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Yorodumi- PDB-7nup: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2 complexed with a mixed hyd... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7nup | ||||||
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Title | Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2 complexed with a mixed hydroxamic and sulfonyl ligand | ||||||
Components | Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Hydroxamic inhibitor / complex / aminopeptidase / Zinc containing enzyme | ||||||
Function / homology | Function and homology information Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aminopeptidases / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / regulation of blood pressure / metallopeptidase activity ...Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aminopeptidases / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / peptide catabolic process / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / regulation of blood pressure / metallopeptidase activity / endopeptidase activity / adaptive immune response / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum membrane / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.1 Å | ||||||
Authors | Mpakali, A. / Giastas, P. / Stratikos, E. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2 complexed with a mixed hydroxamic and sulfonyl ligand Authors: Mpakali, A. / Giastas, P. / Stratikos, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7nup.cif.gz | 1.4 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7nup.ent.gz | 1.2 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7nup.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/7nup ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/7nup | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5ab0S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 111425.273 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ERAP2, LRAP / Cell line (production host): Sf21 Production host: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (butterflies/moths) References: UniProt: Q6P179, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Aminopeptidases |
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-Sugars , 5 types, 32 molecules
#2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source #5: Polysaccharide | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #7: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 6 types, 132 molecules
#6: Chemical | ChemComp-ZN / #8: Chemical | ChemComp-USK / ( #9: Chemical | ChemComp-PGE / | #10: Chemical | #11: Chemical | ChemComp-BR / #12: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.04 Å3/Da / Density % sol: 59.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.03M of each halide (sodium fluoride, sodium bromide, sodium iodide), 0.1M MES/imidazole pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P13 (MX1) / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 10, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.1→48.664 Å / Num. obs: 73659 / % possible obs: 83.24 % / Redundancy: 3.2 % / CC1/2: 0.921 / Net I/σ(I): 1.6 |
Reflection shell | Resolution: 3.1→3.142 Å / Num. unique obs: 1151 / CC1/2: 0.6 / % possible all: 35 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5AB0 Resolution: 3.1→48.664 Å / SU ML: 0.47 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 28.61 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 354.84 Å2 / Biso mean: 56.5113 Å2 / Biso min: 1.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.1→48.664 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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