PDB-7od0: Mirolysin in complex with compound 9

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7od0

タイトル

Mirolysin in complex with compound 9

要素

Mirolysin

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / Bacterial protease

機能・相同性

機能・相同性情報

metallopeptidase activity /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Tannerella forsythia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Zak, K.M. / Bostock, M.J. / Ksiazek, M.

資金援助

ポーランド, 2件

引用

ジャーナル: J Enzyme Inhib Med Chem / 年: 2021
タイトル: Latency, thermal stability, and identification of an inhibitory compound of mirolysin, a secretory protease of the human periodontopathogen Tannerella forsythia .
著者: Zak, K.M. / Bostock, M.J. / Waligorska, I. / Thogersen, I.B. / Enghild, J.J. / Popowicz, G.M. / Grudnik, P. / Potempa, J. / Ksiazek, M.

履歴

登録	2021年4月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7od0.cif.gz	648.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7od0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7od0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/7od0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/7od0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6r7wS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7od0-3 6v1j-d 4n15-d 5ul8-d 1woq-1 5q0r-d 6aqk-d 4uaa-2 4n17-d 6i99-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Mirolysin

BBB: Mirolysin

CCC: Mirolysin

DDD: Mirolysin

EEE: Mirolysin

FFF: Mirolysin

ヘテロ分子

189 kDa, 6 ポリマー
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1

AAA: Mirolysin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
31.4 kDa, 1 ポリマー
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2

BBB: Mirolysin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.4 kDa, 1 ポリマー
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3

CCC: Mirolysin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.4 kDa, 1 ポリマー
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4

DDD: Mirolysin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.5 kDa, 1 ポリマー
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5

EEE: Mirolysin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.5 kDa, 1 ポリマー
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6

FFF: Mirolysin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.593, 77.640, 81.995
Angle α, β, γ (deg.)	92.462, 90.000, 119.980
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	SER	SER	AAA	A	59 - 327	5 - 273
2	1	1	SER	SER	BBB	B	59 - 327	5 - 273
3	2	2	SER	SER	AAA	A	59 - 327	5 - 273
4	2	2	SER	SER	CCC	C	59 - 327	5 - 273
5	3	3	SER	SER	AAA	A	59 - 327	5 - 273
6	3	3	SER	SER	DDD	D	59 - 327	5 - 273
7	4	4	SER	SER	AAA	A	59 - 327	5 - 273
8	4	4	SER	SER	EEE	E	59 - 327	5 - 273
9	5	5	SER	SER	AAA	A	59 - 327	5 - 273
10	5	5	SER	SER	FFF	F	59 - 327	5 - 273
11	6	6	PRO	PRO	BBB	B	58 - 327	4 - 273
12	6	6	PRO	PRO	CCC	C	58 - 327	4 - 273
13	7	7	PRO	PRO	BBB	B	58 - 327	4 - 273
14	7	7	PRO	PRO	DDD	D	58 - 327	4 - 273
15	8	8	PRO	PRO	BBB	B	58 - 327	4 - 273
16	8	8	PRO	PRO	EEE	E	58 - 327	4 - 273
17	9	9	PRO	PRO	BBB	B	58 - 327	4 - 273
18	9	9	PRO	PRO	FFF	F	58 - 327	4 - 273
19	10	10	PRO	PRO	CCC	C	58 - 327	4 - 273
20	10	10	PRO	PRO	DDD	D	58 - 327	4 - 273
21	11	11	PRO	PRO	CCC	C	58 - 327	4 - 273
22	11	11	PRO	PRO	EEE	E	58 - 327	4 - 273
23	12	12	PRO	PRO	CCC	C	58 - 327	4 - 273
24	12	12	PRO	PRO	FFF	F	58 - 327	4 - 273
25	13	13	PRO	PRO	DDD	D	58 - 327	4 - 273
26	13	13	PRO	PRO	EEE	E	58 - 327	4 - 273
27	14	14	PRO	PRO	DDD	D	58 - 327	4 - 273
28	14	14	PRO	PRO	FFF	F	58 - 327	4 - 273
29	15	15	PRO	PRO	EEE	E	58 - 327	4 - 273
30	15	15	PRO	PRO	FFF	F	58 - 327	4 - 273

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30

-
タンパク質 , 1種, 6分子 AAABBBCCCDDDEEEFFF

#1: タンパク質	Mirolysin 分子量: 30987.145 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tannerella forsythia (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F7IPS1

-
非ポリマー , 7種, 1109分子

#2: 化合物	ChemComp-V7Q / 2,1,3-benzothiadiazol-4-ylmethanamine / Benzo[c][1,2,5]thiadiazol-4-ylmethanamine / 2795209 分子量: 165.216 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₇N₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1067 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Zinc acetate dihydrate, 0.1 M Sodium acetate pH 4.5, 10% (v/v) PEG 3000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→40.95 Å / Num. obs: 88998 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 2.6 % / CC_1/2: 0.983 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.097 / R_rim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 7.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8-10	2.7	0.061	601	0.99	0.061	0.086
2.1-2.14	2.5	0.24	4272	0.93	0.24	0.339

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6r7w

6r7w

解像度: 2.1→38.803 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / WR_factor R_free: 0.242 / WR_factor R_work: 0.213 / SU B: 5.696 / SU ML: 0.148 / Average fsc free: 0.9038 / Average fsc work: 0.9118 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.207 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2304	4127	4.637 %
R_work	0.2038	84871	-
all	0.205	-	-
obs	-	88998	92.155 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.477 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.772 Å²	-0.437 Å²	-0.287 Å²
2-	-	-1.891 Å²	0.341 Å²
3-	-	-	5.351 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.803 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12659	0	147	1067	13873

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	13529
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	12106
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.455	1.649	18465
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.312	1.582	27876
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.072	5	1764
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.899	23.147	788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.748	15	2177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	8.99	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.971	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1797
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	17640
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3396
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	2944
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	12224
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	6663
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	6170
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	885
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.137	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.122	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.399	0.2	86
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.248	0.2	351
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.324	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.301	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.372	1.519	6631
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.369	1.518	6629
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.356	2.265	8313
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.356	2.266	8314
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.539	1.661	6898
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.538	1.661	6899
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.562	2.437	10079
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.561	2.437	10080
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.296	28.224	60039
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.189	28.035	59438
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.054	0.05	9441
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.062	0.05	9360
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.066	0.05	9409
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.059	0.05	9417
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.061	0.05	9399
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.058	0.05	9388
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.064	0.05	9431
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.059	0.05	9444
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.058	0.05	9406
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.058	0.05	9406
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.061	0.05	9292
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.048	0.05	9368
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.061	0.05	9418
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.056	0.05	9470
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.058	0.05	9312

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05448	0.05011
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05448	0.05011
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06225	0.0501
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06225	0.0501
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06581	0.05011
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06581	0.05011
4	7	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05945	0.05011
4	8	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05945	0.05011
5	9	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06067	0.05011
5	10	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06067	0.05011
6	11	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05763	0.05011
6	12	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05763	0.05011
7	13	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0636	0.05011
7	14	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0636	0.05011
8	15	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05867	0.05011
8	16	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05867	0.05011
9	17	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05771	0.05011
9	18	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05771	0.05011
10	19	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05843	0.0501
10	20	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05843	0.0501
11	21	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06094	0.0501
11	22	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06094	0.0501
12	23	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04846	0.05011
12	24	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04846	0.05011
13	25	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06131	0.05011
13	26	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06131	0.05011
14	27	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05551	0.05011
14	28	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05551	0.05011
15	29	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05761	0.05011
15	30	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05761	0.05011

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.154	0.303	280	0.248	5869	0.25	7118	0.756	0.804	86.3866	0.23
2.154-2.213	0.259	207	0.229	5860	0.23	6951	0.843	0.855	87.2824	0.213
2.213-2.277	0.247	200	0.216	5647	0.217	6732	0.867	0.871	86.8538	0.202
2.277-2.347	0.254	211	0.206	5563	0.208	6563	0.871	0.897	87.9781	0.193
2.347-2.424	0.226	292	0.203	5316	0.204	6353	0.9	0.906	88.2733	0.193
2.424-2.508	0.229	243	0.196	5278	0.198	6197	0.916	0.925	89.0915	0.187
2.508-2.603	0.22	234	0.187	5069	0.188	5849	0.924	0.933	90.6651	0.18
2.603-2.708	0.241	228	0.185	5020	0.187	5736	0.924	0.934	91.4923	0.18
2.708-2.828	0.214	253	0.186	4830	0.187	5528	0.929	0.934	91.9501	0.182
2.828-2.966	0.229	278	0.193	4573	0.195	5233	0.919	0.927	92.7002	0.194
2.966-3.125	0.208	261	0.185	4502	0.186	5036	0.933	0.939	94.579	0.193
3.125-3.313	0.224	254	0.205	4246	0.206	4676	0.929	0.931	96.2361	0.214
3.313-3.54	0.236	245	0.201	4123	0.203	4478	0.926	0.932	97.5435	0.213
3.54-3.821	0.215	183	0.194	3828	0.195	4063	0.937	0.944	98.7202	0.213
3.821-4.182	0.199	239	0.187	3536	0.188	3821	0.949	0.956	98.7961	0.207
4.182-4.668	0.187	125	0.176	3280	0.176	3442	0.95	0.957	98.925	0.198
4.668-5.378	0.229	146	0.197	2859	0.199	3040	0.942	0.948	98.8487	0.233
5.378-6.555	0.277	113	0.252	2435	0.253	2562	0.883	0.911	99.4536	0.289
6.555-9.141	0.225	82	0.25	1926	0.249	2018	0.922	0.925	99.5045	0.287
9.141-38.803	0.439	53	0.371	1111	0.374	1167	0.895	0.914	99.7429	0.447

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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