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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6w7f | ||||||
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タイトル | Structure of EED bound to inhibitor 5285 | ||||||
要素 | Polycomb protein EED | ||||||
キーワード | GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / Inhibitor / Transcription-Inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ESC/E(Z) complex / spinal cord development / histone methyltransferase activity / Transcriptional Regulation by E2F6 / enzyme activator activity / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis / PKMTs methylate histone lysines ...ESC/E(Z) complex / spinal cord development / histone methyltransferase activity / Transcriptional Regulation by E2F6 / enzyme activator activity / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of PTEN gene transcription / Defective pyroptosis / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / 染色体 / Oxidative Stress Induced Senescence / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Petrunak, E.M. / Stuckey, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020 タイトル: EEDi-5285: An Exceptionally Potent, Efficacious, and Orally Active Small-Molecule Inhibitor of Embryonic Ectoderm Development. 著者: Rej, R.K. / Wang, C. / Lu, J. / Wang, M. / Petrunak, E. / Zawacki, K.P. / McEachern, D. / Fernandez-Salas, E. / Yang, C.Y. / Wang, L. / Li, R. / Chinnaswamy, K. / Wen, B. / Sun, D. / Stuckey, ...著者: Rej, R.K. / Wang, C. / Lu, J. / Wang, M. / Petrunak, E. / Zawacki, K.P. / McEachern, D. / Fernandez-Salas, E. / Yang, C.Y. / Wang, L. / Li, R. / Chinnaswamy, K. / Wen, B. / Sun, D. / Stuckey, J. / Zhou, Y. / Chen, J. / Tang, G. / Wang, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6w7f.cif.gz | 96.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6w7f.ent.gz | 70.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6w7f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/6w7f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w7/6w7f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42412.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75530 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 4.3 M Sodium Formate, 18% Glycerol, 10 mM TCEP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1271 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1271 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 23715 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / Rmerge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 1170 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2QXV 解像度: 2.2→24.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU R Cruickshank DPI: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.217 / SU Rfree Blow DPI: 0.164 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.16
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原子変位パラメータ | Biso max: 96.53 Å2 / Biso mean: 31.92 Å2 / Biso min: 5.32 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→24.59 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.22 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
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