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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ny4 | ||||||
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タイトル | 14-3-3 sigma with RelA/p65 binding site pS45 and covalently bound TCF521-130 | ||||||
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![]() | PEPTIDE BINDING PROTEIN / ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() acetaldehyde metabolic process / prolactin signaling pathway / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / NF-kappaB p50/p65 complex / IkBA variant leads to EDA-ID / positive regulation of Schwann cell differentiation / cellular response to peptidoglycan / Regulated proteolysis of p75NTR / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wolter, M. / Ottmann, C. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: An Exploration of Chemical Properties Required for Cooperative Stabilization of the 14-3-3 Interaction with NF-kappa B-Utilizing a Reversible Covalent Tethering Approach. 著者: Wolter, M. / Valenti, D. / Cossar, P.J. / Hristeva, S. / Levy, L.M. / Genski, T. / Hoffmann, T. / Brunsveld, L. / Tzalis, D. / Ottmann, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 83.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7bi3C ![]() 7biqC ![]() 7biwC ![]() 7biyC ![]() 7bjbC ![]() 7bjfC ![]() 7bjlC ![]() 7bjwC ![]() 7bkhC ![]() 7nj9C ![]() 7njbC ![]() 7nk3C ![]() 7nk5C ![]() 7nlaC ![]() 7nleC ![]() 7nm1C ![]() 7nm3C ![]() 7nm9C ![]() 7nmhC ![]() 7nr7C ![]() 7nv4C ![]() 7nviC ![]() 7nwsC ![]() 7nxsC ![]() 7nxtC ![]() 7nxwC ![]() 7nxyC ![]() 7nyeC ![]() 7nyfC ![]() 7nygC ![]() 7nz6C ![]() 7nzgC ![]() 7nzkC ![]() 7nzvC ![]() 7o34C ![]() 7o3aC ![]() 7o3fC ![]() 7o3pC ![]() 7o3qC ![]() 7o3rC ![]() 7o3sC ![]() 7o57C ![]() 7o59C ![]() 7o5aC ![]() 7o5cC ![]() 7o5dC ![]() 7o5fC ![]() 7o5gC ![]() 7o5oC ![]() 7o5pC ![]() 7o5sC ![]() 7o5uC ![]() 7o5xC ![]() 7o6fC ![]() 7o6gC ![]() 7o6iC ![]() 7o6jC ![]() 7o6kC ![]() 7o6mC ![]() 7o6oC ![]() 6qhlS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26558.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1412.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: the sequence follows an alternative sequencing (ID: CAA80524) 由来: (合成) ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-UVN / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / ![]() |
#5: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.49 % |
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.095 M HEPES Na pH 7.1, 27% PEG400, 0.19M Calcium chloride, 5% Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.4→66.47 Å / Num. obs: 57423 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 33.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.43 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 16.4 / Num. unique obs: 2988 / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.136 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 6QHL 解像度: 1.4→41.77 Å / SU ML: 0.1152 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.2126 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.82 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→41.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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