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- PDB-7noz: Structure of the nanobody stablized properdin bound alternative p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7noz
タイトルStructure of the nanobody stablized properdin bound alternative pathway proconvertase C3b:FB:FP
要素
  • (Complement C3 ...Complement component 3) x 2
  • (Properdin) x 2
  • Complement factor B
  • hFPNb1 nanobody
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / protease (プロテアーゼ) / complement / cascade / proconvertase
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic side of Golgi membrane / alternative-complement-pathway C3/C5 convertase / classical-complement-pathway C3/C5 convertase complex / positive regulation of opsonization / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / oviduct epithelium development / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex ...cytoplasmic side of Golgi membrane / alternative-complement-pathway C3/C5 convertase / classical-complement-pathway C3/C5 convertase complex / positive regulation of opsonization / Defective B3GALTL causes PpS / O-glycosylation of TSR domain-containing proteins / oviduct epithelium development / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / complement binding / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of phagocytosis, engulfment / complement receptor mediated signaling pathway / Activation of C3 and C5 / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of glucose transmembrane transport / 補体依存性細胞傷害 / complement activation, alternative pathway / 補体 / neuron remodeling / endopeptidase inhibitor activity / amyloid-beta clearance / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / Peptide ligand-binding receptors / complement activation, classical pathway / fatty acid metabolic process / Regulation of Complement cascade / Post-translational protein phosphorylation / response to bacterium / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / specific granule lumen / positive regulation of angiogenesis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / G alpha (i) signalling events / secretory granule lumen / blood microparticle / defense response to bacterium / 炎症 / 免疫応答 / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / 小胞体 / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / 細胞膜 / シグナル伝達 / protein-containing complex / タンパク質分解 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
: / Thrombospondin type 1 repeat / Complement factor B / Complement B/C2 / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Complement C3-like, NTR domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site ...: / Thrombospondin type 1 repeat / Complement factor B / Complement B/C2 / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Complement C3-like, NTR domain / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Α2-マクログロブリン / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Α2-マクログロブリン / Alpha-2-macroglobulin family / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / von Willebrand factor type A domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Complement factor B / Complement C3 / Properdin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Lorenzen, J. / Pedersen, D.V. / Andersen, G.R.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
LundbeckfondenR155-2015-2666 デンマーク
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Structure determination of an unstable macromolecular complex enabled by nanobody-peptide bridging.
著者: Lorentzen, J. / Pedersen, D.V. / Gadeberg, T.A.F. / Andersen, G.R.
履歴
登録2021年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C3 beta chain
B: Complement C3 alpha chain
C: Properdin
D: Properdin
F: Complement factor B
R: hFPNb1 nanobody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,06022
ポリマ－311,4986
非ポリマー5,56216
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)148.690, 179.460, 192.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

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Complement C3 ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Complement C3 beta chain


分子量: 71393.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024
#2: タンパク質 Complement C3 alpha chain


分子量: 103759.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01024

-
タンパク質 , 3種, 3分子 CDF

#3: タンパク質 Properdin / / Complement factor P


分子量: 17744.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFP, PFC / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P27918
#4: タンパク質 Properdin / / Complement factor P


分子量: 22958.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFP, PFC / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P27918
#5: タンパク質 Complement factor B / / C3/C5 convertase / Glycine-rich beta glycoprotein / GBG / PBF2 / Properdin factor B


分子量: 82084.609 Da / 分子数: 1 / Mutation: D279G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFB, BF, BFD / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P00751, alternative-complement-pathway C3/C5 convertase

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抗体 , 1種, 1分子 R

#6: 抗体 hFPNb1 nanobody


分子量: 13557.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
糖 , 5種, 15分子

#7: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-L-fucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 326.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpb1-3LFucpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1221m-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][L-1-deoxy-Fucp]{[(3+1)][b-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス / マンノース


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#11: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 3分子

#12: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#13: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05 M Na-acetate pH 5.3, 0.1 M Mg-formate,7% PEG5000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.9→48.59 Å / Num. obs: 47647 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 39.7 % / Biso Wilson estimate: 196.03 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1949 / Net I/σ(I): 10.84
反射 シェル解像度: 3.9→4.039 Å / 冗長度: 43.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.84 / Num. unique obs: 4688 / CC1/2: 0.392 / % possible all: 99.91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XWB

2xwb


解像度: 3.9→48.59 Å / SU ML: 0.6713 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 34.0027
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2654 1849 3.88 %
Rwork0.2488 45746 -
obs0.2494 47595 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 288.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.9→48.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21631 0 361 2 21994
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003722465
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.712530457
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07643426
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00783913
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.11483204
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.9-4.010.44651360.47033489X-RAY DIFFRACTION99.89
4.01-4.120.44681460.42893457X-RAY DIFFRACTION100
4.12-4.260.36311400.38063471X-RAY DIFFRACTION100
4.26-4.410.35711450.33843464X-RAY DIFFRACTION99.97
4.41-4.580.30421390.28833506X-RAY DIFFRACTION99.89
4.58-4.790.27691370.25623493X-RAY DIFFRACTION99.94
4.79-5.050.24171460.25163483X-RAY DIFFRACTION100
5.05-5.360.28711380.24653503X-RAY DIFFRACTION99.95
5.36-5.770.23841400.25163511X-RAY DIFFRACTION99.92
5.77-6.350.28171440.27553517X-RAY DIFFRACTION99.95
6.35-7.270.29381460.27933544X-RAY DIFFRACTION99.95
7.27-9.150.28491410.25543599X-RAY DIFFRACTION99.95
9.15-48.590.21381510.1873709X-RAY DIFFRACTION99.05
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.200173168266-0.3412312444940.0636149201724-0.239576599669-0.7742768685152.24706788613-0.215074778143-0.0517508454411-0.1200700117390.2052699384260.0745067258043-0.07151518302010.1104328814650.1912782845791.85901439428E-51.95013083267-0.169553884584-0.03373216070991.73740652405-0.1451086441182.1569022848867.882315969733.6401225071-9.07888849736
20.523772863544-0.7208468161780.243356656810.9791381740950.4051851471350.513353764491-0.06954339247140.2298601110270.1467147422550.5413809428130.418583853774-0.606962840663-0.1808318325620.616391174487-4.75647730098E-51.984233783550.1490009996180.09483085798042.101757237760.06414115419261.9463052217445.60005031152.8896864301310.15419473
30.5431956798070.757013800507-0.05583196692051.21810986904-0.4504947532230.309268333298-0.44250051045-0.263371904151-0.3818701588260.4868628657970.495883375024-0.5802072744460.152016688743-0.823255238604-2.7242408991E-53.09779679830.8891699522170.2359492288763.14553524558-0.1053447368681.9102273243148.412324657917.155332459761.1282099272
42.85191118328-0.553369881947-0.1132016945881.349598475690.853090325923.14633973301-1.12649227983-0.343128115549-0.603425728836-0.5890715727020.6040499630540.7203052598292.078374902310.506039952939-0.8997260503922.2586943632-1.35880698938-0.548166955514-0.210703234164-0.07180087927721.9373103281636.1965451824-3.57749863175-43.0257810814
51.085605571471.00061464907-0.4111827680560.946914854856-0.07957329875611.37529355993-0.122870229847-0.6704012432380.07919397874070.228525142448-0.323117711362-0.3924513567280.674657378050.506125429329.46598821311E-52.452173460640.549391582589-0.02127954884932.5994138650.08277337740991.8822369338284.183181808721.660311242436.7617764804
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-IDEnd label seq-ID
11(chain A or (chain B and resid 751:932))A - BA - E23 - 9321 - 181
22(chain B and (resid 933:1356 or resid 1664:1666) and not (resid 989:1299))BE - H933 - 1666182
33(chain B and resid 1500:1663 )BE1500 - 1663743 - 906
44(chain B and resid 989:1299)BE989 - 1299238 - 548
55(chain B and resid 1357:1499)BE1357 - 1499606 - 742
66(chain C and (resid 134:190 or resid 1029:1031 or resid 1023:1024))CI - P134 - 1031107
77(chain D and (resid 255:264 or resid 281:301 or resid 1096:1097))DQ255 - 3011 - 47
88((chain D and not (resid 255:310 or resid 1036:1037 or resid 1096:1097)) or (chain C and not (resid 28:75 or resid 134:190 or resid 1029:1031 or resid 1023:1024)))C - KI - L76 - 110149
99((chain D and (resid 265:280 or resid 302:310 or resid 1036:1037)) or (chain C and resid 28:75))C - DI - S28 - 10371
1010(chain F and resid 35:101)FE35 - 1011 - 67
1111(chain F and (resid 102:224 or resid 767:768 or resid 1025:1026 or resid 1032:1034))F - ME - N102 - 103368
1212(chain F and (resid 225:248 or resid 260:476 or resid 1027:1030 )) or (chain E)FV - E1 - 476423
1313(chain F and resid 477:766)FE477 - 765424 - 712
1414(chain R)RF2 - 1251 - 124

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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