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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ly7 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the elongation module of the bacillamide NRPS, BmdB, in complex with the oxidase BmdC | |||||||||
要素 |
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キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Nonribosomal peptide synthetases Bacillamide / FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | フラビンモノヌクレオチド / Chem-YOA 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Fortinez, C.M. / Sharon, I. / Schmeing, T.M. | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structures and function of a tailoring oxidase in complex with a nonribosomal peptide synthetase module. 著者: Camille Marie Fortinez / Kristjan Bloudoff / Connor Harrigan / Itai Sharon / Mike Strauss / T Martin Schmeing / 要旨: Nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) are large modular enzymes that synthesize secondary metabolites and natural product therapeutics. Most NRPS biosynthetic pathways include an NRPS and ...Nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) are large modular enzymes that synthesize secondary metabolites and natural product therapeutics. Most NRPS biosynthetic pathways include an NRPS and additional proteins that introduce chemical modifications before, during or after assembly-line synthesis. The bacillamide biosynthetic pathway is a common, three-protein system, with a decarboxylase that prepares an NRPS substrate, an NRPS, and an oxidase. Here, the pathway is reconstituted in vitro. The oxidase is shown to perform dehydrogenation of the thiazoline in the peptide intermediate while it is covalently attached to the NRPS, as the penultimate step in bacillamide D synthesis. Structural analysis of the oxidase reveals a dimeric, two-lobed architecture with a remnant RiPP recognition element and a dramatic wrapping loop. The oxidase forms a stable complex with the NRPS and dimerizes it. We visualized co-complexes of the oxidase bound to the elongation module of the NRPS using X-ray crystallography and cryo-EM. The three active sites (for adenylation, condensation/cyclization, and oxidation) form an elegant arc to facilitate substrate delivery. The structures enabled a proof-of-principle bioengineering experiment in which the BmdC oxidase domain is embedded into the NRPS. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ly7.cif.gz | 601.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ly7.ent.gz | 441.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ly7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/7ly7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/7ly7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38049.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 117245.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#3: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#4: 化合物 | ChemComp-YOA / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.17 % |
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結晶化 | 温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M sodium citrate, 14% (w/v) PEG3350, 0.08M guanidine hydrochloride, 0.1M Bis Tris propane pH6.1 and 5.6mg/ml of the dimeric complex of the elongation module of BmdB and the oxidase, BmdC |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.8→82.36 Å / Num. obs: 21691 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.3 % / Biso Wilson estimate: 90.34 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 4.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.8→4.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 21691 / CC1/2: 0.473 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5T3E, 7LY6, 7LY5 解像度: 3.8→49.28 Å / SU ML: 0.7435 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.2492 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 182.85 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.8→49.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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