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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7mfh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of BIO-32546 bound mouse Autotaxin | ||||||
要素 | Ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase family member 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/INHIBITOR / hydrolase inhibitor / Autotaxin / HYDROLASE (加水分解酵素) / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dinucleotide phosphatase activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / lysophospholipase activity / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / polysaccharide binding ...dinucleotide phosphatase activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase / sphingolipid catabolic process / phosphatidylcholine catabolic process / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / lysophospholipase activity / phosphodiesterase I activity / scavenger receptor activity / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / polysaccharide binding / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of focal adhesion assembly / estrous cycle / phospholipid metabolic process / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / cell chemotaxis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / nucleic acid binding / 免疫応答 / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / zinc ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Chodaparambil, J.V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2021 タイトル: Discovery of Potent Selective Nonzinc Binding Autotaxin Inhibitor BIO-32546. 著者: Ma, B. / Zhang, L. / Sun, L. / Xin, Z. / Kumaravel, G. / Marcotte, D. / Chodaparambil, J.V. / Wang, Q. / Wehr, A. / Jing, J. / Hong, V.S. / Wang, T. / Huang, C. / Shao, Z. / Mi, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7mfh.cif.gz | 407.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7mfh.ent.gz | 274.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7mfh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/7mfh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/7mfh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3nkmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 95844.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Enpp2, Npps2, Pdnp2 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾) 参照: UniProt: Q9R1E6, alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase |
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-糖 , 2種, 2分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 6種, 196分子
#4: 化合物 | ChemComp-ZF7 / ( | ||||||
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#5: 化合物 | ChemComp-IOD / | ||||||
#6: 化合物 | ChemComp-EDO / #7: 化合物 | ChemComp-ZN / #8: 化合物 | ChemComp-PEG / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.52 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M ammonium iodide, 0.1M sodium iodide, 28% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→46.13 Å / Num. obs: 40464 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 45.8 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 4035 / CC1/2: 0.56 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3nkm 解像度: 2.3→46.13 Å / SU ML: 0.358 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.8948 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.13 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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