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- PDB-7lh9: Crystal structure of BRPF2 PWWP domain in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7lh9
タイトルCrystal structure of BRPF2 PWWP domain in complex with DNA
要素
  • Bromodomain-containing protein 1
  • DNAデオキシリボ核酸
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / BRPF2 / PWWP / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3-K14 acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / erythrocyte maturation / response to immobilization stress / response to electrical stimulus / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / histone reader activity / positive regulation of erythrocyte differentiation ...histone H3-K14 acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / erythrocyte maturation / response to immobilization stress / response to electrical stimulus / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / histone reader activity / positive regulation of erythrocyte differentiation / HATs acetylate histones / histone binding / perikaryon / nuclear speck / クロマチンリモデリング / 樹状突起 / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
BRPF2, ePHD domain / BRPF2, PHD domain / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain ...BRPF2, ePHD domain / BRPF2, PHD domain / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Bromodomain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zhang, M. / Lei, M. / Qin, S. / Dong, A. / Yang, A. / Li, Y. / Loppnau, P. / Hughes, T.R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Zhang, M. / Lei, M. / Qin, S. / Dong, A. / Yang, A. / Li, Y. / Loppnau, P. / Hughes, T.R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Liu, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gene Regul Mech / 年: 2021
タイトル: Crystal structure of the BRPF2 PWWP domain in complex with DNA reveals a different binding mode than the HDGF family of PWWP domains.
著者: Zhang, M. / Lei, M. / Qin, S. / Dong, A. / Yang, A. / Li, Y. / Loppnau, P. / Hughes, T.R. / Min, J. / Liu, Y.
履歴
登録2021年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 1
B: Bromodomain-containing protein 1
C: Bromodomain-containing protein 1
D: Bromodomain-containing protein 1
E: DNA
F: DNA
G: DNA
H: DNA
I: DNA
J: DNA
K: DNA
L: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,54212
ポリマ－86,54212
非ポリマー00
水0
1
A: Bromodomain-containing protein 1
E: DNA
F: DNA

E: DNA
F: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9625
ポリマ－28,9625
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
2
B: Bromodomain-containing protein 1
G: DNA
H: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6363
ポリマ－21,6363
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Bromodomain-containing protein 1
I: DNA
J: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6363
ポリマ－21,6363
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Bromodomain-containing protein 1
K: DNA
L: DNA

K: DNA
L: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9625
ポリマ－28,9625
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.410, 216.113, 54.037
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 1026 - 1029 / Label seq-ID: 103 - 106

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1DD
2AA

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.461525, 0.863089, -0.205114), (-0.719455, 0.228881, -0.655742), (-0.519017, 0.450211, 0.726588)23.3783, 50.509892, 7.26127

-
要素

#1: タンパク質
Bromodomain-containing protein 1 / BR140-like protein / Bromodomain and PHD finger-containing protein 2 / BRPF2


分子量: 14308.836 Da / 分子数: 4 / 断片: PWWP domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD1, BRL, BRPF2 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O95696
#2: DNA鎖
DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 3663.392 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.17 % / Mosaicity: 0.913 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Magnesium Acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月20日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 25975 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 1.253 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 92761
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.643.50.86213390.5050.5341.0191.19298.5
2.64-2.693.60.7313240.5820.4390.8551.24597
2.69-2.743.70.64812520.6710.3870.7581.10398.4
2.74-2.83.60.57213020.7340.3440.6711.16297.4
2.8-2.863.60.47913110.6150.2930.5641.30196.8
2.86-2.933.60.4113130.8320.2490.4821.21998.4
2.93-33.50.36212610.8360.2190.4251.26794.7
3-3.083.40.26113080.9370.1630.3091.24997.2
3.08-3.173.20.22312470.9510.1450.2681.26394.5
3.17-3.283.70.15913080.990.0960.1861.36398.2
3.28-3.393.60.09813090.9960.060.1161.36497
3.39-3.533.70.12612820.9760.0760.1481.33297.5
3.53-3.693.60.10313090.9860.0630.1211.35795.7
3.69-3.883.60.09112430.9830.0560.1081.4196.1
3.88-4.133.30.0712880.9880.0440.0841.28295.5
4.13-4.453.70.06313150.9930.0370.0731.20997.6
4.45-4.893.70.05412910.9940.0320.0631.1296.9
4.89-5.63.60.05413100.9940.0330.0641.40397.7
5.6-7.053.50.05413090.9940.0330.0641.17797.1
7.05-503.80.05113540.9970.0290.0591.06898.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.05 Å41.6 Å
Translation4.05 Å41.6 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z02

4z02


解像度: 2.6→41.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 14.055 / SU ML: 0.292 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.744 / ESU R Free: 0.344 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2784 1042 4 %RANDOM
Rwork0.2249 ---
obs0.227 24880 96.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 178.89 Å2 / Biso mean: 51.445 Å2 / Biso min: 23.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.69 Å20 Å2-0.42 Å2
2--2.83 Å2-0 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→41.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3394 1959 0 0 5353
残基数----548
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0125675
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0184291
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3551.4438113
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3041.9349977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1645445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.36822.677127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.12315540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1531512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2757
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024976
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021180
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: D / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
7LOOSE POSITIONAL0.035
24TIGHT THERMAL23.020.5
7LOOSE THERMAL20.9210
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.449 63 -
Rwork0.373 1854 -
all-1917 -
obs--96.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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