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- PDB-7mmo: LY-CoV1404 neutralizing antibody against SARS-CoV-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mmo
タイトルLY-CoV1404 neutralizing antibody against SARS-CoV-2
要素
  • LY-CoV1404 Fab heavy chain
  • LY-CoV1404 Fab light chain
  • Spike protein S1
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN (免疫系) / antibody neutralizing SARS-CoV-2 / IMMUNE SYSTEM (免疫系) / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex (免疫系)
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.427 Å
データ登録者Hendle, J. / Pustilnik, A. / Sauder, J.M. / Coleman, K.A. / Boyles, J.S. / Dickinson, C.D.
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: LY-CoV1404 (bebtelovimab) potently neutralizes SARS-CoV-2 variants.
著者: Westendorf, K. / Wang, L. / Zentelis, S. / Foster, D. / Vaillancourt, P. / Wiggin, M. / Lovett, E. / van der Lee, R. / Hendle, J. / Pustilnik, A. / Sauder, J.M. / Kraft, L. / Hwang, Y. / ...著者: Westendorf, K. / Wang, L. / Zentelis, S. / Foster, D. / Vaillancourt, P. / Wiggin, M. / Lovett, E. / van der Lee, R. / Hendle, J. / Pustilnik, A. / Sauder, J.M. / Kraft, L. / Hwang, Y. / Siegel, R.W. / Chen, J. / Heinz, B.A. / Higgs, R.E. / Kallewaard, N. / Jepson, K. / Goya, R. / Smith, M.A. / Collins, D.W. / Pellacani, D. / Xiang, P. / de Puyraimond, V. / Ricicova, M. / Devorkin, L. / Pritchard, C. / O'Neill, A. / Dalal, K. / Panwar, P. / Dhupar, H. / Garces, F.A. / Cohen, C. / Dye, J. / Huie, K.E. / Badger, C.V. / Kobasa, D. / Audet, J. / Freitas, J.J. / Hassanali, S. / Hughes, I. / Munoz, L. / Palma, H.C. / Ramamurthy, B. / Cross, R.W. / Geisbert, T.W. / Menacherry, V. / Lokugamage, K. / Borisevich, V. / Lanz, I. / Anderson, L. / Sipahimalani, P. / Corbett, K.S. / Yang, E.S. / Zhang, Y. / Shi, W. / Zhou, T. / Choe, M. / Misasi, J. / Kwong, P.D. / Sullivan, N.J. / Graham, B.S. / Fernandez, T.L. / Hansen, C.L. / Falconer, E. / Mascola, J.R. / Jones, B.E. / Barnhart, B.C.
履歴
登録2021年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.title / _citation.year ..._citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LY-CoV1404 Fab heavy chain
B: LY-CoV1404 Fab light chain
C: Spike protein S1
D: LY-CoV1404 Fab heavy chain
E: LY-CoV1404 Fab light chain
F: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,7907
ポリマ－140,5696
非ポリマー2211
水1,29772
1
A: LY-CoV1404 Fab heavy chain
B: LY-CoV1404 Fab light chain
C: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5064
ポリマ－70,2843
非ポリマー2211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: LY-CoV1404 Fab heavy chain
E: LY-CoV1404 Fab light chain
F: Spike protein S1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2843
ポリマ－70,2843
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.094, 107.692, 190.472
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 LY-CoV1404 Fab heavy chain


分子量: 24160.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 LY-CoV1404 Fab light chain


分子量: 22950.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 23173.928 Da / 分子数: 2 / Fragment: receptor-binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: S, 2
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P0DTC2
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.86 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200mM Trimethylamine N-oxide, 20% PEG MME 2K, 100mM Tris HCl pH 6.0-7.0
PH範囲: 6.0-7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.427→94 Å / Num. obs: 57593 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.43→2.57 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 9489 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (18-SEP-2020)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7KMI

7kmi


解像度: 2.427→93.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU R Cruickshank DPI: 0.366 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.355 / SU Rfree Blow DPI: 0.24 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.245
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2526 2788 4.85 %RANDOM
Rwork0.2261 ---
obs0.2274 57431 99.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 124.84 Å2 / Biso mean: 59.22 Å2 / Biso min: 18.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9924 Å20 Å20 Å2
2---2.5452 Å20 Å2
3---0.5528 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.427→93.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9046 0 14 73 9133
Biso mean--72.25 45.16 -
残基数----1217
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2957SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1599HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9377HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1278SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6334SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d9377HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg12837HARMONIC20.94
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.25
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.85
LS精密化 シェル解像度: 2.43→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2657 60 5.22 %
Rwork0.2266 1089 -
all0.2285 1149 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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