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- PDB-7lu8: Structure of the cryptic HMA domain of the human copper transport... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lu8
タイトルStructure of the cryptic HMA domain of the human copper transporter ATP7A
要素Copper-transporting ATPase 1
キーワードMETAL TRANSPORT / copper transport / heavy metal associated domain / ATP7A / membrane transporter (膜輸送体)
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidyl-lysine modification / epinephrine metabolic process / elastin biosynthetic process / positive regulation of response to wounding / tryptophan metabolic process / cellular response to cobalt ion / Ion influx/efflux at host-pathogen interface / positive regulation of tyrosinase activity / copper-dependent protein binding / cerebellar Purkinje cell differentiation ...peptidyl-lysine modification / epinephrine metabolic process / elastin biosynthetic process / positive regulation of response to wounding / tryptophan metabolic process / cellular response to cobalt ion / Ion influx/efflux at host-pathogen interface / positive regulation of tyrosinase activity / copper-dependent protein binding / cerebellar Purkinje cell differentiation / elastic fiber assembly / response to iron(III) ion / P-type divalent copper transporter activity / P-type monovalent copper transporter activity / P-type Cu+ transporter / copper ion transmembrane transporter activity / positive regulation of melanin biosynthetic process / superoxide dismutase copper chaperone activity / cellular response to lead ion / copper ion export / pyramidal neuron development / copper ion import / copper ion homeostasis / copper ion transport / melanosome membrane / catecholamine metabolic process / serotonin metabolic process / detoxification of copper ion / regulation of oxidative phosphorylation / norepinephrine metabolic process / trans-Golgi network transport vesicle / T-helper cell differentiation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / collagen fibril organization / cartilage development / response to manganese ion / negative regulation of iron ion transmembrane transport / 顔料 / cellular response to antibiotic / skin development / hair follicle morphogenesis / dopamine metabolic process / response to zinc ion / lung alveolus development / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / positive regulation of catalytic activity / central nervous system neuron development / blood vessel development / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cuprous ion binding / cell leading edge / 微絨毛 / Ion transport by P-type ATPases / positive regulation of cell size / intracellular copper ion homeostasis / blood vessel remodeling / positive regulation of lamellipodium assembly / cellular response to copper ion / cellular response to cadmium ion / 授乳 / removal of superoxide radicals / mitochondrion organization / extracellular matrix organization / neuron projection morphogenesis / trans-Golgi network membrane / liver development / locomotory behavior / 分泌 / female pregnancy / positive regulation of epithelial cell proliferation / brush border membrane / cellular response to amino acid stimulus / ゴルジ体 / cellular response to iron ion / small GTPase binding / phagocytic vesicle membrane / late endosome / protein-folding chaperone binding / early endosome membrane / cellular response to hypoxia / basolateral plasma membrane / perikaryon / in utero embryonic development / postsynaptic density / neuron projection / apical plasma membrane / copper ion binding / 神経繊維 / neuronal cell body / 樹状突起 / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / 小胞体 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain ...Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Copper-transporting ATPase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lee, W. / Uhlemann, E.E. / Tonelli, M. / Dmitriev, O.Y.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2017-06822 カナダ
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2021
タイトル: At sixes and sevens: cryptic domain in the metal binding chain of the human copper transporter ATP7A.
著者: Uhlemann, E.E. / Lee, W. / Tonelli, M. / Dmitriev, O.Y.
履歴
登録2021年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper-transporting ATPase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3681
ポリマ－8,3681
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 2000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Copper-transporting ATPase 1 / Copper pump 1 / Menkes disease-associated protein


分子量: 8367.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATP7A, MC1, MNK / プラスミド: pTYB12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Arctic Express DE3 / 参照: UniProt: Q04656, P-type Cu+ transporter

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic32D 1H-15N HSQC
121isotropic33D HNCA
131isotropic33D HN(CA)CB
141isotropic33D 1H-15N NOESY
171isotropic33D CBCA(CO)NH

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.35 mM [U-13C; U-15N] HMA2A, 50 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 5 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O
Label: 13C_15N_sample / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.35 mMHMA2A[U-13C; U-15N]1
50 mMHEPESnatural abundance1
150 mMsodium chloridenatural abundance1
5 mMTCEPnatural abundance1
試料状態イオン強度: 210 mM / Ionic strength err: 10 / Label: 13C_15N_sample / pH: 7.4 / PH err: 0.02 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9001
Varian Uniform NMR SystemVarianUniform NMR System6002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6003

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解析

NMR software
名称開発者分類
VNMRVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
APESLeepeak picking
NMRFAM-SPARKYLee, Tonelli, Markleychemical shift assignment
I-PINELee, Bahrami, Dashti, Eghbalnia, Tonelli, Westler and Markleychemical shift assignment
CS-ROSETTAShen, Vernon, Baker and Baxstructure calculation
PONDEROSA-C/SLee, Stark, Markleystructure calculation
AUDANALee, Petit, Cornilescu, Stark, Markleyデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5 / 詳細: torsion angle dynamics
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 2000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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