PDB-7ati: Crystal structure of dimeric chlorite dismutase variant Q74V (CCl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ati

タイトル

Crystal structure of dimeric chlorite dismutase variant Q74V (CCld Q74V) from Cyanothece sp. PCC7425

要素

Chlorite dismutase

亜塩素酸O2リアーゼ

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

chlorite dismutase (亜塩素酸O2リアーゼ) / heme enzyme

機能・相同性

Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD /

亜塩素酸O2リアーゼ / Dimeric alpha-beta barrel /

oxidoreductase activity /

heme binding /

metal ion binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER /

亜塩素酸O2リアーゼ

機能・相同性情報

生物種

Cyanothece sp.

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Schmidt, D. / Mlynek, G. / Djinovic-Carugo, K. / Obinger, C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Arresting the Catalytic Arginine in Chlorite Dismutases: Impact on Heme Coordination, Thermal Stability, and Catalysis.
著者: Schmidt, D. / Serra, I. / Mlynek, G. / Pfanzagl, V. / Hofbauer, S. / Furtmuller, P.G. / Djinovic-Carugo, K. / Van Doorslaer, S. / Obinger, C.

履歴

登録	2020年10月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2021年3月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ati.cif.gz	299.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ati.ent.gz	203.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ati.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/7ati ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/7ati	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7asbC 5mauS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5k8z-1 7asb-d 5k8z-2 4f1w-d 6n4n-2 4p54-1 2qrj-d 6nn0-1 5kb3-1 6dyw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chlorite dismutase

B: Chlorite dismutase

ヘテロ分子

45.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, HPLC-MALS

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.014, 72.676, 60.169
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.733, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

#1: タンパク質	Chlorite dismutase / 亜塩素酸O2リアーゼ分子量: 21801.883 Da / 分子数: 2 / 変異: Q74V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cyanothece sp. (strain PCC 7425 / ATCC 29141) (バクテリア) 遺伝子: Cyan7425_1434 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B8HNS6
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.66 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS, pH 8.5, 0.2 M MgCl2, 20 w/v % PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976252 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976252 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.51→36.34 Å / Num. obs: 68450 / % possible obs: 98.28 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 25.32 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.09327 / R_rim(I) all: 0.1012 / Net I/σ(I): 11.45
反射シェル	解像度: 1.51→1.564 Å / Num. unique obs: 6796 / CC_1/2: 0.169

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_3885	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MAU

5mau

解像度: 1.51→36.34 Å / SU ML: 0.2438 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.654
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1926	1575	2.34 %
R_work	0.1749	65798	-
obs	0.1754	67373	98.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→36.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2994	0	136	406	3536

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0182	3288
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.7264	4480
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1022	453
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0166	572
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.2567	458

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.51-1.56	0.372	118	0.3911	5034	X-RAY DIFFRACTION	83.2
1.56-1.61	0.3352	150	0.3455	6029	X-RAY DIFFRACTION	99.29
1.61-1.68	0.3571	138	0.314	6045	X-RAY DIFFRACTION	99.84
1.68-1.76	0.3131	150	0.293	6046	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.76-1.85	0.2963	151	0.2504	6039	X-RAY DIFFRACTION	99.66
1.85-1.96	0.2557	138	0.207	6087	X-RAY DIFFRACTION	99.94
1.96-2.12	0.2101	149	0.1735	6069	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.12-2.33	0.197	142	0.1653	6053	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.33-2.67	0.1972	144	0.1656	6102	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.67-3.36	0.171	151	0.1626	6118	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.36-36.34	0.1479	144	0.1386	6176	X-RAY DIFFRACTION	99.76

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.532180143175	-0.218273743969	-0.369234496316	0.178888332352	0.251291643817	0.368217122826	0.0264124583873	-0.318055923967	-0.17763850178	0.136688006484	-0.171826401302	-0.175942534495	0.747659067577	-0.0813581293997	-0.00306094930221	0.386372117384	-0.0778594820296	-0.00543882223334	0.164782431613	0.0359096530013	0.255775942524	5.33863806654	-9.27539149662	2.84156374277
2	0.445041591223	0.0542472015197	-0.0464904466953	0.142017215675	-0.037224797023	0.394634325898	-0.285952281418	0.271182291052	0.127490704182	-0.486951112098	0.288793216663	0.209084603698	0.0563899730597	-0.444247260562	0.0023232383603	0.36446482426	-0.105010536941	-0.0245442802247	0.269573805559	0.0447732601013	0.251300199457	-3.50432539804	-2.72074227802	-9.4934889388
3	0.489128724784	-0.234438256746	0.023099315314	0.128728299788	-0.0433942282064	0.168308737813	0.0876059605936	0.385118821358	-0.052552877549	-0.0204011839847	0.0161447032358	0.0215037058717	0.186839701245	-0.110961025159	0.013180687828	0.34007577177	-0.071158094499	-0.00633766759414	0.170153479213	0.0218039466587	0.222848103106	3.30514172576	-1.19260914609	-9.42301049676
4	0.309245188361	-0.176684549882	0.35370367536	0.209165502792	-0.381499940398	0.701062562209	-0.131542753246	0.574158890322	-0.734701834349	-0.421090075132	-0.476140106854	-0.600537576167	0.685203097061	0.270128848008	0.0358599348145	0.453041108142	0.0121224961227	0.115581028929	0.412432073181	-0.0157035778084	0.48569557005	8.36706499558	-12.9461047243	-6.72423405667
5	0.661876878019	0.270723651923	0.12332702732	0.423314498025	-0.273698735779	0.365961511046	0.0198200154524	-0.265037829788	-0.127859172536	-0.265730859835	-0.0276029004328	0.0267454249406	-0.116681322398	-0.141565596111	2.33160927807E-5	0.251859333575	0.0120081131221	0.00408778698686	0.263251189447	0.0104727184998	0.198071318509	8.74657493615	-0.420596970838	7.61126068114
6	0.126239706834	-0.0391886685637	-0.149850587469	0.333204769442	0.160317919784	0.191194189187	0.0889238263389	-0.380916137916	-0.11857005598	0.122553551021	0.0899654633888	-0.0572740833935	0.065565959733	-0.112066871499	5.14407899783E-5	0.261931829394	-0.0394426421079	0.0182929056795	0.515792307396	0.0589075083877	0.279158298728	-6.87124494236	2.27611110059	13.6338032051
7	1.12328029784	0.270030126988	0.475163466457	1.44581152354	0.128237857003	1.7838681014	-0.065459742675	-0.170295449356	0.138047463872	0.00722837448921	0.0285373360678	0.0384638432707	-0.0895375283715	-0.141572561697	4.63930477716E-5	0.191288403745	0.0188321729964	0.0102735076395	0.16065355962	-0.00924455164124	0.197584715748	6.26257472661	8.05238800344	6.6916249458
8	0.122219093125	-0.17542894762	0.0324455941262	0.377685563042	-0.0528428130695	0.23460223153	-0.111844239253	-0.230486009838	-0.0124504872909	0.000598519020494	0.0823114190812	0.289363802519	-0.144569906848	-0.352932634368	8.30650022848E-5	0.253194238664	0.038015561239	-0.035673101794	0.227566521463	0.0129435972995	0.355053222674	-6.02389082805	13.3827079479	0.872656687963
9	0.317997342526	-0.262697395857	-0.223511203101	0.528532121468	-0.0842270131434	1.30690907456	-0.0100431786227	-0.131578663884	0.121061647325	-0.0350278577456	-0.00268439606545	0.0715034081779	-0.0261272264467	-0.198366391006	1.72638456387E-5	0.228844253436	-0.0185985279446	9.62194790014E-5	0.177635936837	0.0252329436876	0.238347946271	3.39333873861	7.82194091525	-2.31153674327
10	0.2149931034	0.122436014975	0.0506793342931	0.197000961809	0.206090447996	0.243152739977	0.237359974048	0.375986685951	-0.244052430856	-0.302561938837	0.0430075361981	-0.144889055091	0.183093868682	0.134075790604	-0.000221714402139	0.347356403389	0.0467441366477	0.0175661696741	0.328116304278	0.0340079603779	0.297015988163	27.3222631147	-9.54129890467	8.59405291361
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12	0.00963254974221	0.025095319648	-0.0171592726081	0.0475912069657	-0.038268322084	0.026889181246	0.438820314329	0.416266707253	-0.563585471124	-0.380828897753	0.340720258801	0.279867081179	0.806295581047	-0.246256780764	-5.84657747013E-5	0.888251862958	0.0247352208769	-0.164712084113	0.42065746892	-0.0291455924361	0.896948933204	27.3082217467	-20.3233435081	7.48377382861
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16	0.127423373192	0.0891621659618	0.00760100082059	0.16745168995	-0.121313896104	0.143234721988	0.108364277407	-0.546972077561	0.411203228934	0.122788507107	-0.268045873256	-5.28812475113E-5	-0.564209815947	-0.352783130254	-0.000409637851342	0.33022181695	0.0463755233381	-0.0151453268343	0.434132304783	-0.0749620634184	0.277558955081	24.2987051896	7.77881768547	29.9422475237
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18	0.329313958537	0.130528923596	0.478690588671	0.881781458852	0.2323213149	0.653097892732	0.140762734375	-0.468205702584	-0.147821872342	0.146821790677	-0.0768675763461	-0.145471494229	0.338485515352	0.0411366282815	-3.1473173232E-5	0.295455788672	-0.0253242862335	-0.00608951216437	0.414843374477	0.127417228649	0.287928927154	26.8230649201	-9.04888203008	25.8213894282

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 10 )	A	A	1 - 10	1 - 10
2	2	chain 'A' and (resid 11 through 21 )	A	A	11 - 21	11 - 21
3	3	chain 'A' and (resid 22 through 37 )	A	A	22 - 37	22 - 37
4	4	chain 'A' and (resid 38 through 49 )	A	A	38 - 49	38 - 49
5	5	chain 'A' and (resid 50 through 63 )	A	A	50 - 63	50 - 63
6	6	chain 'A' and (resid 64 through 83 )	A	A	64 - 83	64 - 89
7	7	chain 'A' and (resid 84 through 148 )	A	A	84 - 148	90 - 160
8	8	chain 'A' and (resid 149 through 165 )	A	A	149 - 165	161 - 180
9	9	chain 'A' and (resid 166 through 182 )	A	A	166 - 182	181 - 197
10	10	chain 'B' and (resid 1 through 10 )	B	H	1 - 10	1 - 10
11	11	chain 'B' and (resid 11 through 37 )	B	H	11 - 37	11 - 37
12	12	chain 'B' and (resid 38 through 49 )	B	H	38 - 49	38 - 49
13	13	chain 'B' and (resid 50 through 63 )	B	H	50 - 63	50 - 63
14	14	chain 'B' and (resid 64 through 92 )	B	H	64 - 92	64 - 92
15	15	chain 'B' and (resid 93 through 108 )	B	H	93 - 108	93 - 114
16	16	chain 'B' and (resid 109 through 121 )	B	H	109 - 121	115 - 130
17	17	chain 'B' and (resid 122 through 166 )	B	H	122 - 166	131 - 178
18	18	chain 'B' and (resid 167 through 182 )	B	H	167 - 182	179 - 194

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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