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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7obd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 14-3-3 sigma in complex with Phosphorylated and Farnesylated Rnd3 peptide and stabilizer Fusicoccin-A | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / 14-3-3 sigma protein-peptide-stabilizer complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RND3 GTPase cycle / small GTPase-mediated signal transduction / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ケラチン / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding ...RND3 GTPase cycle / small GTPase-mediated signal transduction / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / ケラチン / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / protein kinase A signaling / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / protein export from nucleus / negative regulation of innate immune response / protein sequestering activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / actin filament organization / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / 遊走 / actin cytoskeleton organization / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / 細胞接着 / cadherin binding / ゴルジ体 / focal adhesion / GTPase activity / GTP binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Centorrino, F. / Andlovic, B. / Ottmann, C. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2023 タイトル: IFN alpha primes cancer cells for Fusicoccin-induced cell death via 14-3-3 PPI stabilization. 著者: Andlovic, B. / Heilmann, G. / Ninck, S. / Andrei, S.A. / Centorrino, F. / Higuchi, Y. / Kato, N. / Brunsveld, L. / Arkin, M. / Menninger, S. / Choidas, A. / Wolf, A. / Klebl, B. / Kaschani, F. ...著者: Andlovic, B. / Heilmann, G. / Ninck, S. / Andrei, S.A. / Centorrino, F. / Higuchi, Y. / Kato, N. / Brunsveld, L. / Arkin, M. / Menninger, S. / Choidas, A. / Wolf, A. / Klebl, B. / Kaschani, F. / Kaiser, M. / Eickhoff, J. / Ottmann, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7obd.cif.gz | 137.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7obd.ent.gz | 85.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7obd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/7obd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ob/7obd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7ob5C 7ob8C 7obcC 7obgC 7obhC 7obkC 7oblC 7obsC 7obtC 7obxC 7obyC 4jc3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28226.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1348.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61587 |
-非ポリマー , 5種, 326分子
#3: 化合物 | ChemComp-FSC / | ||||||
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#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 化合物 | ChemComp-FAR / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.67 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.095 M Hepes pH 7.7, 24%PEG 400, 0.19 M CaCl2 and 5 % Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-003 / 波長: 1.5419 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5419 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→33.85 Å / Num. obs: 19555 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 9.44 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.288 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique obs: 953 / CC1/2: 0.937 / % possible all: 95.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4JC3 解像度: 2→33.84 Å / SU ML: 0.1685 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.6216 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.49 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→33.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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