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- PDB-7lqx: Crystal structure of a GH5_18 from Bifidobacterium longum subsp. ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7lqx | ||||||
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Title | Crystal structure of a GH5_18 from Bifidobacterium longum subsp. infantis | ||||||
![]() | Glycosyl hydrolase BlGH5_18 | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | Glycoside hydrolase superfamily / Uncharacterized protein![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Higgins, M.A. / Ryan, K.S. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: N-Glycan Degradation Pathways in Gut- and Soil-Dwelling Actinobacteria Share Common Core Genes. Authors: Higgins, M.A. / Tegl, G. / MacDonald, S.S. / Arnal, G. / Brumer, H. / Withers, S.G. / Ryan, K.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 320.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 227 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 51460.344 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 15697 / DSM 20088 / JCM 1222 / NCTC 11817 / S12 Gene: Blon_2377 / Production host: ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-EDO / ![]() #3: Chemical | ![]() #4: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.91 Å3/Da / Density % sol: 35.49 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 8 % PEG 2000, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Apr 20, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.3→44.4 Å / Num. obs: 95210 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 9.72 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.3→1.32 Å / Redundancy: 7.3 % / Num. unique obs: 4688 / CC1/2: 0.908 / % possible all: 99.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.46 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.3→44.4 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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