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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nsk | ||||||
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タイトル | Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2 complexed with a hydroxamic ligand | ||||||
![]() | Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mpakali, A. / Giastas, P. / Stratikos, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Endoplasmic reticulum aminopeptidase 2 in complex with a phosphinic ligand 著者: Mpakali, A. / Giastas, P. / Stratikos, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 748.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 622.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5ab0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 111010.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: Q6P179, ![]() |
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-糖 , 4種, 16分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | ![]() #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ![]() #4: 多糖 | ![]() #6: 糖 | ChemComp-NAG / ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 50分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/P4G.gif)
![](data/chem/img/UQE.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/P4G.gif)
![](data/chem/img/UQE.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-P4G / | ![]() #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-EDO / ![]() #10: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.24 % |
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結晶化![]() | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10% w/v PEG 8000, 20% ethylene glycol, 0.03M of each halide (sodium salts), 0.1M MES/imidazole pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 3.1→75.559 Å / Num. obs: 42757 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 4.25 % / CC1/2: 0.789 / Net I/σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.172 Å / Num. unique obs: 1245 / CC1/2: 0.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5AB0 解像度: 3.1→75.559 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.29 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 217.38 Å2 / Biso mean: 77.3338 Å2 / Biso min: 17.13 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.1→75.559 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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