PDB-7ly7: Crystal structure of the elongation module of the bacillamide NRP...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ly7

タイトル

Crystal structure of the elongation module of the bacillamide NRPS, BmdB, in complex with the oxidase BmdC

要素

BmdB, Bacillamide NRPS
BmdC, Oxidase

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / Nonribosomal peptide synthetases Bacillamide /

FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質)

機能・相同性

フラビンモノヌクレオチド / Chem-YOA

機能・相同性情報

生物種

Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.8 Å

データ登録者

Fortinez, C.M. / Sharon, I. / Schmeing, T.M.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structures and function of a tailoring oxidase in complex with a nonribosomal peptide synthetase module.
著者: Camille Marie Fortinez / Kristjan Bloudoff / Connor Harrigan / Itai Sharon / Mike Strauss / T Martin Schmeing /

要旨: Nonribosomal peptide synthetases (NRPSs) are large modular enzymes that synthesize secondary metabolites and natural product therapeutics. Most NRPS biosynthetic pathways include an NRPS and ...

履歴

登録	2021年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.0	2022年8月3日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_validate_close_contact / struct_conn Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight
改定 2.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ly7.cif.gz	601.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ly7.ent.gz	441.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ly7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/7ly7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ly/7ly7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	23587C 23588C 7ly4C 7ly5SC 7ly6SC 5t3eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	10363 3838 30171 3839 3836 2qu4-1 2857 5ibl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: BmdC, Oxidase

A: BmdB, Bacillamide NRPS

ヘテロ分子

157 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: BmdC, Oxidase

A: BmdB, Bacillamide NRPS

ヘテロ分子

B: BmdC, Oxidase

A: BmdB, Bacillamide NRPS

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
313 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.960, 149.960, 319.551
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22
Space group name Hall	P6₅2(x,y,z+1/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+1/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+2/3 #10: -y,-x,-z+1/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+5/6

#1: タンパク質	BmdC, Oxidase 分子量: 38049.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	BmdB, Bacillamide NRPS 分子量: 117245.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermoactinomyces vulgaris (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#4: 化合物	ChemComp-YOA / 5'-{[(2R,3S)-3-amino-2-({2-[(N-{(2R)-4-[(dihydroxyphosphanyl)oxy]-2-hydroxy-3,3-dimethylbutanoyl}-beta-alanyl)amino]ethyl}sulfanyl)-4-sulfanylbutane-1-sulfonyl]amino}-5'-deoxyadenosine 分子量: 789.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₄₄N₉O₁₂PS₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.17 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M sodium citrate, 14% (w/v) PEG3350, 0.08M guanidine hydrochloride, 0.1M Bis Tris propane pH6.1 and 5.6mg/ml of the dimeric complex of the elongation module of BmdB and the oxidase, BmdC

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.8→82.36 Å / Num. obs: 21691 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.3 % / B_iso Wilson estimate: 90.34 Å² / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 4.5
反射シェル	解像度: 3.8→4.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 21691 / CC_1/2: 0.473

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5T3E, 7LY6, 7LY5

5t3e

7ly6

7ly5

解像度: 3.8→49.28 Å / SU ML: 0.7435 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.2492
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3259	2172	10.01 %
R_work	0.2979	19519	-
obs	0.3006	21691	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 182.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.8→49.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10002	0	0	0	10002

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0034	10241
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7397	13914
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0465	1526
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	1800
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.1801	3803

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.8-3.88	0.4471	133	0.418	1197	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.88-3.97	0.534	132	0.529	1165	X-RAY DIFFRACTION	98.41
3.97-4.07	0.4103	132	0.3741	1187	X-RAY DIFFRACTION	100
4.07-4.18	0.3975	132	0.3545	1199	X-RAY DIFFRACTION	99.7
4.18-4.31	0.4011	132	0.3291	1188	X-RAY DIFFRACTION	100
4.31-4.44	0.3181	134	0.3235	1181	X-RAY DIFFRACTION	99.85
4.44-4.6	0.3473	132	0.286	1199	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6-4.79	0.3293	135	0.2705	1213	X-RAY DIFFRACTION	100
4.79-5	0.3027	135	0.2726	1218	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5-5.27	0.3178	132	0.2748	1196	X-RAY DIFFRACTION	100
5.27-5.6	0.3006	135	0.2692	1225	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.6-6.03	0.3157	137	0.2941	1218	X-RAY DIFFRACTION	100
6.03-6.63	0.2915	136	0.2737	1236	X-RAY DIFFRACTION	100
6.63-7.59	0.2986	140	0.2618	1246	X-RAY DIFFRACTION	100
7.59-9.55	0.2676	141	0.2534	1276	X-RAY DIFFRACTION	100
9.55-49.28	0.271	154	0.2513	1375	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.39207779438	-0.903201743331	-0.197159684017	1.27028915397	0.127489891915	0.194795231904	0.00185461786968	2.18358469747	-0.163796607722	-0.262399063606	1.2294251773	2.14249163859	-0.40100286448	-1.01047523344	-0.426300357368	1.75736242942	1.26255864968	-0.241442650921	3.03773209694	-1.22474756329	3.03316031416	-22.5117192664	11.5115263878	-5.76041451954
2	4.67048510289	0.190623130828	0.374830002317	6.44404465566	-0.18697858372	3.88624319988	0.25690388811	0.0785469868114	0.0729115742012	0.116748227088	-0.895065470278	0.408568797684	-0.76465037603	-0.219329646356	0.586898257943	0.757044073741	0.0933860052989	-0.0780205931274	0.673897804276	-0.0695782428446	0.392814434055	12.8961817743	9.46573452492	-0.0314957864249
3	0.0586841857852	0.940725036723	0.344124791816	0.800832561582	-0.367671933043	1.09225786411	0.317562450496	0.417770654425	2.06717445364	0.760289229449	-0.250972763813	0.763881307716	0.00345085714066	0.698598225574	-0.0160928079282	5.95316780742	-0.304632294911	-0.344834216837	2.03378188937	-0.509225305316	3.52505058437	11.2830612037	111.671390546	17.505332575
4	2.60945853701	0.998026876121	0.636032605941	1.6671943039	-0.132564361076	0.630928934965	-1.01411738461	0.45432374448	0.0982797436235	1.15736327458	-0.778186785161	1.99926655009	-0.753517998638	3.12630827729	-0.00945223024928	6.20499190863	-0.210792201191	-0.888450703482	2.84914962357	-0.370356269453	3.64909098582	14.0222515505	116.140308834	14.2425112526
5	0.270585533744	-0.181304021297	-0.237786243221	0.803541729973	0.112610274156	0.0360659127612	-0.228239808296	0.293285833232	0.669238019679	2.28569359642	0.345805648361	1.16010305238	-0.716500740533	0.0284085255517	0.0592543402313	3.16876917292	0.233050045707	-0.213455646051	2.41768367115	-0.232405330129	2.51032113005	-9.81758739964	108.590674609	7.31273145324
6	2.51939036081	-1.83168905895	0.151792619262	2.7301775223	0.394112329601	1.1796855393	0.198053515195	-0.500495321934	1.14327471585	0.383155912835	0.221143853631	-0.63077611225	-1.16641862578	0.135259331471	-0.780153347291	2.45504330313	0.0967714979343	-0.362189113173	1.11778286321	-0.166659707468	2.29717997954	1.91304536707	100.293055276	-3.70011944503
7	3.67502318561	0.164185798402	-0.507138691383	3.73715680727	1.52108135547	5.27016617349	0.0444673984965	0.023465279242	0.520339783957	0.554121433001	-0.356527494027	-0.2490238536	-0.0180394234771	-0.458047929187	0.237823893753	0.877089470274	0.54989471847	-0.532113672039	0.628638205769	-0.23576210343	1.10235256343	-0.100245179668	44.3072800724	-18.6582710488
8	1.79484798078	0.11774558047	-0.641801015775	4.13878989787	-0.486477365002	5.78245416351	-0.355266864599	-2.67599851813	0.533933611878	1.40785244495	-0.922806764172	0.223280745173	-1.22443328595	-1.70929123149	0.750305855271	1.81120577553	1.22230408883	-0.768404747737	1.3185057503	-0.422363030482	1.93690950323	-6.00524364089	58.0460057674	-3.78096861966

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 2 through 73 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 74 through 330 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 847 through 950 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 951 through 1001 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1002 through 1055 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 1056 through 1288 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1289 through 1580 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 1581 through 1901)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)