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Yorodumi- PDB-7ou7: Crystal structure of dimeric chlorite dismutase variant Q74V (CCl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ou7 | ||||||
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Title | Crystal structure of dimeric chlorite dismutase variant Q74V (CCld Q74V) from Cyanothece sp. PCC7425 in complex with nitrite | ||||||
Components | Chlorite dismutase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Chlorite dismutase / nitrite | ||||||
Function / homology | Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NITRITE ION / Chlorite dismutase Function and homology information | ||||||
Biological species | Cyanothece sp. | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.63 Å | ||||||
Authors | Schmidt, D. / Mlynek, G. / Djinovic-Carugo, K. / Obinger, C. | ||||||
Funding support | Austria, 1items
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Citation | Journal: J.Inorg.Biochem. / Year: 2021 Title: Impact of the dynamics of the catalytic arginine on nitrite and chlorite binding by dimeric chlorite dismutase. Authors: Serra, I. / Schmidt, D. / Pfanzagl, V. / Mlynek, G. / Hofbauer, S. / Djinovic-Carugo, K. / Furtmuller, P.G. / Garcia-Rubio, I. / Van Doorslaer, S. / Obinger, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ou7.cif.gz | 205.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ou7.ent.gz | 134.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ou7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7ou7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7ou7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7ou5C 7ou9C 7ouaC 7ouyC 7owiC 7atiS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21801.883 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cyanothece sp. (strain PCC 7425 / ATCC 29141) (bacteria) Strain: PCC 7425 / ATCC 29141 / Gene: Cyan7425_1434 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: B8HNS6 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 20 %w/v PEG 8K, 0.1 M TRIS pH 8.5, 0.2 M MgCl2 Soaking: 100mM NaNO2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 0.9724 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 20, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9724 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.4→47.54 Å / Num. obs: 52809 / % possible obs: 76.2 % / Redundancy: 1.29 % / Biso Wilson estimate: 22.78 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 7.96 |
Reflection shell | Resolution: 1.4→1.48 Å / Num. unique obs: 5233 / CC1/2: 0.174 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7ATI Resolution: 1.63→47.54 Å / SU ML: 0.2122 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.2449 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.63→47.54 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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