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Yorodumi- PDB-7os0: Structure of the Rhodobacter capsulatus Cas13a-crRNA binary complex -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7os0 | |||||||||||||||
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Title | Structure of the Rhodobacter capsulatus Cas13a-crRNA binary complex | |||||||||||||||
Components |
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Keywords | RNA BINDING PROTEIN / RNA dependent RNase / CRISPR-associated gene / endonuclease | |||||||||||||||
Function / homology | BETA-MERCAPTOETHANOL / RNA / RNA (> 10) / Uncharacterized protein Function and homology information | |||||||||||||||
Biological species | Rhodobacter capsulatus SB 1003 (bacteria) | |||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.2 Å | |||||||||||||||
Authors | Kick, L.M. / Schneider, S. | |||||||||||||||
Funding support | Germany, 4items
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Citation | Journal: Commun Biol / Year: 2022 Title: Structure and mechanism of the RNA dependent RNase Cas13a from Rhodobacter capsulatus. Authors: Kick, L.M. / von Wrisberg, M.K. / Runtsch, L.S. / Schneider, S. | |||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7os0.cif.gz | 993.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7os0.ent.gz | 846.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7os0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/7os0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/7os0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 145524.484 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodobacter capsulatus SB 1003 (bacteria) Gene: RCAP_rcc02005 / Production host: Rhodobacter capsulatus SB 1003 (bacteria) / References: UniProt: D5AUW0 #2: RNA chain | Mass: 17175.219 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Rhodobacter capsulatus SB 1003 (bacteria) #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.51 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 100 mM MES pH 6.0, 200 mM NaCl and 20 % (w/v) PEG6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-1 / Wavelength: 0.966 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Sep 7, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.966 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→47.12 Å / Num. obs: 141242 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 41.8 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 9.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.3 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.913 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 14010 / CC1/2: 0.726 / CC star: 0.917 / % possible all: 96.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.2→47.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 16.16 / SU ML: 0.215 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.309 / ESU R Free: 0.225 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.7 Å / Shrinkage radii: 0.7 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 266.64 Å2 / Biso mean: 91.005 Å2 / Biso min: 26.4 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.2→47.12 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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