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万見
- PDB-7lq1: HUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH COMPOUND 28 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lq1
タイトルHUMAN PI3KDELTA IN COMPLEX WITH COMPOUND 28
要素
  • Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
  • Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / PI3KDELTA KINASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell chemotaxis / mast cell differentiation / mast cell chemotaxis / natural killer cell differentiation / positive regulation of epithelial tube formation / perinuclear endoplasmic reticulum membrane / natural killer cell chemotaxis / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / neutrophil extravasation / positive regulation of neutrophil apoptotic process ...B cell chemotaxis / mast cell differentiation / mast cell chemotaxis / natural killer cell differentiation / positive regulation of epithelial tube formation / perinuclear endoplasmic reticulum membrane / natural killer cell chemotaxis / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / neutrophil extravasation / positive regulation of neutrophil apoptotic process / phosphatidylinositol kinase activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / respiratory burst involved in defense response / positive regulation of focal adhesion disassembly / IRS-mediated signalling / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / interleukin-18-mediated signaling pathway / PI3K events in ERBB4 signaling / myeloid leukocyte migration / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / neurotrophin TRKA receptor binding / Activated NTRK2 signals through PI3K / T cell chemotaxis / natural killer cell activation / cis-Golgi network / Activated NTRK3 signals through PI3K / ErbB-3 class receptor binding / RHOF GTPase cycle / kinase activator activity / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / RHOD GTPase cycle / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / enzyme-substrate adaptor activity / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / phosphatidylinositol 3-kinase complex / Nephrin family interactions / RND1 GTPase cycle / Costimulation by the CD28 family / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / RND2 GTPase cycle / MET activates PI3K/AKT signaling / PI3K/AKT activation / RND3 GTPase cycle / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of filopodium assembly / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / vascular endothelial growth factor signaling pathway / negative regulation of stress fiber assembly / PI3キナーゼ / growth hormone receptor signaling pathway / insulin binding / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / RHOV GTPase cycle / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / RHOB GTPase cycle / negative regulation of cell-matrix adhesion / mast cell degranulation / Signaling by ALK / GP1b-IX-V activation signalling / PI-3K cascade:FGFR3 / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / B cell activation / PI-3K cascade:FGFR2 / RHOJ GTPase cycle / PI-3K cascade:FGFR4 / RHOC GTPase cycle / PI-3K cascade:FGFR1 / negative regulation of osteoclast differentiation / intracellular glucose homeostasis / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol-mediated signaling / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / CDC42 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / PI3K events in ERBB2 signaling / RHOG GTPase cycle / T cell differentiation / RET signaling / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K Cascade / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / Role of phospholipids in phagocytosis / GAB1 signalosome / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Interleukin receptor SHC signaling / positive regulation of lamellipodium assembly / phosphatidylinositol 3-kinase binding / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / Signaling by FGFR4 in disease / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / Signaling by FGFR3 in disease
類似検索 - 分子機能
PI3Kdelta, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Rho GTPase-activating protein domain ...PI3Kdelta, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Rho GTPase activation protein / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YA7 / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Lesburg, C.A. / Augustin, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2021
タイトル: Discovery of a new series of PI3K-delta inhibitors from Virtual Screening.
著者: Fradera, X. / Deng, Q. / Achab, A. / Garcia, Y. / Kattar, S.D. / McGowan, M.A. / Methot, J.L. / Wilson, K. / Zhou, H. / Shaffer, L. / Goldenblatt, P. / Tong, V. / Augustin, M.A. / Altman, M.D. ...著者: Fradera, X. / Deng, Q. / Achab, A. / Garcia, Y. / Kattar, S.D. / McGowan, M.A. / Methot, J.L. / Wilson, K. / Zhou, H. / Shaffer, L. / Goldenblatt, P. / Tong, V. / Augustin, M.A. / Altman, M.D. / Lesburg, C.A. / Shah, S. / Katz, J.D.
履歴
登録2021年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
B: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,0724
ポリマ－140,5132
非ポリマー5592
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area54820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.551, 108.590, 142.424
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform / PI3-kinase subunit delta / PI3K-delta / PI3Kdelta / PtdIns-3-kinase subunit delta / ...PI3-kinase subunit delta / PI3K-delta / PI3Kdelta / PtdIns-3-kinase subunit delta / Phosphatidylinositol 4 / 5-bisphosphate 3-kinase 110 kDa catalytic subunit delta / PtdIns-3-kinase subunit p110-delta / p110delta


分子量: 119633.023 Da / 分子数: 1 / 断片: PI3-KINASE P110 DELTA AND P85 FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3CD
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O00329, PI3キナーゼ, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
#2: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit ...PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit p85-alpha


分子量: 20879.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3R1, GRB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P27986
#3: 化合物 ChemComp-YA7 / N-(5-(6-(2-((2S,6R)-2,6-dimethylmorpholino)pyridin-4-yl)-1-oxoisoindolin-4-yl)-2-methoxypyridin-3-yl)methanesulfonamide


分子量: 523.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H29N5O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 16% PEG6000, 0.10 M KCL, 0.10 M MES PH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.96→86.35 Å / Num. obs: 30000 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / Rrim(I) all: 0.116 / Rsym value: 0.093 / Net I/av σ(I): 1.6 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.96→3.2 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 6066 / Rrim(I) all: 0.737 / Rsym value: 0.592 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC5.6.0117位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PREVIOUSLY DERIVED MODEL

解像度: 2.96→86.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 44.465 / SU ML: 0.385 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.469 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2805 649 2.2 %RANDOM
Rwork0.2131 ---
obs0.2146 29272 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 260.97 Å2 / Biso mean: 90.701 Å2 / Biso min: 33.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.87 Å20 Å20 Å2
2--2.72 Å20 Å2
3----6.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.96→86.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9145 0 38 7 9190
Biso mean--80.79 60.91 -
残基数----1119
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.029375
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026521
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0141.97112656
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93315864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.45251109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.74524.19463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.809151736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9431566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.21383
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02110236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021906
LS精密化 シェル解像度: 2.96→3.037 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.594 36 -
Rwork0.344 1947 -
all-1983 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.34092.8758-2.68855.2878-2.48377.405-0.2475-0.32350.23190.3650.2309-0.1361-0.0942-0.03020.01660.1615-0.04320.02670.2037-0.04440.155943.329117.4232-11.2476
22.00020.7697-0.11885.26372.80646.93710.1238-0.04730.7262-0.0560.2335-0.0472-1.46630.3119-0.35730.4557-0.02620.15920.25660.08470.54922.406234.831517.3016
32.39860.6417-0.43424.5831.21622.2675-0.31720.3831-0.1238-0.23240.09420.5550.6229-0.31950.2230.5353-0.1392-0.02720.3759-0.10520.35616.6074-7.40477.0635
44.56610.44-1.1872.57420.42672.873-0.05270.1941-0.2-0.00290.05680.75330.2715-0.8081-0.00410.1288-0.0243-0.03740.29790.10690.3914-0.970510.482617.4403
53.3103-0.0552-1.32322.7414-0.53175.81980.0838-0.2234-0.08140.2102-0.2676-0.9126-0.20661.25010.18380.1197-0.0583-0.03610.34290.10990.468335.783516.523323.1618
64.25011.58611.47112.48550.20816.42290.3215-0.5892-0.3190.8452-0.2817-0.3717-0.03430.4993-0.03980.4401-0.0802-0.090.2010.07360.338923.202812.068446.3188
72.82571.9287-4.77791.8789-4.016410.3146-0.3353-0.0713-0.3199-0.2281-0.095-0.25020.42440.23770.43030.3978-0.03170.03370.2681-0.07410.385429.5003-8.86217.2303
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2A109 - 278
3X-RAY DIFFRACTION3A279 - 474
4X-RAY DIFFRACTION4A475 - 675
5X-RAY DIFFRACTION5A676 - 830
6X-RAY DIFFRACTION6A831 - 1050
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 1000

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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