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- PDB-7nxj: Crystal structure of human Cdk13/Cyclin K in complex with the inh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nxj
タイトルCrystal structure of human Cdk13/Cyclin K in complex with the inhibitor THZ531
要素
  • Cyclin-K
  • Cyclin-dependent kinase 13サイクリン依存性キナーゼ
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / CDK13 / Cyclin K (サイクリンK) / CCNK (サイクリンK) / THZ531 / kinase (キナーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin K-CDK12 complex / cyclin K-CDK13 complex / nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / negative regulation by host of viral genome replication / alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of stem cell differentiation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / [RNA-polymerase]-subunit kinase ...cyclin K-CDK12 complex / cyclin K-CDK13 complex / nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / negative regulation by host of viral genome replication / alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of stem cell differentiation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / [RNA-polymerase]-subunit kinase / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / 造血 / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / regulation of signal transduction / サイクリン依存性キナーゼ / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / cyclin binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II / protein kinase activity / nuclear speck / 細胞周期 / 細胞分裂 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / DNA damage response / Neutrophil degranulation / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / ゴルジ体 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / RNA binding / extracellular region / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Haspin like kinase domain / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily ...Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Haspin like kinase domain / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5I1 / Cyclin-K / Cyclin-dependent kinase 13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Anand, K. / Greifenberg, A.K. / Kaltheuner, I.H. / Geyer, M.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)GE 976/9-2 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC2151-390873048 ドイツ
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure-activity relationship study of THZ531 derivatives enables the discovery of BSJ-01-175 as a dual CDK12/13 covalent inhibitor with efficacy in Ewing sarcoma.
著者: Jiang, B. / Jiang, J. / Kaltheuner, I.H. / Iniguez, A.B. / Anand, K. / Ferguson, F.M. / Ficarro, S.B. / Seong, B.K.A. / Greifenberg, A.K. / Dust, S. / Kwiatkowski, N.P. / Marto, J.A. / ...著者: Jiang, B. / Jiang, J. / Kaltheuner, I.H. / Iniguez, A.B. / Anand, K. / Ferguson, F.M. / Ficarro, S.B. / Seong, B.K.A. / Greifenberg, A.K. / Dust, S. / Kwiatkowski, N.P. / Marto, J.A. / Stegmaier, K. / Zhang, T. / Geyer, M. / Gray, N.S.
履歴
登録2021年3月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 13
B: Cyclin-K
C: Cyclin-dependent kinase 13
D: Cyclin-K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,0226
ポリマ－143,9024
非ポリマー1,1202
水1,49583
1
A: Cyclin-dependent kinase 13
B: Cyclin-K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5113
ポリマ－71,9512
非ポリマー5601
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area25920 Å2
手法PISA
2
C: Cyclin-dependent kinase 13
D: Cyclin-K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5113
ポリマ－71,9512
非ポリマー5601
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area25900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.880, 149.450, 92.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 13 / サイクリン依存性キナーゼ / CDC2-related protein kinase 5 / Cell division cycle 2-like protein kinase 5 / Cell division protein ...CDC2-related protein kinase 5 / Cell division cycle 2-like protein kinase 5 / Cell division protein kinase 13 / hCDK13 / Cholinesterase-related cell division controller


分子量: 40521.863 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 694-1039 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK13, CDC2L, CDC2L5, CHED, KIAA1791
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q14004, サイクリン依存性キナーゼ, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#2: タンパク質 Cyclin-K


分子量: 31429.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNK, CPR4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O75909
#3: 化合物 ChemComp-5I1 / N-[4-[(3R)-3-[[5-chloranyl-4-(1H-indol-3-yl)pyrimidin-2-yl]amino]piperidin-1-yl]carbonylphenyl]-4-(dimethylamino)butanamide


分子量: 560.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H34ClN7O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 0.1 M MES (pH 6.8), 24% PEG 3350, 0.2 M MgCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.972422 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972422 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→45.86 Å / Num. obs: 54103 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.4 % / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.36→2.44 Å / Num. unique obs: 5344 / Rrim(I) all: 0.77 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.18.2_3874: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EFQ

5efq


解像度: 2.36→45.86 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 29.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2518 1351 2.5 %
Rwork0.2121 --
obs0.2131 54078 98.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→45.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9284 0 0 83 9367
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029504
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60812885
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4043486
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411384
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041638
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.36-2.440.34551340.31885210X-RAY DIFFRACTION98
2.44-2.540.37911350.29685295X-RAY DIFFRACTION98
2.54-2.660.31351350.28565259X-RAY DIFFRACTION98
2.66-2.80.33131320.27995183X-RAY DIFFRACTION97
2.8-2.970.33611360.26575335X-RAY DIFFRACTION99
2.97-3.20.33491360.25695286X-RAY DIFFRACTION99
3.2-3.520.24051350.23165283X-RAY DIFFRACTION98
3.53-4.030.26891350.215232X-RAY DIFFRACTION97
4.04-5.080.20721350.17065295X-RAY DIFFRACTION98
5.08-45.860.1971380.17545349X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 28.789 Å / Origin y: 26.698 Å / Origin z: 29.554 Å
111213212223313233
T0.3674 Å2-0.0588 Å20.0492 Å2-0.431 Å2-0.0322 Å2--0.4299 Å2
L0.4146 °2-0.1636 °20.3958 °2-0.2076 °2-0.1501 °2--0.9953 °2
S-0.0094 Å °-0.0877 Å °0.0518 Å °0.0672 Å °0.0156 Å °-0.0414 Å °-0.1346 Å °-0.0785 Å °-0.0074 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 695:1023 OR RESID 2000:2000 OR RESID 2101:2116 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 695:1017 OR RESID 2000:2000 OR RESID 2101:2125 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 21:264 OR RESID 301:317 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 301:325 OR RESID 21:267 ) )A695 - 1023
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 695:1023 OR RESID 2000:2000 OR RESID 2101:2116 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 695:1017 OR RESID 2000:2000 OR RESID 2101:2125 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 21:264 OR RESID 301:317 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 301:325 OR RESID 21:267 ) )A2000
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 695:1023 OR RESID 2000:2000 OR RESID 2101:2116 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 695:1017 OR RESID 2000:2000 OR RESID 2101:2125 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 21:264 OR RESID 301:317 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 301:325 OR RESID 21:267 ) )A2101 - 2116
4X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 695:1023 OR RESID 2000:2000 OR RESID 2101:2116 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 695:1017 OR RESID 2000:2000 OR RESID 2101:2125 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 21:264 OR RESID 301:317 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 301:325 OR RESID 21:267 ) )C695 - 1017
5X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 695:1023 OR RESID 2000:2000 OR RESID 2101:2116 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 695:1017 OR RESID 2000:2000 OR RESID 2101:2125 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 21:264 OR RESID 301:317 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 301:325 OR RESID 21:267 ) )C2000
6X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 695:1023 OR RESID 2000:2000 OR RESID 2101:2116 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 695:1017 OR RESID 2000:2000 OR RESID 2101:2125 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 21:264 OR RESID 301:317 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 301:325 OR RESID 21:267 ) )C2101 - 2125
7X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 695:1023 OR RESID 2000:2000 OR RESID 2101:2116 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 695:1017 OR RESID 2000:2000 OR RESID 2101:2125 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 21:264 OR RESID 301:317 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 301:325 OR RESID 21:267 ) )B21 - 264
8X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 695:1023 OR RESID 2000:2000 OR RESID 2101:2116 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 695:1017 OR RESID 2000:2000 OR RESID 2101:2125 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 21:264 OR RESID 301:317 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 301:325 OR RESID 21:267 ) )B301 - 317
9X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 695:1023 OR RESID 2000:2000 OR RESID 2101:2116 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 695:1017 OR RESID 2000:2000 OR RESID 2101:2125 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 21:264 OR RESID 301:317 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 301:325 OR RESID 21:267 ) )D301 - 325
10X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 695:1023 OR RESID 2000:2000 OR RESID 2101:2116 ) ) OR ( CHAIN C AND ( RESID 695:1017 OR RESID 2000:2000 OR RESID 2101:2125 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 21:264 OR RESID 301:317 ) ) OR ( CHAIN D AND ( RESID 301:325 OR RESID 21:267 ) )D21 - 267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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