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- PDB-7ojn: Lassa virus L protein in an elongation conformation [ELONGATION] -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ojn
タイトルLassa virus L protein in an elongation conformation [ELONGATION]
要素
  • 3' RNA
  • 5' RNA
  • RNA-directed RNA polymerase L
  • product RNA
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Lassa virus RNA-dependent RNA polymerase viral RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


negative stranded viral RNA replication / キャップスナッチング / virion component / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA依存性RNAポリメラーゼ / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase, arenaviral / RNA endonuclease, cap-snatching / Arenavirus RNA polymerase / Arenavirus cap snatching domain / : / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2KH / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Lassa mammarenavirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Kouba, T. / Vogel, D. / Thorkelsson, S. / Quemin, E. / Williams, H.M. / Milewski, M. / Busch, C. / Gunther, S. / Grunewald, K. / Rosenthal, M. / Cusack, S.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Leibniz AssociationK27/2017 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 152/777-1 FUGG ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Conformational changes in Lassa virus L protein associated with promoter binding and RNA synthesis activity.
著者: Tomas Kouba / Dominik Vogel / Sigurdur R Thorkelsson / Emmanuelle R J Quemin / Harry M Williams / Morlin Milewski / Carola Busch / Stephan Günther / Kay Grünewald / Maria Rosenthal / Stephen Cusack /
要旨: Lassa virus is endemic in West Africa and can cause severe hemorrhagic fever. The viral L protein transcribes and replicates the RNA genome via its RNA-dependent RNA polymerase activity. Here, we ...Lassa virus is endemic in West Africa and can cause severe hemorrhagic fever. The viral L protein transcribes and replicates the RNA genome via its RNA-dependent RNA polymerase activity. Here, we present nine cryo-EM structures of the L protein in the apo-, promoter-bound pre-initiation and active RNA synthesis states. We characterize distinct binding pockets for the conserved 3' and 5' promoter RNAs and show how full-promoter binding induces a distinct pre-initiation conformation. In the apo- and early elongation states, the endonuclease is inhibited by two distinct L protein peptides, whereas in the pre-initiation state it is uninhibited. In the early elongation state, a template-product duplex is bound in the active site cavity together with an incoming non-hydrolysable nucleotide and the full C-terminal region of the L protein, including the putative cap-binding domain, is well-ordered. These data advance our mechanistic understanding of how this flexible and multifunctional molecular machine is activated.
履歴
登録2021年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _audit_author.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12956
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: RNA-directed RNA polymerase L
D: 5' RNA
R: 3' RNA
M: product RNA
E: 3' RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)275,92712
ポリマ－275,1045
非ポリマー8237
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 L

#1: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase L / Protein L / Large structural protein / Replicase / Transcriptase


分子量: 253656.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: MEDDMACVKDLVSKYLADNERLSRQKLAFLVQTEPRMLLMEGLKLLSLCIEIDSCNANGCEHNSEDKSVERILHDHGILT PSLCFVVPDGYKLTGNVLILLECFVRSSPANFEQKYIEDFKKLEQLKEDLKSVDINLIPLIDGRTSFYNEQIPDWVNDKL ...詳細: MEDDMACVKDLVSKYLADNERLSRQKLAFLVQTEPRMLLMEGLKLLSLCIEIDSCNANGCEHNSEDKSVERILHDHGILT PSLCFVVPDGYKLTGNVLILLECFVRSSPANFEQKYIEDFKKLEQLKEDLKSVDINLIPLIDGRTSFYNEQIPDWVNDKL RDTLFSLLRYAQESNSLFEESEYSRLCESLSMTSGRLSGVESLNVLLDNRSSHYEEIIASCHQGINNKLTAHEVKLQIEE EYQVFRNRLRKGEITGQFLKVDKSRLLNDFNNLYVDEVTATKDNIEHLIYQFKRASPILRFLYANIGEGNGEERHHTIKE CQMQYWRSFLNKVKSLRILNTRRKLLLIFDALILLASIHDQTRHKCSKGWLGSCFISVNDRLVSLESTKRDLEKWVGRRQ QSERSNTIQPPDKNQILISMFQKTILKATAALKDVGISVEHYKINMEVICPDSYDLILNFDVSGVVPTISYQRTEDEKFP FIMGGVELLESTDLERLSSLSLALVNSMKTSSTVKLRQNEFGPARYQVVRCKEAYCQEFLLSGAEFQLIYQKTGECSKCY AINDNRVGEICSFYADPKRYFPAIFSAEVLQTTVSTMISWVKDCSELEEQLCNINSLTKMILVLILAHPSKRSQKLLQNL RYFIMAYVSDYHHKDLIDKLREELITDVEFLLYRLVRALVNLILSEDVKSMMTNRFKFILNISYMCHFITKETPDRLTDQ IKCFEKFLEPKLEFGHVSINPADVATEEELDDMVYNAKKFLSKEGCTSIKGPDYKKPGVSKRFLSLLTSSFNNGSLFKES EVKREIKDPLVTSGCATALDLASNKSVVVNKYTDGSRVLNYDFNKLTALAVSQLTEVFSRKGKHLLNKQDYDYKVQQAMS NLVLGPRQNKVGADEADLDEILLDGGASVYFDQLKETVERIIDQYREPVKPGSNPNGGDQPSVNDLDEVVPNKFYIRLIK GELSNHMVEDFDYDVLPGNFYEEFCDAVYKNNKLKERYFYCGQMSQCPIGELTKAVATRTYFDQEYFQCFKSILLIMNAN TLMGRYTHYKSRNLNFKFDMGRLSDDVRISERESNSEALSKALSLTNCTTAMLKNLCFYSQESPQSYSSTGPDTGRLKFS LSYKEQVGGNRELYIGDLRTKMFTRLIEDYFEALSLQLSGSCLNNEREFENAILSMKLNVSLAHVSYSMDHSKWGPMMCP FLFLATLQNLIFLSKDLQADIKGRDYLSTLLTWHMHKMVEIPFNVVSAMMKSFIKAQLGLKKKTTQSITEDFFYSNFQIG VVPSHVSSILDMGQGILHNTSDFYALISERFINYAISCICGGTIDAYTSSDDQISLFDQVLTELMQRDPEEFKTLIEFHY YMSDQLNKFVSPKSVIGRFVAEFKSRFYVWGDEVPLLTKFVAAALHNIKCKEPHQLAETIDTIIDQSVANGVPVHLCNLI QKRTLSLLQYARYPIDPFLLNCETDVRDWVDGNRSYRIMRQIERLIPDACGRIRSMLRKLYNKLKTGQLHEEFTTNYLSS EHLSSLSNLCELLGVEPPSESDLEFSWLNLAAHHPLRMVLRQKIIYSGAVNLDDEKVPTIVKTIQNKLSSTFTRGAQKLL SEAINKSAFQSSIASGFVGLCRTLGSKCVRGPNKESLYIKSIQSLISDIQGIEPLIDSHGVQYWRVPLNIRDGNEGVISY FRPLLWDYMCISLSTAIELGAWVLGEPKKVRVLEFFKHNPCDYFPLKPAASKLLEDRVGLNHIIHSLRRLYPSVFEKHIL PFMSDLASTKMKWSPRIKFLDLCVALDVNCEALSLVSHIVKWKREEHYIVLSSELRLSHTRTHEPMVEERVVSTSDAVDN FMRQIYFESYVRSFVATTRTLGSFTWFPHKTSVPEGEGLQRLGPFSSFVEKAIHKGIERPMFKHDLMMGYAWIDFDIEPA RFNHNQLIASGLVGPRFDSLEDFFDAVESLPPGSAKLSQTVRFRIKSQDASFKESFAIHLDYTGSINQQTKYLVHEVSAM YSGAVSPCVLSDCWRLVLSGPTFKGKSAWYVDTEIVNEFLTDTNQLGHVTPVEIVVDMEKLQFTEYDFVLVGPCVEPVPL VVHRGGLWECDKKLASFTPVVQDQDLEMFVKEVGDSSLDLLIGALSAMILDRLKLRMQWSEVDIVSMLKAAMPSNSVKVL NAVLEAVDDWVDFKGYALCYSKSRKKVMVHSSGGKLRLKGRTCEELVKEDEGIEDIE
由来: (組換発現) Lassa mammarenavirus (ウイルス) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: A0A3S8NV63, RNA依存性RNAポリメラーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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RNA鎖 , 3種, 4分子 DREM

#2: RNA鎖 5' RNA


分子量: 6452.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Lassa mammarenavirus (ウイルス)
#3: RNA鎖 3' RNA


分子量: 6069.649 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Lassa mammarenavirus (ウイルス)
#4: RNA鎖 product RNA


分子量: 2854.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lassa mammarenavirus (ウイルス)

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非ポリマー , 3種, 7分子

#5: 化合物 ChemComp-2KH / 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]uridine


分子量: 483.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1RNA-directed RNA polymerase L Lassa mammarenavirusCOMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2RNA-directed RNA polymerase LCOMPLEX#11RECOMBINANT
35' RNA, 3' RNACOMPLEX#2-#31RECOMBINANT
4product RNACOMPLEX#41NATURAL
分子量値: 0.253346 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Lassa mammarenavirus (ウイルス)11620
33Lassa mammarenavirus (ウイルス)11620
44Lassa mammarenavirus (ウイルス)11620
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
33synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 49.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 79600 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00217392
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.3923672
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.3456613
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0362707
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032855

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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