+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7lp4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of Nedd4L WW3 domain | ||||||
要素 | E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) / PPxY binding / E3 Ubiquitin ligase (ユビキチンリガーゼ) / Nedd4L (NEDD4L) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of caveolin-mediated endocytosis / RING-type E3 ubiquitin transferase (cysteine targeting) / negative regulation of sodium ion transmembrane transport / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / regulation of sodium ion transmembrane transport / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of protein localization to cell surface / regulation of membrane repolarization ...positive regulation of caveolin-mediated endocytosis / RING-type E3 ubiquitin transferase (cysteine targeting) / negative regulation of sodium ion transmembrane transport / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / regulation of sodium ion transmembrane transport / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of protein localization to cell surface / regulation of membrane repolarization / positive regulation of dendrite extension / HECT-type E3 ubiquitin transferase / potassium channel inhibitor activity / ventricular cardiac muscle cell action potential / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / sodium channel inhibitor activity / regulation of dendrite morphogenesis / regulation of membrane depolarization / protein monoubiquitination / sodium channel regulator activity / potassium channel regulator activity / protein K48-linked ubiquitination / monoatomic ion transmembrane transport / エンドソーム / regulation of membrane potential / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / regulation of protein stability / Budding and maturation of HIV virion / Stimuli-sensing channels / ubiquitin-protein transferase activity / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / 細胞分化 / protein ubiquitination / ゴルジ体 / extracellular exosome / 核質 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing / molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Alam, S.L. / Alian, A. / Thompson, T. / Rheinemann, L. / Volkman, B.F. / Peterson, F.C. / Sundquist, W.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021 タイトル: Interactions between AMOT PPxY motifs and NEDD4L WW domains function in HIV-1 release. 著者: Rheinemann, L. / Thompson, T. / Mercenne, G. / Paine, E.L. / Peterson, F.C. / Volkman, B.F. / Alam, S.L. / Alian, A. / Sundquist, W.I. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7lp4.cif.gz | 326.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7lp4.ent.gz | 274.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7lp4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/7lp4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lp/7lp4 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 7lp1C 7lp2C 7lp3C 7lp5C C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5606.483 Da / 分子数: 1 / 断片: WW 3 domain, residues 493-539 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD4L, KIAA0439, NEDL3 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q96PU5, HECT-type E3 ubiquitin transferase |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-試料調製
詳細 |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料 |
| ||||||||||||||||||||||||||||
試料状態 | イオン強度: 50 mM / Label: apo / pH: 7.5 / 圧: 1 bar / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
|
---|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 |
| ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: target function | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |