo-wild-type S2 peptide
要素
  • 30S ribosomal protein S2
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / FKBP (FKBP)
機能・相同性
機能・相同性情報


プロリルイソメラーゼ / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / protein refolding / cytoplasmic translation / structural constituent of ribosome / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
イミダゾール / Small ribosomal subunit protein uS2 / プロリルイソメラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pazicky, S. / Lei, J. / Loew, C.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Joachim Herz Stiftung800026 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research05K18YEA ドイツ
引用ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2022
タイトル: Impact of distant peptide substrate residues on enzymatic activity of SlyD.
著者: Pazicky, S. / Werle, A.A. / Lei, J. / Low, C. / Weininger, U.
履歴
登録2021年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
C: 30S ribosomal protein S2
D: 30S ribosomal protein S2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9297
ポリマ－27,7894
非ポリマー1403
水1,17165
1
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
C: 30S ribosomal protein S2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9994
ポリマ－13,8952
非ポリマー1052
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area6890 Å2
手法PISA
2
B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
D: 30S ribosomal protein S2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9303
ポリマ－13,8952
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area6890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.681, 82.525, 42.268
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase


分子量: 12179.549 Da / 分子数: 2 / 変異: Deletion of IF domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (サーマス・サーモフィルス)
株: ATCC 27634 / DSM 579 / HB8 / 遺伝子: TTHA0346 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SLE7, プロリルイソメラーゼ
#2: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein S2 / / Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 1714.962 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.6 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: counter-diffusion / pH: 5.5 / 詳細: Bis-Tris, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39.59 Å / Num. obs: 15015 / % possible obs: 99.38 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 31.43 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1084 / Rpim(I) all: 0.05427 / Rrim(I) all: 0.1216 / Net I/σ(I): 9.89
反射 シェル解像度: 2→2.072 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.9471 / Num. unique obs: 1467 / CC1/2: 0.696 / Rpim(I) all: 0.4619 / % possible all: 99.39

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3cgm

3cgm


解像度: 2→39.59 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2468 765 5.08 %
Rwork0.2023 --
obs0.2046 15063 99.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→39.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1769 0 7 65 1841
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051828
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9282478
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.383241
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054266
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006327
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.150.33811470.29272790X-RAY DIFFRACTION98
2.15-2.370.30051580.26482864X-RAY DIFFRACTION99
2.37-2.710.29191770.23822839X-RAY DIFFRACTION99
2.71-3.410.24541450.19642880X-RAY DIFFRACTION99
3.41-41.260.1991380.16552925X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.22011.3544-0.42352.7192-2.32922.3427-0.05190.0055-0.0146-0.2196-0.1269-0.7685-0.12930.17040.21290.18030.00460.01110.22980.01330.250810.939320.92421.0764
22.16061.39191.02847.9406-1.50541.2658-0.0610.05870.08770.04730.09830.19040.1051-0.04430.01710.1870.00680.06590.2321-0.00880.14974.702717.57231.3707
33.941.0935-3.79817.4748-0.90253.8230.20080.02670.9980.5610.0755-0.6685-0.4740.3578-0.25820.28770.0125-0.09730.31060.05450.345914.206921.29886.2057
41.28220.7813-1.45482.857-1.41068.90660.5482-0.1898-0.08590.1885-0.55560.00820.2541-0.3633-0.02210.2828-0.02140.05240.2243-0.04720.26885.651711.85468.599
53.6878-1.9399-1.35426.58251.19970.8817-0.06720.37271.27490.1750.36751.41360.3841-0.707-0.14330.3875-0.07290.04150.46120.09490.5126-6.30696.56945.8316
66.26562.6151-3.65733.819-5.00376.8223-0.35110.1374-0.4245-0.4638-0.1068-0.78320.42860.20530.46070.1761-0.01870.00990.2466-0.02590.188711.770218.29710.6334
72.6096-2.0844-2.03945.55712.15431.76020.18670.16330.7314-0.4397-0.25540.137-0.6527-0.09110.10490.34350.0174-0.02810.19590.00160.37834.289435.0167-3.7705
89.32532.7652-0.76815.9904-1.72074.2692-0.47-0.22040.1624-0.61360.17260.19890.33520.17380.2610.42410.0538-0.040.2277-0.00780.132112.7349.14221.6933
97.35243.48-1.46966.8203-3.80073.58420.1778-0.31510.32780.3462-0.3953-0.3609-0.04441.00110.0270.3901-0.0116-0.08670.4742-0.02120.30319.524716.207925.3542
106.40013.1278-3.79879.05270.60759.711-0.20420.24250.4783-0.21710.36210.6857-0.514-0.7794-0.36490.35670.0564-0.10580.34130.03720.38136.299914.790422.46
112.34481.0634-1.24452.4774-3.97656.732-0.45460.25440.1034-0.35730.5028-0.30061.43520.30250.02320.5899-0.0384-0.08680.3997-0.04870.360414.047910.606114.1925
123.0498-0.2673-2.1165.3-2.24978.181-0.7649-0.44581.2326-0.0442-1.19830.5645-1.9648-1.57121.17830.95180.0245-0.34120.4728-0.07810.74613.718130.210522.0288
135.97252.2367-2.17868.7748-3.36377.6762-0.38240.2764-0.315-0.1110.0838-0.38270.68410.28080.20180.44240.0433-0.02320.32330.00160.165515.1148.55820.5394
141.5870.77811.18493.23913.87225.2952-0.7131-2.0055-1.37410.53730.19321.08121.1320.4750.77890.42760.05540.16860.50650.11570.64231.15532.829933.7542
152.83551.30973.34863.2308-1.97718.6151-0.5187-0.64260.1830.9227-0.4671-0.14291.2702-0.53080.65980.52970.1086-0.05160.47620.05260.51119.08144.594933.9448
162.91182.42421.59643.45362.98329.350.0574-0.35330.2565-0.3824-0.40521.15810.8509-1.17480.3890.277-0.0562-0.00760.2958-0.02080.3779-4.741215.0764-2.7832
179.1363-2.8151-1.49037.3234-0.74362.1098-0.32150.66580.3298-0.4201-0.51250.07260.0317-0.20420.87580.2462-0.0018-0.06350.3137-0.04690.316421.023524.246333.208
189.22833.25570.71532.0542.78247.1122-0.1676-0.14941.1149-0.96360.51140.0369-1.0846-1.1022-0.00370.63380.0552-0.17590.36480.01040.329813.100120.061330.4313
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 17 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 39 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 40 through 51 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 52 through 61 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 62 through 76 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 77 through 89 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 90 through 102 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 17 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 18 through 30 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 31 through 44 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 45 through 57 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 58 through 77 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 78 through 89 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 90 through 97 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 98 through 104 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 1 through 14 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 1 through 6 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 7 through 13 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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