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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7njz | ||||||
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タイトル | X-ray crystallography study of RoAb13 which binds to PIYDIN, a part of the CCR5 N terminal domain | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / CCR5 Peptidomimetic | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / negative regulation of macrophage apoptotic process / signaling / chemokine receptor activity / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / phosphatidylinositol phospholipase C activity / response to cholesterol / Chemokine receptors bind chemokines / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum ...chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / negative regulation of macrophage apoptotic process / signaling / chemokine receptor activity / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / phosphatidylinositol phospholipase C activity / response to cholesterol / Chemokine receptors bind chemokines / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / dendritic cell chemotaxis / Interleukin-10 signaling / Binding and entry of HIV virion / cellular defense response / coreceptor activity / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / 走化性 / calcium ion transport / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / virus receptor activity / cell-cell signaling / actin binding / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to lipopolysaccharide / cell surface receptor signaling pathway / エンドソーム / 免疫応答 / 炎症 / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / 細胞膜 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Helliwell, J.R. / Chayen, N. / Saridakis, E. / Govada, L. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Iucrj / 年: 2021 タイトル: X-ray crystallographic studies of RoAb13 bound to PIYDIN, a part of the N-terminal domain of C-C chemokine receptor 5. 著者: Govada, L. / Saridakis, E. / Kassen, S.C. / Bin-Ramzi, A. / Morgan, R.M. / Chain, B. / Helliwell, J.R. / Chayen, N.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7njz.cif.gz | 118 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7njz.ent.gz | 74.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7njz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/7njz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/7njz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7nw3C 4s2sS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データ参照: 10.5281/zenodo.4912886 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24063.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
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#2: 抗体 | 分子量: 24459.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 733.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51681 |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 % / 解説: Bipyramidal. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.85 M Ammonium sulfate / PH範囲: 5.0 - 6.0 Temp details: All experiments were incubated in a temperature controlled Incubator at 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→73.53 Å / Num. obs: 13940 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 121.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 2703 / CC1/2: 0.95 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4S2S 解像度: 3.2→73.52 Å / SU ML: 0.6142 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.1435 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 121.77 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→73.52 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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