[日本語] English
万見
- PDB-7mja: HLA-A*24:02 bound to Neuroblastoma derived PHOX2B peptide -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7mja
タイトルHLA-A*24:02 bound to Neuroblastoma derived PHOX2B peptide
要素
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • HLA class I histocompatibility antigen
  • Paired mesoderm homeobox protein 2B peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / NEUROBLASTOMA TUMOR ANTIGEN / PHOX2B / IGFBPL1 / HUMAN MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS I (MHCクラスI分子) / MHC-I (MHCクラスI分子) / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


medullary reticular formation development / autonomic nervous system development / parasympathetic nervous system development / efferent axon development in a lateral line nerve / retrotrapezoid nucleus neuron differentiation / negative regulation of type B pancreatic cell proliferation / noradrenergic neuron development / cell differentiation in hindbrain / respiratory system development / hindbrain tangential cell migration ...medullary reticular formation development / autonomic nervous system development / parasympathetic nervous system development / efferent axon development in a lateral line nerve / retrotrapezoid nucleus neuron differentiation / negative regulation of type B pancreatic cell proliferation / noradrenergic neuron development / cell differentiation in hindbrain / respiratory system development / hindbrain tangential cell migration / cellular response to carbon dioxide / noradrenergic neuron differentiation / brainstem development / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / motor neuron migration / enteric nervous system development / sympathetic ganglion development / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / glial cell differentiation / type B pancreatic cell proliferation / sympathetic nervous system development / cellular response to BMP stimulus / dopaminergic neuron differentiation / skeletal muscle cell differentiation / inner ear development / 脱分極 / antigen processing and presentation / negative regulation of neuron differentiation / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of neuron differentiation / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / response to activity / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / neuron migration / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / sequence-specific double-stranded DNA binding / negative regulation of neuron projection development / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / positive regulation of protein binding / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / positive regulation of cold-induced thermogenesis / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / protein refolding / early endosome membrane / 遺伝子発現の調節 / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / membrane => GO:0016020 / learning or memory / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / 免疫応答 / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding
類似検索 - 分子機能
Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / ホメオボックス / 'Homeobox' domain profile. / ホメオボックス / Homeobox domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Homeobox-like domain superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Β2-ミクログロブリン / HLA class I histocompatibility antigen / Paired mesoderm homeobox protein 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Toor, J.S. / Tripathi, S.M. / Truong, H.V. / Yarmarkovich, M. / Maris, J.M. / Sgourakis, N.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI143997 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM125034 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Cross-HLA targeting of intracellular oncoproteins with peptide-centric CARs.
著者: Yarmarkovich, M. / Marshall, Q.F. / Warrington, J.M. / Premaratne, R. / Farrel, A. / Groff, D. / Li, W. / di Marco, M. / Runbeck, E. / Truong, H. / Toor, J.S. / Tripathi, S. / Nguyen, S. / ...著者: Yarmarkovich, M. / Marshall, Q.F. / Warrington, J.M. / Premaratne, R. / Farrel, A. / Groff, D. / Li, W. / di Marco, M. / Runbeck, E. / Truong, H. / Toor, J.S. / Tripathi, S. / Nguyen, S. / Shen, H. / Noel, T. / Church, N.L. / Weiner, A. / Kendsersky, N. / Martinez, D. / Weisberg, R. / Christie, M. / Eisenlohr, L. / Bosse, K.R. / Dimitrov, D.S. / Stevanovic, S. / Sgourakis, N.G. / Kiefel, B.R. / Maris, J.M.
履歴
登録2021年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年12月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: Paired mesoderm homeobox protein 2B peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5794
ポリマ－45,4863
非ポリマー921
水6,630368
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4660 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.211, 77.211, 174.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen / HLA class I histocompatibility antigen A alpha chain / HLA-A protein / MHC class I antigen / MHC ...HLA class I histocompatibility antigen A alpha chain / HLA-A protein / MHC class I antigen / MHC class I protein / MHC leukocyte antigen / Major histocompatibility complex / class I / A


分子量: 32466.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HLA-A, HLA, HLA-A*24 :02 variant, HLA-A*24:02 VARIANT
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q95J06
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Paired mesoderm homeobox protein 2B peptide / Neuroblastoma Phox / NBPhox / PHOX2B homeodomain protein / Paired-like homeobox 2B


分子量: 1140.268 Da / 分子数: 1 / Fragment: Residues 43-51 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99453
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.07 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→87.43 Å / Num. obs: 60180 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.7 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 1.69→1.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.671 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 3045 / CC1/2: 0.96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VXN

3vxn


解像度: 1.69→57.875 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 2000 3.33 %
Rwork0.1746 --
obs0.1754 60060 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→57.875 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3130 0 6 368 3504
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0153220
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2284362
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.6381908
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058443
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007574
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6901-1.73230.22961400.19454069X-RAY DIFFRACTION100
1.7323-1.77920.25361410.19364070X-RAY DIFFRACTION100
1.7792-1.83150.24311400.19264075X-RAY DIFFRACTION100
1.8315-1.89060.23761410.18544095X-RAY DIFFRACTION100
1.8906-1.95820.20261400.17314070X-RAY DIFFRACTION100
1.9582-2.03660.21171420.16584111X-RAY DIFFRACTION100
2.0366-2.12930.18291410.17514085X-RAY DIFFRACTION100
2.1293-2.24160.1821410.17324132X-RAY DIFFRACTION100
2.2416-2.3820.2021430.17794119X-RAY DIFFRACTION100
2.382-2.5660.22771430.17744151X-RAY DIFFRACTION100
2.566-2.82420.1771430.17754153X-RAY DIFFRACTION100
2.8242-3.23280.20171440.17784208X-RAY DIFFRACTION100
3.2328-4.07290.191470.16574249X-RAY DIFFRACTION100
4.0729-57.80.19051540.1724473X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7526-0.407-0.26362.07280.99382.48010.04820.08-0.09030.1053-0.17460.21770.1737-0.28910.10830.1463-0.04410.00670.1613-0.04270.19849.23635.1713195.3518
21.23931.5021.0034.45543.60533.1270.0469-0.05-0.10180.724-0.12210.15390.8052-0.31830.20630.3433-0.06960.04710.142-0.00570.19099.56933.0453207.1912
32.3107-2.5749-2.50743.7652.90313.67230.2152-0.02030.13940.0450.0106-0.2582-0.0120.1244-0.26620.1452-0.0166-0.01290.163-0.03260.211919.359941.1414203.4697
41.6222-0.5766-0.25013.21170.61221.70030.103-0.16340.00520.55420.1132-0.49820.02760.4425-0.16080.2318-0.0156-0.10460.1971-0.06790.253124.894543.1547212.4558
50.5328-0.21250.10052.0130.73180.26720.04770.0385-0.0006-0.3741-0.0772-0.14240.17470.13770.09590.10250.00380.00580.1496-0.0320.171221.418138.6037185.1956
60.78830.21850.09752.1101-0.64980.7258-0.02820.14520.0536-0.6683-0.0679-0.2284-0.15580.10530.08190.45890.00180.07140.1709-0.00710.197622.274256.4995172.6612
71.30220.67460.97893.02842.91263.33850.0324-0.00420.0385-0.3534-0.21540.2071-0.5007-0.07580.24640.22290.0224-0.01740.1482-0.00890.2139.184356.1588190.0079
81.4389-0.73540.34290.5289-0.17670.09460.01920.49070.026-0.58040.06220.2620.176-0.4633-0.10940.70570.1513-0.23440.3841-0.02760.23553.460148.6435168.3722
92.24390.4961.25111.68420.88546.02020.20010.2019-0.0865-0.3743-0.08080.3480.2025-0.1176-0.01740.29530.0532-0.07850.1689-0.04090.2545.427349.9887183.1109
106.0387-0.53226.47810.9135-1.44057.81310.1858-0.05910.0055-0.1173-0.06070.5705-0.1336-0.6744-0.14870.20350.0819-0.07360.2952-0.04280.3546-2.859453.4658188.7805
112.44410.39431.8240.2617-0.68226.18790.1140.6009-0.6814-0.48220.11130.89490.032-0.7086-0.12150.2058-0.0349-0.16780.3838-0.00390.5143-4.707444.3234185.539
121.6083-0.13580.90342.4484-0.37325.29730.0680.1919-0.0998-0.3130.04110.2456-0.03920.0098-0.14460.13860.0016-0.02340.142-0.04040.18658.086646.6168189.405
132.01380.72480.65950.2793-0.11357.07010.17580.13860.3444-0.49020.09060.4963-0.2347-0.6044-0.14030.49560.1709-0.21010.3336-0.0020.4243-3.634557.0237177.7296
145.24180.93522.04262.23053.59586.4247-0.08860.05170.9095-0.1138-0.24350.2825-0.5872-0.31830.12770.23470.0710.01280.2393-0.02850.37551.48561.6265196.9537
154.7101-0.9173-3.26394.94090.7546.86490.21080.4080.2541-0.677-0.02180.3617-0.5365-0.2807-0.13920.41960.0935-0.11690.1943-0.00080.29443.622959.6948177.546
161.51370.17150.3914.4823.20612.4014-0.1295-0.07350.05050.87620.2249-0.02880.7942-0.0154-0.05680.31320.0208-0.01430.1571-0.02360.164616.246431.8577207.4481
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 57 )A2 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 85 )A58 - 85
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 86 through 119 )A86 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 120 through 150 )A120 - 150
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 151 through 197 )A151 - 197
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 198 through 274 )A198 - 274
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 12 )B2 - 12
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 13 through 20 )B13 - 20
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 21 through 30 )B21 - 30
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 31 through 46 )B31 - 46
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 47 through 51 )B47 - 51
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 52 through 71 )B52 - 71
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 72 through 83 )B72 - 83
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 84 through 90 )B84 - 90
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 91 through 99 )B91 - 99
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 1 through 9 )C1 - 9

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る