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Yorodumi- PDB-7lr1: Crystal structure of GH5_18 from Bifidobacterium longum subsp. lo... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7lr1 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of GH5_18 from Bifidobacterium longum subsp. longum ATCC 55813 | ||||||
Components | Glycosyl hydrolase BlGH5_18 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Glycosidase / N-glycan / CAZyme | ||||||
| Function / homology | Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / PHOSPHATE ION / Glycosyl hydrolase Function and homology information | ||||||
| Biological species | Bifidobacterium longum subsp. longum ATCC 55813 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Higgins, M.A. / Ryan, K.S. | ||||||
| Funding support | Canada, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Acs Chem.Biol. / Year: 2021Title: N-Glycan Degradation Pathways in Gut- and Soil-Dwelling Actinobacteria Share Common Core Genes. Authors: Higgins, M.A. / Tegl, G. / MacDonald, S.S. / Arnal, G. / Brumer, H. / Withers, S.G. / Ryan, K.S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7lr1.cif.gz | 860.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7lr1.ent.gz | 584.2 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7lr1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7lr1_validation.pdf.gz | 494.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7lr1_full_validation.pdf.gz | 505.3 KB | Display | |
| Data in XML | 7lr1_validation.xml.gz | 84.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 7lr1_validation.cif.gz | 132.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/7lr1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/7lr1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7lqxSC ![]() 7lr2C ![]() 7lr6C ![]() 7lr7C ![]() 7lr8C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 49622.227 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bifidobacterium longum subsp. longum ATCC 55813 (bacteria)Gene: HMPREF0175_1989 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.97 Å3/Da / Density % sol: 58.59 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.22 M ammonium phosphate monobasic |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.97949 Å |
| Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Apr 20, 2016 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.8→62.61 Å / Num. obs: 218071 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 5 % / Biso Wilson estimate: 16.26 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 8.6 |
| Reflection shell | Resolution: 1.8→1.83 Å / Num. unique obs: 10715 / CC1/2: 0.727 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 7LQX Resolution: 1.8→55.48 Å / SU ML: 0.1538 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 15.5739 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 21.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→55.48 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Controller
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Bifidobacterium longum subsp. longum ATCC 55813 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Canada, 1items
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