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- PDB-7oiw: Structure of S. aureus Rel catalytic domains in complex with pppGpp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oiw
タイトルStructure of S. aureus Rel catalytic domains in complex with pppGpp
要素GTP pyrophosphokinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / bifunctional GTP pyrophosphokinase / hydrolase / alarmone synthetase / hydrolase / ppGpp
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP diphosphokinase activity / guanosine tetraphosphate biosynthetic process / GTP diphosphokinase / kinase activity / GTP binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT family / RelA/SpoT, TGS domain / ACT domain / Region found in RelA / SpoT proteins / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / TGS domain / ACT domain profile. ...RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT family / RelA/SpoT, TGS domain / ACT domain / Region found in RelA / SpoT proteins / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / TGS domain / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain / HD domain profile. / TGS domain profile. / TGS / TGS-like / HD domain / Beta-grasp domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Nucleotidyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0O2 / IODIDE ION / : / Chem-VF5 / GTP pyrophosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Garcia-Pino, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of S. aureus Rel catalytic domains in complex with pppGpp
著者: Garcia-Pino, A.
履歴
登録2021年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年9月27日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id
改定 2.12024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP pyrophosphokinase
B: GTP pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,23125
ポリマ－102,1152
非ポリマー5,11523
水99155
1
A: GTP pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,73713
ポリマ－51,0581
非ポリマー2,67912
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GTP pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,49412
ポリマ－51,0581
非ポリマー2,43611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.410, 132.540, 73.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.59, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GTP pyrophosphokinase / (p)ppGpp synthase / ATP:GTP 3'-pyrophosphotransferase / ppGpp synthase I


分子量: 51057.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: the missing residues are not visible in the electron density
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain Mu50 / ATCC 700699) (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: relA, SAV1634 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q931Q4, GTP diphosphokinase

-
非ポリマー , 7種, 78分子

#2: 化合物
ChemComp-0O2 / guanosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate) 3'-(trihydrogen diphosphate) / pppGpp


分子量: 683.140 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H18N5O20P5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-VF5 / [[(3~{a}~{R},4~{R},6~{R},6~{a}~{R})-4-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-2-oxidanyl-2-oxidanylidene-3~{a},4,6,6~{a}-tetrahydrofuro[3,4-d][1,3,2]dioxaphosphol-6-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate


分子量: 585.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O16P4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.64 %
結晶化温度: 293.16 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 6% w/vPEG 3350 0.15 M Sodium chloride 0.4 M Potassium iodide pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→42.25 Å / Num. obs: 31024 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 59.19 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.63→2.72 Å / Rmerge(I) obs: 1.21 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2954 / CC1/2: 0.667 / Rpim(I) all: 0.47

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6S2U

6s2u


解像度: 2.63→42.25 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2608 1550 5 %
Rwork0.2149 --
obs0.2171 31024 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→42.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5204 0 218 55 5477
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035554
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7417583
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.0492113
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047849
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041005
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.63-2.710.32241300.28572479X-RAY DIFFRACTION92
2.71-2.810.31031410.27232672X-RAY DIFFRACTION100
2.81-2.920.33671410.27982690X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.050.34111420.27222698X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.220.27431420.25532684X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.420.27071410.23532692X-RAY DIFFRACTION100
3.42-3.680.27741430.2142702X-RAY DIFFRACTION100
3.68-4.050.23121420.18732697X-RAY DIFFRACTION100
4.05-4.640.23811420.16962703X-RAY DIFFRACTION100
4.64-5.840.24711430.19712708X-RAY DIFFRACTION100
5.84-42.250.23571430.21612749X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.67510.04890.34084.2676-0.59254.199-0.0766-0.25240.25980.5186-0.1033-0.33-0.5622-0.18960.21860.5638-0.0213-0.0960.3958-0.01830.552-17.172712.6856.0713
20.27170.33720.73091.31840.10954.019-0.13150.03830.01410.09630.07660.11470.21270.19070.07860.25480.0217-0.02110.4176-0.00430.5061-23.2153-9.1481-3.1758
31.2828-0.4101-0.27391.90111.66487.5326-0.07890.0532-0.05960.0996-0.0233-0.07190.04070.10810.09330.34960.0327-0.050.4578-0.00870.4268-23.4843-10.6087-19.5824
48.6134-1.50021.7642.45950.06314.79640.04770.3050.2524-0.0824-0.0015-0.32360.05620.1183-0.04380.4803-0.01690.05110.29610.00650.4954-10.502-39.23264.0694
54.55733.2708-0.26416.99460.09475.67040.4197-0.3045-0.20640.9535-0.07110.3430.7505-0.3636-0.30490.5905-0.0427-0.06620.46440.02580.5161-15.5566-47.810316.0761
64.4994-0.55221.584.10480.13033.61930.028-0.37310.08470.40570.05960.32020.0945-0.2618-0.08960.4843-0.01720.09050.36280.00270.3803-17.3709-27.868319.9955
79.24690.82473.20820.7663-0.03261.7509-0.21181.11730.6333-0.2049-0.0005-0.0617-0.22370.59020.24640.4639-0.03860.02380.51230.03170.36091.7437-9.162721.2179
88.92311.18392.17990.9444-0.58721.5185-0.4148-0.33060.54580.29540.2945-0.0372-0.1060.15190.09070.5286-0.00730.03690.4073-0.01170.4362-4.8999-13.814127.5726
91.96211.08170.7644.779-0.27212.12260.09950.1516-0.0588-0.1697-0.0632-0.0118-0.02170.254-0.04450.43110.04010.02190.5185-0.0690.3468.0368-18.7532.6516
106.2674-0.08910.38130.5025-0.85144.89660.05430.6138-0.8365-0.87960.2699-0.19930.68440.5971-0.09870.44910.0373-0.06430.5495-0.04220.3943.5383-27.957625.556
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 12 through 141 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 142 through 239 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 240 through 352 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 13 through 70 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 71 through 141 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 142 through 203 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 204 through 239 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 240 through 272 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 273 through 328 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 329 through 351 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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