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- PDB-7luz: GQTVTK segment from the Nucleoprotein of SARS-CoV-2, residues 243-248 -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7luz | ||||||||||||
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Title | GQTVTK segment from the Nucleoprotein of SARS-CoV-2, residues 243-248 | ||||||||||||
![]() | Nucleoprotein GQTVTK | ||||||||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / ![]() | ||||||||||||
Function / homology | ![]() cytoplasmic capsid assembly / viral RNA genome packaging / response to host immune response / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / intracellular non-membrane-bounded organelle / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways ...cytoplasmic capsid assembly / viral RNA genome packaging / response to host immune response / negative regulation of interferon-beta production / Maturation of nucleoprotein / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / intracellular non-membrane-bounded organelle / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RNA stem-loop binding / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / molecular condensate scaffold activity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / MHC class I protein complex / Interleukin-1 signaling / ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||||||||
Model details | Amyloid Fibril | ||||||||||||
![]() | Balbirnie, M. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S. / Cascio, D. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Inhibition of amyloid formation of the Nucleoprotein of SARS-CoV-2. Authors: Tayeb-Fligelman, E. / Cheng, X. / Tai, C. / Bowler, J.T. / Griner, S. / Sawaya, M.R. / Seidler, P.M. / Jiang, Y.X. / Lu, J. / Rosenberg, G.M. / Salwinski, L. / Abskharon, R. / Zee, C.T. / ...Authors: Tayeb-Fligelman, E. / Cheng, X. / Tai, C. / Bowler, J.T. / Griner, S. / Sawaya, M.R. / Seidler, P.M. / Jiang, Y.X. / Lu, J. / Rosenberg, G.M. / Salwinski, L. / Abskharon, R. / Zee, C.T. / Hou, K. / Li, Y. / Boyer, D.R. / Murray, K.A. / Falcon, G. / Anderson, D.H. / Cascio, D. / Saelices, L. / Damoiseaux, R. / Guo, F. / Eisenberg, D.S. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 14.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 7.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein/peptide | Mass: 633.714 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P0DTC9 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.69 Å3/Da / Density % sol: 27.14 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 2M Ammonium Sulfate, HEPES, pH 7.5, PEG 400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 20, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.1→22.874 Å / Num. obs: 1726 / % possible obs: 87.1 % / Redundancy: 2.71 % / Biso Wilson estimate: 11.978 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 0.884 / Net I/σ(I): 6.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() Details: Hydrogens have been added in their riding positions
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 10.078 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.101→22.874 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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