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- PDB-7ljt: Porcine Dihydropyrimidine Dehydrogenase (DPD) soaked with 5-Ethyn... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ljt
タイトルPorcine Dihydropyrimidine Dehydrogenase (DPD) soaked with 5-Ethynyluracil (5EU), NADPH - 20 minutes
要素Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
キーワードFLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / Dihydropyrimidine dehydrogenase (ジヒドロピリミジンデヒドロゲナーゼ (NADP+)) / DPD / dehydrogenase (脱水素酵素) / 5-ethynyluracil / 5EU / inhibitor (酵素阻害剤) / inactivator
機能・相同性
機能・相同性情報


ジヒドロピリミジンデヒドロゲナーゼ (NADP+) / thymidine catabolic process / dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) activity / uracil binding / beta-alanine biosynthetic process / thymine catabolic process / uracil catabolic process / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding ...ジヒドロピリミジンデヒドロゲナーゼ (NADP+) / thymidine catabolic process / dihydropyrimidine dehydrogenase (NADP+) activity / uracil binding / beta-alanine biosynthetic process / thymine catabolic process / uracil catabolic process / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / protein homodimerization activity / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Dihydroprymidine dehydrogenase domain II / Dihydroprymidine dehydrogenase domain II, 4Fe-4S cluster / 4Fe-4S dicluster domain / Alpha-helical ferredoxin / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. ...Dihydroprymidine dehydrogenase domain II / Dihydroprymidine dehydrogenase domain II, 4Fe-4S cluster / 4Fe-4S dicluster domain / Alpha-helical ferredoxin / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / フラビンモノヌクレオチド / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 鉄・硫黄クラスター / 5-ethynylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione / Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Butrin, A. / Forouzesh, D. / Beaupre, B. / Wawrzak, Z. / Liu, D. / Moran, G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: The Interaction of Porcine Dihydropyrimidine Dehydrogenase with the Chemotherapy Sensitizer: 5-Ethynyluracil.
著者: Forouzesh, D.C. / Beaupre, B.A. / Butrin, A. / Wawrzak, Z. / Liu, D. / Moran, G.R.
履歴
登録2021年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
B: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
C: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
D: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)460,52536
ポリマ－446,4134
非ポリマー14,11232
水64,1333560
1
A: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
B: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,26318
ポリマ－223,2072
非ポリマー7,05616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33580 Å2
ΔGint-297 kcal/mol
Surface area68370 Å2
手法PISA
2
C: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
D: Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,26318
ポリマ－223,2072
非ポリマー7,05616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33240 Å2
ΔGint-298 kcal/mol
Surface area68030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.251, 158.861, 162.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.710, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Dihydropyrimidine dehydrogenase [NADP(+)] / DPD / Dihydrothymine dehydrogenase / Dihydrouracil dehydrogenase


分子量: 111603.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: DPYD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q28943, ジヒドロピリミジンデヒドロゲナーゼ (NADP+)

-
非ポリマー , 6種, 3592分子

#2: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#3: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-Y3G / 5-ethynylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione / 5-エチニルウラシル


分子量: 136.108 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3560 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystals were obtained by soaking. In each case DPD was crystallized by the vapor diffusion, hanging drop method by mixing 3 uL of 39 uM DPD in 25 mM HEPES, 2 mM DTT, 10% glycerol, pH 7.5 ...詳細: Crystals were obtained by soaking. In each case DPD was crystallized by the vapor diffusion, hanging drop method by mixing 3 uL of 39 uM DPD in 25 mM HEPES, 2 mM DTT, 10% glycerol, pH 7.5 with 3 uL of well solution containing 100 mM NaCl, 2 mM DTT, 18% PEG 6000, pH 4.7. The crystals were then soaked for 20 minutes in 25 mM HEPES, 100 mM NaCl, 2 mM DTT, 100 uM NADPH, 100 uM 5EU, 20% PEG 6000, 20% PEG 400, pH 7.5.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→71.26 Å / Num. obs: 254113 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 17.04 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Rpim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.98-2.0140.8151.6109400.6150.45577
10.84-71.264.50.05919.318000.9380.03398.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H7X

1h7x


解像度: 1.98→60.53 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 12776 5.03 %
Rwork0.183 241243 -
obs0.1848 254019 88.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 64.53 Å2 / Biso mean: 21.2584 Å2 / Biso min: 3.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→60.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数30847 0 696 3560 35103
Biso mean--15.23 30.69 -
残基数----4039
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.98-20.29513870.2627000738777
2-2.030.28684030.24796876727977
2.03-2.050.29123460.24447001734776
2.05-2.080.27743730.24596817719076
2.08-2.10.2673710.23056978734977
2.1-2.130.27153650.23296921728677
2.13-2.160.26633680.2237018738677
2.16-2.20.26684180.21836894731278
2.2-2.230.25673820.20857071745378
2.23-2.270.23973820.20897167754979
2.27-2.310.2493470.20977195754279
2.31-2.350.24313940.20347380777481
2.35-2.390.24373950.19927500789583
2.39-2.440.24964050.19217670807585
2.44-2.490.24114070.1947935834287
2.49-2.550.20274390.19378130856990
2.55-2.620.23724410.19428268870992
2.62-2.690.23374300.19578592902294
2.69-2.770.22034610.19658801926297
2.77-2.860.24924860.19498920940698
2.86-2.960.22344900.18699004949499
2.96-3.080.22174980.181690549552100
3.08-3.220.20144830.177890489531100
3.22-3.390.21245160.175191109626100
3.39-3.60.20334590.162591079566100
3.6-3.880.17884410.15291369577100
3.88-4.270.18255020.144890969598100
4.27-4.880.17234930.145791239616100
4.88-6.150.20634240.16692229646100
6.15-60.530.1844700.1629209967999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.05-0.124-0.28510.32360.11880.41270.0022-0.0350.05390.0505-0.023-0.0364-0.04040.03230.01770.1525-0.0157-0.0230.07680.00080.103332.171567.581576.4082
21.68420.14331.07550.13190.36741.6602-0.0021-0.13260.04550.08710.00210.00910.0093-0.01390.01240.17260.00640.02360.1006-0.00030.142119.618480.609798.3502
30.5504-0.2094-0.20830.39920.07820.71960.04220.0999-0.0437-0.0504-0.0454-0.00510.0169-0.02080.00550.0924-0.0015-0.03720.09690.0030.123520.729354.323852.8105
41.35140.1150.34530.6132-0.21881.0297-0.02410.03050.3635-0.0386-0.0272-0.0262-0.3267-0.0195-0.01150.19270.0015-0.01010.09940.01570.169546.926375.153262.3583
51.1474-0.10960.33690.3264-0.13150.52010.0105-0.0212-0.06070.04390.00970.02980.04810.0011-0.01870.1409-0.012-0.00880.0946-0.00540.091346.401346.867484.8089
61.3243-0.3642-1.06580.21380.47051.36080.0131-0.18840.07780.06480.0196-0.0438-0.05850.1258-0.03470.1692-0.0087-0.05350.15650.02220.146256.415750.7394107.6602
71.2662-0.0276-0.3450.47050.11450.3461-0.00230.0382-0.1365-0.00750.00520.00780.09410.0047-0.01440.12-0.001-0.05030.0947-0.01150.116145.840342.985258.7633
80.89230.0572-0.42870.1314-0.12480.494-0.00960.04650.0604-0.0390.01070.0486-0.0061-0.037-0.00080.13720.0157-0.01330.0916-0.02550.119520.143795.295-8.9845
90.75260.28460.51150.62760.25610.9586-0.07870.1920.0347-0.1510.03990.0533-0.07590.07140.03010.22090.0038-0.01210.2145-0.00140.181737.8789100.2035-30.523
101.5704-0.1904-0.2452.12730.12752.0415-0.1134-0.02310.0817-0.0618-0.01240.0483-0.1917-0.02170.12230.1858-0.0362-0.02170.3381-0.03730.204217.606791.0454-33.1147
111.48280.39320.76750.41550.46390.79510.0159-0.0185-0.23010.00650.0172-0.01320.1904-0.0468-0.02990.21710.00120.02890.17770.00810.19428.716682.3489-34.5199
120.17430.04350.06960.2776-0.09030.77870.017-0.03570.02960.03-0.0028-0.0406-0.01390.1189-0.01610.0770.0088-0.00950.105-0.02840.131637.468594.485619.0538
131.38331.15590.65540.92790.5330.40740.0782-0.2431-0.16220.2925-0.0387-0.1580.08-0.0319-0.04830.16030.0078-0.00820.1893-0.02490.161623.769598.762237.6861
140.52030.417-0.270.78010.0830.2667-0.01620.03620.1369-0.10890.03050.0418-0.0807-0.11280.0020.09790.0284-0.00710.1338-0.00740.135218.3075101.846911.7444
151.09250.03120.55640.83430.34090.5432-0.0130.2010.2345-0.11960.0226-0.0062-0.23770.03570.00060.1502-0.00240.01180.11390.02310.18062.1225108.49360.7191
160.86340.23120.25920.42090.0910.34360.02010.0349-0.1267-0.0406-0.0024-0.04470.05030.0216-0.00930.11280.0190.0030.0774-0.02890.10412.606172.3624-0.2862
170.3330.00630.00450.54080.37230.5478-0.00810.1251-0.073-0.11920.00550.02150.0211-0.00860.00080.1540.0007-0.01790.1438-0.00110.1581-8.251668.801-11.0222
181.5206-0.2102-0.4330.1424-0.1040.6051-0.0485-0.1213-0.10850.06960.0324-0.00080.08330.0342-0.00120.0982-0.0155-0.02810.0812-0.00220.08686.38583.799723.7915
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 196 )A2 - 196
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 197 through 488 )A197 - 488
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 489 through 879 )A489 - 879
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 880 through 1017 )A880 - 1017
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 237 )B3 - 237
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 238 through 511 )B238 - 511
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 512 through 1018 )B512 - 1018
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 3 through 237 )C3 - 237
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 238 through 302 )C238 - 302
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 303 through 373 )C303 - 373
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 374 through 488 )C374 - 488
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 489 through 668 )C489 - 668
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 669 through 750 )C669 - 750
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 751 through 879 )C751 - 879
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 880 through 1017 )C880 - 1017
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 3 through 237 )D3 - 237
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 238 through 606 )D238 - 606
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 607 through 1019 )D607 - 1019

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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