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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7msd | ||||||
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タイトル | Structure of EED bound to EEDi-6068 | ||||||
要素 | Polycomb protein EED | ||||||
キーワード | GENE REGULATION/INHIBITOR / polycomb repressive complex 2 (PRC2) / GENE REGULATION-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ESC/E(Z) complex / spinal cord development / histone methyltransferase activity / Transcriptional Regulation by E2F6 / nucleosome binding / enzyme activator activity / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis ...ESC/E(Z) complex / spinal cord development / histone methyltransferase activity / Transcriptional Regulation by E2F6 / nucleosome binding / enzyme activator activity / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / 染色体 / Oxidative Stress Induced Senescence / negative regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Petrunak, E. / Stuckey, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021 タイトル: Discovery of EEDi-5273 as an Exceptionally Potent and Orally Efficacious EED Inhibitor Capable of Achieving Complete and Persistent Tumor Regression. 著者: Rej, R.K. / Wang, C. / Lu, J. / Wang, M. / Petrunak, E. / Zawacki, K.P. / McEachern, D. / Yang, C.Y. / Wang, L. / Li, R. / Chinnaswamy, K. / Wen, B. / Sun, D. / Stuckey, J.A. / Zhou, Y. / ...著者: Rej, R.K. / Wang, C. / Lu, J. / Wang, M. / Petrunak, E. / Zawacki, K.P. / McEachern, D. / Yang, C.Y. / Wang, L. / Li, R. / Chinnaswamy, K. / Wen, B. / Sun, D. / Stuckey, J.A. / Zhou, Y. / Chen, J. / Tang, G. / Wang, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7msd.cif.gz | 94.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7msd.ent.gz | 67.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7msd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/7msd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/7msd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42412.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75530 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZMY / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-FMT / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 20% glycerol, 4.5 M Na Formate, 10 mM TCEP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月11日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 23519 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 36.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 0.933 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 172046 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: in-house model 解像度: 2.2→47.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU R Cruickshank DPI: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.223 / SU Rfree Blow DPI: 0.175 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.171
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原子変位パラメータ | Biso max: 76.66 Å2 / Biso mean: 33.09 Å2 / Biso min: 16.03 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→47.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
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