PDB-7n18: Clostridium botulinum Neurotoxin Serotype A Light Chain Inhibited...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7n18

タイトル

Clostridium botulinum Neurotoxin Serotype A Light Chain Inhibited by a Chiral Hydroxamic Acid

要素

Botulinum neurotoxin type A

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / Botulinum protease / BoNT/A /

inhibitor (酵素阻害剤) /

HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

ボツリヌストキシン / host cell presynaptic membrane / host cell cytoplasmic vesicle / host cell cytosol / protein transmembrane transporter activity /

metalloendopeptidase activity /

toxin activity / host cell plasma membrane /

タンパク質分解 / zinc ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium botulinum (ボツリヌス菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.03 Å

データ登録者

Silvaggi, N.R. / Allen, K.N.

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Use of Crystallography and Molecular Modeling for the Inhibition of the Botulinum Neurotoxin A Protease.
著者: Turner, L.D. / Nielsen, A.L. / Lin, L. / Campedelli, A.J. / Silvaggi, N.R. / Chen, J.S. / Wakefield, A.E. / Allen, K.N. / Janda, K.D.

履歴

登録	2021年5月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7n18.ent.gz	395.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7n18.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/7n18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/7n18	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2imcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Botulinum neurotoxin type A

B: Botulinum neurotoxin type A

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Botulinum neurotoxin type A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
51 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Botulinum neurotoxin type A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.990, 67.292, 97.487
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.149, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Botulinum neurotoxin type A / BoNT/A / Bontoxilysin-A / BOTOX 分子量: 50965.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium botulinum (ボツリヌス菌) 遺伝子: botA, bna, CBO0806, CLC_0862 / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DPI1
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-C7I / (3R)-3-(4-chlorophenyl)-N,5-dihydroxypentanamide / (R)-3-(4-クロロフェニル)-5-ヒドロキシペンタンヒドロキシム酸分子量: 243.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₄ClNO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-C8I / (3S)-3-(4-chlorophenyl)-N,5-dihydroxypentanamide / (S)-3-(4-クロロフェニル)-5-ヒドロキシペンタンヒドロキシム酸分子量: 243.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₄ClNO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.6 % 解説: Thin rods. Microseeding improved morphology from needles.
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10-15% polyethylene glycol [PEG] 2,000 monomethyl ester, 0.2-0.3 M K2HPO4, 0.1 M D,L-malic acid pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月2日
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→50 Å / Num. obs: 95351 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 22 Å² / CC_1/2: 0.988 / CC star: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.068 / R_rim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.03→2.097 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 4.41 / Num. unique obs: 4629 / CC_1/2: 0.663 / CC star: 0.893 / R_pim(I) all: 0.315 / R_rim(I) all: 0.601 / % possible all: 78.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2IMC

2imc

解像度: 2.03→31.91 Å / SU ML: 0.184 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.3324
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1962	3307	3.47 %
R_work	0.1578	92044	-
obs	0.1591	95351	81.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.03→31.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6396	0	18	364	6778

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0107	6582
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0543	8888
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0594	968
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0105	1141
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.4107	2425

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.03-2.05	0.2515	65	0.1927	1830	X-RAY DIFFRACTION	39.28
2.05-2.08	0.2229	81	0.1848	2220	X-RAY DIFFRACTION	47.04
2.08-2.12	0.2336	88	0.1804	2364	X-RAY DIFFRACTION	50.55
2.12-2.15	0.2353	93	0.1708	2592	X-RAY DIFFRACTION	54.99
2.15-2.19	0.1676	106	0.1706	2762	X-RAY DIFFRACTION	59.7
2.19-2.23	0.2029	105	0.1706	3003	X-RAY DIFFRACTION	64.03
2.23-2.27	0.2028	110	0.157	3209	X-RAY DIFFRACTION	67.97
2.27-2.32	0.2188	117	0.1615	3413	X-RAY DIFFRACTION	72.26
2.32-2.37	0.2316	134	0.1626	3556	X-RAY DIFFRACTION	76.24
2.37-2.42	0.236	137	0.1591	3784	X-RAY DIFFRACTION	80.51
2.42-2.48	0.2783	140	0.1621	3920	X-RAY DIFFRACTION	83.32
2.48-2.55	0.183	140	0.157	4153	X-RAY DIFFRACTION	88.48
2.55-2.63	0.2115	158	0.1624	4305	X-RAY DIFFRACTION	92.06
2.63-2.71	0.1941	165	0.1564	4487	X-RAY DIFFRACTION	95.84
2.71-2.81	0.1977	166	0.164	4564	X-RAY DIFFRACTION	97.85
2.81-2.92	0.1918	170	0.1636	4704	X-RAY DIFFRACTION	98.98
2.92-3.05	0.1995	166	0.1563	4664	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.05-3.21	0.1793	162	0.1537	4662	X-RAY DIFFRACTION	99.57
3.21-3.41	0.2143	166	0.1511	4646	X-RAY DIFFRACTION	99.44
3.41-3.68	0.1759	170	0.1535	4660	X-RAY DIFFRACTION	99.32
3.68-4.05	0.1665	169	0.1392	4646	X-RAY DIFFRACTION	99.32
4.05-4.63	0.18	165	0.1353	4648	X-RAY DIFFRACTION	99.38
4.63-5.83	0.1665	167	0.1518	4659	X-RAY DIFFRACTION	99.24
5.83-31.91	0.228	167	0.192	4593	X-RAY DIFFRACTION	97.64

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.91760621766	0.516746503821	0.692415616035	4.23352453806	-0.237111410004	3.39091940415	0.131393279034	-0.337922033727	-0.338434209997	0.533942085737	-0.0799546460801	-0.00560098807392	0.263626278371	0.108842297503	0.0174087264524	0.236705512267	0.0454998618594	-0.0442772766223	0.159114853386	0.0131527997746	0.189964360078	14.802	-3.429	32.079
2	1.67489002496	-0.684850143347	0.168831303365	2.58253379329	-0.541230270495	1.32265583673	-0.0397153413446	-0.228564182352	-0.147151557018	0.489948816711	0.0463746860304	0.13536291348	0.0216404315772	-0.0375786531455	0.0181591578403	0.196050572775	-0.00950439731483	0.0177140952361	0.161711741109	0.00334611594707	0.123947329731	8.189	0.174	31.618
3	1.62831267383	-0.675763925011	0.202797271945	2.43736150353	-0.219405080029	2.10458254979	0.0101834531126	-0.07040173519	-0.331547287915	0.228730068516	-0.075118235144	0.938372951151	0.0847184530499	-0.479247418837	0.0426733148709	0.142460259411	-0.0362195123483	0.0282032331015	0.248251313626	-0.0180793022677	0.393392932353	-6.158	3.252	23.838
4	2.17602765263	-0.561337580766	0.462141034223	2.80632837802	0.0663628194308	2.21488474769	0.110910829386	0.112274525132	-0.12361341277	-0.0731797451998	-0.141132966469	0.223934730276	-0.0940530464849	-0.10153397568	0.0208280040257	0.0933879383935	-0.0317414296	0.000193453133331	0.137810790693	0.0237496284941	0.145677474594	4.098	4.126	18.619
5	1.59940764843	0.120311448758	-0.365766135215	3.15743981774	-0.506250922185	2.07287163852	0.120769922679	-0.257788496091	0.156958121147	0.653975780378	-0.0377594702617	0.10962455316	-0.25536326412	0.0776322041321	-0.0125244189189	0.253611216309	-0.0108835773475	0.0476387860868	0.191930415552	-0.0289877864907	0.14464656847	18.156	27.084	29.768
6	1.68599775177	-0.563763161002	0.0631534780478	3.24261556942	0.493510832387	2.65784178458	0.0479285790792	-0.04915151107	0.332896830659	0.21138288672	-0.0747307523062	-0.493013374666	-0.442276477851	0.355915215032	-0.001394417986	0.213218514626	-0.0441148981091	-0.0211883412174	0.17324375019	0.0106109904137	0.217332121374	24.37	36.24	22.425
7	2.41214839706	-0.0639262233506	0.195390776247	3.11310651073	-0.488934293139	1.65145568303	0.0950400649187	-0.113918418496	0.0641946283762	0.322887608972	-0.13326003621	-0.375549448397	-0.102445191485	0.236685375792	0.0273297918484	0.110458019583	-0.0225842927362	-0.00490939157267	0.185260818233	-0.0084115797602	0.161166462277	30.658	23.217	22.782
8	4.03336126659	1.10771286773	-0.240489164356	4.02973064777	-1.300909515	3.61156484874	0.148560008757	0.809572217472	0.11395177167	-0.553986799172	-0.281752165835	-0.88331004582	-0.147980676227	0.991405302152	0.0386766038318	0.258412222065	0.0401420215306	0.143807121185	0.513829984836	0.0276078860248	0.434524052036	41.02	20.911	9.601
9	4.71553320176	0.110619575596	-0.227397922914	4.65798069972	0.210056681747	3.1054046551	-0.0443578464468	-0.283930776391	-0.442304295883	0.454442793816	-0.0871296264152	-0.501911509161	0.380383973629	0.42891775758	0.0541987713692	0.207668858268	0.063235010315	-0.0859361666105	0.300905351815	0.0713789940435	0.348187337615	38.25	3.741	27.338
10	3.21717385947	-1.82796312481	0.456980896398	3.29312641833	-0.801781088383	1.06070778158	0.223109180323	0.336620176296	0.0151690749836	-0.455666738875	-0.215483041919	-0.287563817971	0.0835142153599	0.18806894203	-0.00400648772211	0.186535672167	0.0251229502798	0.0165762181596	0.207323281609	-0.014534614117	0.140796241359	25.431	22.602	8.327
11	2.5461751455	1.26635427274	1.08200315458	6.3529467239	0.857227389262	5.85871902838	-0.116440311976	0.0517107182951	0.340266473307	-0.613206877906	0.104720569675	0.327173219298	-0.19377686725	-0.0553498222765	-0.00168106348338	0.214140481567	0.0348070767983	-0.0158427509153	0.206634000839	0.0685042447832	0.184775908765	14.959	35.52	1.499

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID -9:61 )	A	-9 - 61
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 62:163 )	A	62 - 163
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 164:298 )	A	164 - 298
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 299:417 )	A	299 - 417
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID -9:48 )	B	-9 - 48
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 49:99 )	B	49 - 99
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 100:232 )	B	100 - 232
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 233:274 )	B	233 - 274
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 278:334 )	B	278 - 334
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 335:390 )	B	335 - 390
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 391:417 )	B	391 - 417

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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