PDB-7nym: Mutant V517A - SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nym

タイトル

Mutant V517A - SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)

要素

SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)

キーワード

SIGNALING PROTEIN / SH3 domain of JNK-interacting protein 1 (JIP1)

機能・相同性

機能・相同性情報

dentate gyrus mossy fiber / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of JUN kinase activity / MAP-kinase scaffold activity / JUN kinase binding / regulation of JNK cascade / protein kinase inhibitor activity / kinesin binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / JNK cascade ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.614 Å

データ登録者

Perez, L.M. / Ielasi, F.S. / Palencia, A. / Jensen, M.R.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Visualizing protein breathing motions associated with aromatic ring flipping.
著者: Marino Perez, L. / Ielasi, F.S. / Bessa, L.M. / Maurin, D. / Kragelj, J. / Blackledge, M. / Salvi, N. / Bouvignies, G. / Palencia, A. / Jensen, M.R.

履歴

登録	2021年3月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nym.cif.gz	121.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nym.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nym.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nym_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nym_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7nym_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	7nym_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/7nym ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/7nym	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nykSC 7nylC 7nynC 7nyoC 7nzbC 7nzcC 7nzdC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4a5v-d 5c4q-1 5c4q-2 2bwq-d 5lng-3 5y9g-2 6vsv-d 7nym-2 7as6-d 4iqh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (4)

登録構造単位

AAA: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)

BBB: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)

CCC: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)

DDD: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)

ヘテロ分子

31.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)

BBB: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, chain A forms a dimer with chain B chain C forms a dimer with chain D
15.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

CCC: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)

DDD: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.120, 84.254, 98.315
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1) / JIP-1 / JNK-interacting protein 1 / Islet-brain 1 / IB-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / ...JIP-1 / JNK-interacting protein 1 / Islet-brain 1 / IB-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / Mitogen-activated protein kinase 8-interacting protein 1 / C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1 分子量: 7498.314 Da / 分子数: 4 / 変異: V517A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GHME belongs to expression vector pET28a / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK8IP1, IB1, JIP1, PRKM8IP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UQF2, phosphoinositide 5-phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: Needles
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1-5 % PEG 400, 2-2.5 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8731 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月30日
放射	モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8731 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→63.976 Å / Num. obs: 45428 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 12.5 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 1.454→1.518 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2272 / CC_1/2: 0.46

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	7.0.078	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7NYK

7nyk

解像度: 1.614→63.976 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 3.629 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1976	1815	4.996 %
R_work	0.1314	34511	-
all	0.135	-	-
obs	-	36326	99.967 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.598 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.658 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.586 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.928 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.614→63.976 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2020	0	84	218	2322

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2184
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	1921
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.68	1.683	2948
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.373	1.635	4434
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.433	5	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	23.76	21.438	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.267	15	323
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.482	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2401
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	518
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.318	0.2	296
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.227	0.2	1766
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	929
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.173	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.25	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.381	1.775	964
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.378	1.769	963
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.922	2.638	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.921	2.642	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.535	2.456	1220
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.538	2.45	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.761	3.481	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.761	3.472	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.652	22.023	2264
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.653	22.05	2265
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.844	3	4105

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.614-1.655	0.234	152	0.16	2509	0.164	2661	0.895	0.929	100	0.154
1.655-1.701	0.225	119	0.143	2442	0.147	2561	0.916	0.942	100	0.135
1.701-1.75	0.225	130	0.146	2401	0.15	2531	0.929	0.944	100	0.134
1.75-1.804	0.205	115	0.141	2282	0.145	2397	0.931	0.943	100	0.128
1.804-1.863	0.215	106	0.12	2261	0.124	2367	0.929	0.959	100	0.107
1.863-1.928	0.189	105	0.104	2191	0.108	2296	0.949	0.969	100	0.092
1.928-2.001	0.211	117	0.105	2096	0.111	2213	0.949	0.971	100	0.096
2.001-2.083	0.162	107	0.101	2044	0.105	2151	0.972	0.977	100	0.095
2.083-2.175	0.172	97	0.101	1933	0.104	2030	0.964	0.975	100	0.097
2.175-2.281	0.191	111	0.105	1855	0.11	1966	0.96	0.973	100	0.103
2.281-2.404	0.158	100	0.095	1783	0.099	1883	0.969	0.979	100	0.094
2.404-2.55	0.187	78	0.098	1712	0.102	1790	0.963	0.978	100	0.099
2.55-2.726	0.193	88	0.114	1580	0.118	1668	0.953	0.973	100	0.116
2.726-2.944	0.206	66	0.127	1485	0.13	1552	0.962	0.972	99.9356	0.137
2.944-3.224	0.207	74	0.131	1383	0.135	1459	0.953	0.973	99.8629	0.145
3.224-3.604	0.221	70	0.148	1259	0.152	1329	0.955	0.969	100	0.17
3.604-4.159	0.183	71	0.141	1113	0.144	1184	0.962	0.972	100	0.172
4.159-5.088	0.188	39	0.137	955	0.138	994	0.968	0.979	100	0.172
5.088-7.173	0.233	48	0.196	766	0.198	814	0.953	0.966	100	0.24
7.173-63.976	0.218	22	0.279	461	0.276	492	0.949	0.933	98.1707	0.445

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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