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- PDB-7ouk: BDM88855 inhibitor bound to the transmembrane domain of AcrB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ouk
タイトルBDM88855 inhibitor bound to the transmembrane domain of AcrB
要素
  • DARPIN
  • Multidrug efflux pump subunit AcrB
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Multidrug efflux pump / Membrane protein (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / outer membrane-bounded periplasmic space / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family
類似検索 - ドメイン・相同性
3-chloranyl-2-piperazin-1-yl-quinoline / テトラデカン / デカン / DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl didecanoate / Chem-LPX / オクタン / Multidrug efflux pump subunit AcrB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Tam, H.K. / Foong, W.E. / Pos, K.M.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB 807, Transport and Communication across Biological Membranes ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Pyridylpiperazine-based allosteric inhibitors of RND-type multidrug efflux pumps.
著者: Ple, C. / Tam, H.K. / Vieira Da Cruz, A. / Compagne, N. / Jimenez-Castellanos, J.C. / Muller, R.T. / Pradel, E. / Foong, W.E. / Malloci, G. / Ballee, A. / Kirchner, M.A. / Moshfegh, P. / ...著者: Ple, C. / Tam, H.K. / Vieira Da Cruz, A. / Compagne, N. / Jimenez-Castellanos, J.C. / Muller, R.T. / Pradel, E. / Foong, W.E. / Malloci, G. / Ballee, A. / Kirchner, M.A. / Moshfegh, P. / Herledan, A. / Herrmann, A. / Deprez, B. / Willand, N. / Vargiu, A.V. / Pos, K.M. / Flipo, M. / Hartkoorn, R.C.
履歴
登録2021年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug efflux pump subunit AcrB
B: Multidrug efflux pump subunit AcrB
C: Multidrug efflux pump subunit AcrB
D: DARPIN
E: DARPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)389,72349
ポリマ－380,8445
非ポリマー8,87944
水6,575365
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area40350 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area123290 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)146.126, 159.647, 245.499
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 Multidrug efflux pump subunit AcrB / AcrAB-TolC multidrug efflux pump subunit AcrB / Acridine resistance protein B


分子量: 114736.289 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / プラスミド: PET24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: P31224
#2: タンパク質 DARPIN /


分子量: 18317.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 遺伝子: Artificial gene / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL1 BLUE

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糖 , 1種, 8分子

#3: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 11種, 401分子

#4: 化合物 ChemComp-1K8 / 3-chloranyl-2-piperazin-1-yl-quinoline / BDM88855 / 153987774


分子量: 247.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H14ClN3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#7: 化合物 ChemComp-C14 / TETRADECANE / テトラデカン / テトラデカン


分子量: 198.388 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30
#8: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物 ChemComp-D10 / DECANE / デカン / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#10: 化合物 ChemComp-DDR / (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl didecanoate / 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCEROL / 1-O,2-O-ジデカノイル-L-グリセロ-ル


分子量: 400.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H44O5
#11: 化合物 ChemComp-DDQ / DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / デシルジメチルアミンオキシド


分子量: 201.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H27NO
#12: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#13: 化合物 ChemComp-LPX / (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate / ヘキサデカン酸(S)-3-[(2-アミノエトキシホスホニル)オキシ]-2-ヒドロキシプロピル


分子量: 453.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H44NO7P
#14: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.05M ADA, PH 6.6, 0.13-0.2M AMMONIUM SULFATE, 5% GLYCEROL, 8-9% PEG4000, 0.008M BDM88855

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.1 Å / Num. obs: 176116 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.226 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.235 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 2454422 / Scaling rejects: 296
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.6-2.64142.08112081286110.5970.5722.1581.799.7
14.24-49.111.40.051362911930.9990.0170.05327.497.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
REFMAC5.8.0258位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JMN

5jmn


解像度: 2.6→49.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 26.307 / SU ML: 0.257 / SU R Cruickshank DPI: 0.4212 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.421 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2625 8846 5 %RANDOM
Rwork0.2365 ---
obs0.2377 167178 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 145.77 Å2 / Biso mean: 55.257 Å2 / Biso min: 23.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.38 Å2-0 Å20 Å2
2--0.3 Å2-0 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→49.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25930 0 599 365 26894
Biso mean--71.86 39.92 -
残基数----3411
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.01327040
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01726097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1721.64936620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0221.58660453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.77253415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.62223.1221182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.408154456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.78915123
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0310.23647
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0229671
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025340
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.347 699 -
Rwork0.33 12122 -
all-12821 -
obs--99.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.59060.0507-0.10750.2477-0.2640.94370.07970.03870.32220.1606-0.01960.0237-0.4679-0.0409-0.06010.23840.030.04230.4903-0.01790.179229.994-14.254-17.061
20.20790.00490.03560.3003-0.31270.46540.02720.2313-0.0218-0.17850.02170.09540.1566-0.079-0.04890.1250.0291-0.05910.5994-0.01910.143929.033-40.929-52.755
30.46210.1097-0.10450.2195-0.16280.60030.03190.08430.0495-0.0182-0.00880.0104-0.0620.0335-0.02320.01740.01180.00210.39150.00410.028367.715-25.835-35.149
42.8719-0.18731.87921.89350.61735.2538-0.0941-0.00150.11030.0644-0.02550.1736-0.2371-0.3140.11970.0606-0.0967-0.00510.3776-0.10170.22250.786-73.957-23.504
53.1137-1.5314-0.4694.280.482.27480.0453-0.50760.42660.2908-0.0022-0.3831-0.32870.1884-0.04310.217-0.1197-0.03490.6327-0.06290.071346.89-37.87328.133
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 1042
2X-RAY DIFFRACTION1A1101 - 1110
3X-RAY DIFFRACTION1B1501 - 1502
4X-RAY DIFFRACTION1C1701 - 1702
5X-RAY DIFFRACTION2B1 - 1036
6X-RAY DIFFRACTION2B1503 - 1515
7X-RAY DIFFRACTION3C1 - 1033
8X-RAY DIFFRACTION3A1111 - 1112
9X-RAY DIFFRACTION3B1516
10X-RAY DIFFRACTION3C1703 - 1712
11X-RAY DIFFRACTION4D12 - 167
12X-RAY DIFFRACTION5E14 - 166
13X-RAY DIFFRACTION5A1113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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